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  • can/unix-command-line
  • gdurif/unix-command-line_dev
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  • main
  • master
  • quarto-refactor
3 results
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Commits on Source (6)
......@@ -29,7 +29,7 @@ Instead of working on your computer where you don't have an Unix-like OS or have
5. Login
6. Complete the form with your **Name**, **First Name**, **Town** and **Zip Code**. You can ignore the other field and click on **accept**.
7. Go to your **Groups** parameters on the top right ![group_selection_ifb](./img/group_selection_ifb.png)
8. Click on ![join_a_group](./img/join_a_group.png) and type **LBMC Unix 2022**
8. Click on ![join_a_group](./img/join_a_group.png) and type **CAN UNIX 2023**
9. You can click on the **+** sign to register and wait to be accepted in the group
## Starting the LBMC Unix 2022 appliance
......
......@@ -275,7 +275,7 @@ You have 3 modes in `vim`:
- The **insert** mode, where you can write things. You enter this mode with the `i` key or any other key insertion key (for example `a` to insert after the cursor or `A` to insert at the end of the line)
- The **visual** mode where you can select text for copy/paste action. You can enter this mode with the `v` key
If you want to learn more about `vim`, you can start with the https://vim-adventures.com/ website. Once you master `vim` everything is faster but you will have to practice a loot.
If you want to learn more about `vim`, you can start with the <https://vim-adventures.com/> website. Once you master `vim` everything is faster but you will have to practice a lot.
> We have used the following commands:
>
......
# IFB cloud group description for UNIX training
## Short name
CAN UNIX 2023
## Full name
UNIX command line training
## Website
https://gitbio.ens-lyon.fr/can/unix-command-line/
---
# Detailed description
## Résumé (20 lignes)
Le [Conseil d'Analyse Numérique (CAN)](https://www.sfr-biosciences.fr/la-sfr/conseil-analyse-numerique/) de l'UAR [SFR BioSciences](https://www.sfr-biosciences.fr) (Lyon) organise une formation **"UNIX ligne de commandes"** à destination des membres des laboratoires de biologie affiliés (entre autres ceux hébergés à l'ENS de Lyon), laquelle débutera début octobre.
Cette formation s'étalera sur une quatorzaine de semaines à raison de 1h30 par semaine au semestre d'automne (suivant les demandes, elle aura lieu tous les ans au semestre d'automne).
Les objectifs de cette formation sont:
- comprendre le fonctionnement général d'un ordinateur
- interagir avec un système de type UNIX par une interface en ligne de commande
- utiliser des ressources distantes en ligne de commande
- installer et utiliser des programmes en ligne de commandes
- manipuler des données de types textuelles de manière automatisée
- avoir des notions d'administration sur ce type de système
- avoir des notions en virtualisation de système
## Informations pratiques
- Dates : 1h30/semaine de octobre 2022 à janvier 2023
- Lieu : Centre Blaise Pascal (CBP), ENS de Lyon
- Noms des formateurs : Laurent Modolo, Ghislain Durif, Mia Croiset
- Nombre de participants : 12
## Ressources demandées
Nous utiliserons des instances de l'*appliance* "LBMC Unix 2022" déjà utilisée l'année dernière. Les TPs portent sur la prise en main de commandes bash, donc les VM les plus petites suffisent, pour un TP d'1h30 nous aurons besoin de 2 vCPU par VM au plus.
### Outils et environnements
- une distribution Linux standard (Ubuntu)
- docker
- bash
- shellinabox (pour un accès au terminal via une interface web)
Tous ces outils sont intégrés dans l'*appliance* "LBMC Unix 2022".
### Resources informatiques
*Indiquer la quantité estimée de calcul et de stockage sur la durée totale de votre formation.*
* Taille max des VMs par participant : 2 vCPU, 2Go mémoire RAM, gabarit `ifb.tr.medium` (2c 2Go)
* Nombre total d'heures vCPU (vCPU.h) : 2 vCPU * (12 participants + 2 encadrants) * 14 séances * 1h30 = 588 vCPU.h
* Volume de stockage partagé : <1Go
* Besoins spécifiques
- grosse mémoire (RAM > 1 To) : NON
- GPU : NON
- haute fréquence processeur (> 3 GHz) : NON
- parallélisme : 2 vCPU/VM max
Disponibilité des ressources après la formation ? NON
---
## Start
10/10/2023
## End
31/01/2023
# Appel à formateurs/formatrices pour formations "UNIX ligne de commandes" et "R pour les débutant(e)s" automne 2023
# Appel à formateurs/formatrices pour formations "UNIX ligne de commandes" et "R pour les débutant(e)s", automne 2024
Bonjour (english below)
......@@ -7,25 +7,25 @@ TL;DR appel à formateurs/formatrices pour des formations hebdomadaire au semest
---
Le CAN (https://www.sfr-biosciences.fr/la-sfr/conseil-analyse-numerique/) va organiser deux formations sur le semestre d'automne qui débuteront débuts octobre : "UNIX ligne de commandes" et "R pour les débutant(e)s".
Le CAN (https://www.sfr-biosciences.fr/la-sfr/conseil-analyse-numerique/) va organiser deux formations sur le semestre d'automne qui débuteront débuts octobre : "UNIX ligne de commandes" et "R pour les débutant(e)s". En option, une extension à Python d'une partie du contenu de la formation "R pour les débutant(e)s" sera proposée sur deux séances supplémentaires.
Ces formations s'étaleront sur une dizaine de semaines, jusqu'en décembre (sauf pendant les vacances de Toussaint et Noël, avec la possibilité de rajouter quelques séances en janvier si besoin) à raison de 1h30 de travaux pratiques par semaine avec 10 personnes par créneau.
Ces formations sont accessibles à tous les membres (permanents et non permanents) des laboratoires suivants : CIRI, IGFL, LBMC, RDP, MMSB, LBTI, IVPC, IBCP (partenaires de la SFR BioSciences).
Ces formations sont accessibles à tous les membres (permanents et non permanents) des laboratoires suivants (partenaires de la SFR BioSciences) : CIRI, IGFL, LBMC, RDP, MMSB, LBTI, IVPC, IBCP.
Afin d'animer ces formations, nous sommes à la recherche de formateurs et formatrices volontaires, idéalement au moins 2 par créneau.
Informations importantes :
- il n'y a pas de préparation, les supports sont prêts
- c'est 1h30 par semaine, on peut facilement échanger si un jour on n'est pas dispo
- les personnes formées sont vraiment débutantes donc les questions ne seront pas complexes et toute aide sera la bienvenue, il faut juste être à l'aise avec R ou avec la ligne de commande sur UNIX (e.g. OS Linux), pas besoin d'être un expert ou une experte.
- il n'y a pas de préparation, les supports sont prêts,
- c'est 1h30 par semaine, on peut facilement échanger si un jour on n'est pas dispo,
- les personnes formées sont vraiment débutantes donc les questions ne seront pas complexes et toute aide sera la bienvenue, il faut juste être à l'aise avec R ou avec la ligne de commande sur UNIX (e.g. OS Linux), pas besoin d'être un expert ou une experte,
- et surtout c'est super enrichissant!
Si vous êtes intéressé(e), vous pouvez vous inscrire via les liens suivants :
- UNIX ligne de commandes : https://framaforms.org/appel-a-formatrices-et-formateurs-pour-la-formation-unix-ligne-de-commande-call-for-trainers-for
- R pour les débutant(e)s : https://framaforms.org/appel-a-formatrices-et-formateurs-pour-la-formation-r-pour-les-debutantes-call-for-trainers-for-r
- UNIX ligne de commandes : https://framaforms.org/appel-a-formatrices-et-formateurs-pour-la-formation-unix-ligne-de-commande-call-for-trainers-for-0
- R pour les débutant(e)s : https://framaforms.org/appel-a-formatrices-et-formateurs-pour-la-formation-r-pour-les-debutantes-call-for-trainers-for-r-0
Planning :
......@@ -37,13 +37,14 @@ Planning :
Si vous avez des questions, vous pouvez contacter:
- Ghislain Durif (ghislain.durif@ens-lyon.fr)
- Laurent Modolo (laurent.modolo@ens-lyon.fr)
- Laurent Gilquin (laurent.gilquin@ens-lyon.fr)
Merci d'avance,
Bien cordialement,
----
# Call for trainers for "R for beginners" and "UNIX command line" training sessions, fall 2024
Hi,
......@@ -51,25 +52,25 @@ Hi,
TL;DR call for trainers for the weekly training session during fall semester : "UNIX command line" (1 slot) and "R for beginners" (4 slots), link to register below
---
The CAN (https://www.sfr-biosciences.fr/la-sfr/conseil-analyse-numerique/) will organize two training session during the fall semester (starting in early October): "UNIX command line" and "R for beginners".
The CAN (https://www.sfr-biosciences.fr/la-sfr/conseil-analyse-numerique/) will organize two training session during the fall semester (starting in early October): "UNIX command line" and "R for beginners". As an option, an extension to Python of the "R for beginners" course will be proposed over two additional sessions.
These training sessions will take place during around ten weeks, until December (except during Toussaint and Christmas Holidays, with the possibility to add additional slots in January if necessary), with 1h30 of tutorial/practical every week and 10 trainees/slot.
These training sessions are available for all (permanent and non-permanent) members of the following labs: CIRI, IGFL, LBMC, RDP, MMSB, LBTI, IVPC, IBCP (SFR BioSciences partners).
These training sessions are available for all (permanent and non-permanent) members of the following labs (SFR BioSciences partners): CIRI, IGFL, LBMC, RDP, MMSB, LBTI, IVPC, IBCP.
We are looking for volunteers to be trainers, ideally 2 per slot.
Important information :
- no preparation required, training materials are ready
- it is only 1h30 per week (or more if you want to teach multiple sessions), it is possible to switch spots with other trainers if you are not available one time
- trainees will be beginners, so questions will not be too complex and any help is welcomed, you just need to be a regular UNIX command line user (e.g. Linux OS) or R user, no need to be an expert
- no preparation required, training materials are ready,
- it is only 1h30 per week (or more if you want to teach multiple sessions), it is possible to switch spots with other trainers if you are not available one time,
- trainees will be beginners, so questions will not be too complex and any help is welcomed, you just need to be a regular UNIX command line user (e.g. Linux OS) or R user, no need to be an expert,
- and also it is highly rewarding!
If you are interested, please register using the following links :
- UNIX command line: https://framaforms.org/appel-a-formatrices-et-formateurs-pour-la-formation-unix-ligne-de-commande-call-for-trainers-for
- R for beginners: https://framaforms.org/appel-a-formatrices-et-formateurs-pour-la-formation-r-pour-les-debutantes-call-for-trainers-for-r
- UNIX command line: https://framaforms.org/appel-a-formatrices-et-formateurs-pour-la-formation-unix-ligne-de-commande-call-for-trainers-for-0
- R for beginners: https://framaforms.org/appel-a-formatrices-et-formateurs-pour-la-formation-r-pour-les-debutantes-call-for-trainers-for-r-0
Schedule :
......@@ -81,8 +82,7 @@ Schedule :
If you have any questions, please contact:
- Ghislain Durif (ghislain.durif@ens-lyon.fr)
- Laurent Modolo (laurent.modolo@ens-lyon.fr)
- Laurent Gilquin (laurent.gilquin@ens-lyon.fr)
Thanks in advance,
Best regards,
# Formations "UNIX ligne de commandes" et "R pour les débutant(e)s" automne 2023
# Formations "UNIX ligne de commandes" et "R pour les débutant(e)s", automne 2024
Bonjour (english below)
......@@ -7,11 +7,11 @@ TL;DR formations hebdomadaire au semestre d'automne "UNIX ligne de commandes" (1
---
Le CAN (https://www.sfr-biosciences.fr/la-sfr/conseil-analyse-numerique/) va organiser deux formations sur le semestre d'automne qui débuteront débuts octobre : "UNIX ligne de commandes" et "R pour les débutant(e)s".
Le CAN (https://www.sfr-biosciences.fr/la-sfr/conseil-analyse-numerique/) va organiser deux formations sur le semestre d'automne qui débuteront débuts octobre : "UNIX ligne de commandes" et "R pour les débutant(e)s". En option, une extension à Python d'une partie du contenu de la formation "R pour les débutant(e)s" sera proposée sur deux séances supplémentaires.
Ces formations s'étaleront sur une dizaine de semaines, jusqu'en décembre (sauf pendant les vacances de Toussaint et Noël, avec la possibilité de rajouter quelques séances en janvier si besoin) à raison de 1h30 de travaux pratiques par semaine.
Ces formations sont accessibles à tous les membres (permanents et non permanents) des laboratoires suivants : CIRI, IGFL, LBMC, RDP, MMSB, LBTI, IVPC, IBCP (partenaires de la SFR BioSciences).
Ces formations sont accessibles à tous les membres (permanents et non permanents) des laboratoires suivants (partenaires de la SFR BioSciences): CIRI, IGFL, LBMC, RDP, MMSB, LBTI, IVPC, IBCP.
Prérequis : avoir un compte @ens-lyon.fr (pour accéder aux ordinateurs des salles de TP) ou avoir un ordinateur portable avec accès à internet via eduroam et un navigateur internet récent (aucune installation spécifique nécessaire, les TPs se font via une plateforme spécifique accessible par son navigateur Internet).
......@@ -19,10 +19,10 @@ Il y aura 1 créneau hebdomadaire (en français ou anglais suivant la demande) p
Si vous êtes intéressé(e), vous pouvez vous inscrire via les liens suivants :
- UNIX ligne de commandes : https://framaforms.org/formation-unix-ligne-de-commande-unix-command-line-training-session-1693397101
- R pour les débutant(e)s : https://framaforms.org/formation-r-pour-les-debutantes-r-for-beginners-training-session-1693316875
- UNIX ligne de commandes : https://framaforms.org/formation-unix-ligne-de-commande-unix-command-line-training-session-1720512376
- R pour les débutant(e)s : https://framaforms.org/formation-r-pour-les-debutantes-r-for-beginners-training-session-1720512419
IMPORTANT : En vous inscrivant vous vous engagez à venir sur l'ensemble de la formation (sauf absence ponctuelle en cas d'impératif professionnel ou personnel évidemment).
IMPORTANT : En vous inscrivant vous vous engagez à venir sur l'ensemble de la formation (sauf absence ponctuelle en cas d'impératif professionnel ou personnel évidemment). Les attestations de formation ne seront délivrées qu'aux personnes ayant suivi au moins 80% des séances de leur groupe.
Planning :
......@@ -34,10 +34,9 @@ Planning :
Si vous avez des questions, vous pouvez contacter:
- Ghislain Durif (ghislain.durif@ens-lyon.fr)
- Laurent Modolo (laurent.modolo@ens-lyon.fr)
- Laurent Gilquin (laurent.gilquin@ens-lyon.fr)
(Note : un e-mail différent sera envoyé pour en appeler aux formateurs et formatrices volontaires)
# Note : un e-mail différent sera envoyé pour en appeler aux formateurs et formatrices volontaires
Les objectifs de ces formations sont :
......@@ -59,10 +58,12 @@ Pour "R pour les débutant(e)s" :
- filtrer et trier des tables de données
- réorganiser des tables de données
- réaliser des figures
- manipuler des EXpressions REGulières (regex)
Bien cordialement,
----
# "R for beginners" and "UNIX command line" training sessions, fall 2024
Hi,
......@@ -70,11 +71,11 @@ Hi,
TL;DR weekly training session during fall semester : "UNIX command line" (10 places on 1 slot) and "R for beginners" (40 places on 4 slots), link to register below (thanks to carefully read the information below)
---
The CAN (https://www.sfr-biosciences.fr/la-sfr/conseil-analyse-numerique/) will organize two training session during the fall semester (starting in early October): "UNIX command line" and "R for beginners".
The CAN (https://www.sfr-biosciences.fr/la-sfr/conseil-analyse-numerique/) will organize two training session during the fall semester (starting in early October): "UNIX command line" and "R for beginners". As an option, an extension to Python of the "R for beginners" course will be proposed over two additional sessions.
These training sessions will take place during around ten weeks, until December (except during Toussaint and Christmas Holidays, with the possibility to add additional slots in January if necessary), with 1h30 of tutorial/practical every week.
These training sessions are available for all (permanent and non-permanent) members of the following labs: CIRI, IGFL, LBMC, RDP, MMSB, LBTI, IVPC, IBCP (SFR BioSciences partners).
These training sessions are available for all (permanent and non-permanent) members of the following labs (SFR BioSciences partners): CIRI, IGFL, LBMC, RDP, MMSB, LBTI, IVPC, IBCP.
Requirement: having an @ens-lyon.fr account (to access computers during the session) or having a laptop with a working eduroam Internet access and a recent web browser (no further installation is required, all practicals will be done via a specific platform available through the web browser).
......@@ -82,10 +83,10 @@ There will be 1 weekly session (in french or in english depending on the registe
If you are interested, please register using the following links :
- UNIX command line: https://framaforms.org/formation-unix-ligne-de-commande-1661852334
- R for beginners: https://framaforms.org/formation-r-pour-les-debutantes-1661853807
- UNIX command line: https://framaforms.org/formation-unix-ligne-de-commande-unix-command-line-training-session-1720512376
- R for beginners: https://framaforms.org/formation-r-pour-les-debutantes-r-for-beginners-training-session-1720512419
IMPORTANT: By registering, you agree to attend the entire course (except for one-time absences in case of professional or personal imperative obviously).
IMPORTANT: By registering, you agree to attend the entire course (except for one-time absences in case of professional or personal imperative obviously). Training certificates will only be delivered to people who have attended at least 80% of their group's sessions.
Schedule :
......@@ -97,10 +98,9 @@ Schedule :
If you have any questions, please contact:
- Ghislain Durif (ghislain.durif@ens-lyon.fr)
- Laurent Modolo (laurent.modolo@ens-lyon.fr)
- Laurent Gilquin (laurent.gilquin@ens-lyon.fr)
(Note: a separate e-mail will be send to call for trainers)
# Note: a separate e-mail will be send to call for trainers
The contents of the these training sessions are the following :
......@@ -120,6 +120,7 @@ For "R for beginners":
- filter and sort data table
- reorganize data table
- generate graphics and plots
- manipulate REGular EXpressions (regex)
Best regards,
$webform = array (
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'value' => '<p>Nous utilisons le cloud de l\'IFB (<link href="https://biosphere.france-bioinformatique.fr/">https://biosphere.france-bioinformatique.fr/</link>) pour les travaux pratiques (les stagiaires travailleront depuis un navigateur internet sur une instance Rstudio server hébergé sur le cloud de l\'IFB).</p>
'value' => '<p>Nous utilisons le cloud de l\'IFB (<link href="https://biosphere.france-bioinformatique.fr/">https://biosphere.france-bioinformatique.fr/</link>) pour les travaux pratiques (les stagiaires travailleront depuis un navigateur internet sur une machine virtuelle (Ubuntu) hébergée sur le cloud de l\'IFB).</p>
<p><i>We use the IFB cloud (<link href="https://biosphere.france-bioinformatique.fr/">https://biosphere.france-bioinformatique.fr/</link>) for the practicals (trainees work in their web browser on a Rstudio server hosted on IFB cloud).</i></p>',
<p><i>We use the IFB cloud (<link href="https://biosphere.france-bioinformatique.fr/">https://biosphere.france-bioinformatique.fr/</link>) for the practicals (trainees work in their web browser on virtual machine (Ubuntu) hosted on IFB cloud).</i></p>',
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'nid' => 987108,
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'attributes' =>
array (
),
......@@ -114,7 +114,7 @@ $webform = array (
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<li><p>Il ne sera pas possible de changer de groupes (sauf cas exceptionnel) au cours du semestre car chaque groupe ira à sa vitesse.</p>
<p><i>It will not be possible to switch groups (except in exceptional cases) during the semester because each group will go at its own pace</i><p></li>
<p><i>It will not be possible to switch groups (except in exceptional cases) during the semester because each group will go at its own pace.</i><p></li>
</ul></p>',
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Les attestations de formation ne seront délivrées qu\'aux personnes ayant suivi <b>au moins 80%</b> des séances de leur groupe.
</p>
<p><i>(except for one-time absences in case of professional or personal imperative obviously)</i><p>',
<p><i>(except for one-time absences in case of professional or personal imperative obviously)
Training certificates will only be delivered to people who have attended <b>at least 80%</b> of their group\'s sessions.
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