README.md

doc/Makefile

doc/TP_computational_biologists.md

src/docker_modules/HISAT2/2.0.0/Dockerfile

src/docker_modules/HISAT2/2.0.0/docker_init.sh

src/docker_modules/Kallisto/0.44.0/Dockerfile

src/docker_modules/Kallisto/0.44.0/docker_init.sh

src/docker_modules/UrQt/d62c1f8/Dockerfile

src/nf_modules/BEDtools/bedtools.nf

src/nf_modules/Bowtie2/bowtie2.nf

src/nf_modules/Bowtie2/tests/mapping_paired.nf

src/nf_modules/Bowtie2/tests/tests.sh

src/nf_modules/Kallisto/kallisto.config

src/nf_modules/Kallisto/kallisto.nf

src/nf_modules/Kallisto/tests/mapping_paired.nf

src/nf_modules/UrQt/tests/trimming_paired.nf

src/nf_modules/UrQt/urqt.nf

src/nf_modules/cutadapt/cutadapt.nf

src/nf_modules/cutadapt/tests/adaptor_removal_paired.nf

src/nf_modules/cutadapt/tests/trimming_paired.nf