Skip to content
Snippets Groups Projects
Commit 704f9ba5 authored by mcariou's avatar mcariou
Browse files

update to do

parent b67e2fbc
No related branches found
No related tags found
No related merge requests found
Show whitespace changes
Inline Side-by-side
Showing
with 3 additions and 2 deletions
README.md
+ 3
− 2
View file @ 704f9ba5
...@@ -181,12 +181,13 @@ run prank, trimal and phyml on the fasta output from step 4. ...@@ -181,12 +181,13 @@ run prank, trimal and phyml on the fasta output from step 4.
- attention le script R 4 ne marche que sur le cluster, - attention le script R 4 ne marche que sur le cluster,
Il y a des chemin en dur pour l'appel à taxonomizr + à la base de données. Il y a des chemin en dur pour l'appel à taxonomizr + à la base de données.
Il faut mettre en argument djà la ref à la base de données + réfléchir à ce que je fais des fichiers utilisés par taxinomizer ###
- Adapt the pipeline to use more than one gene, make concatenates, and format presence/absence for all genes. - Adapt the pipeline to use more than one gene, make concatenates, and format presence/absence for all genes.
=> make script 4_parse_PSIblast.sh (qui coombine PSIBLAST et PSIBLASTTMP) => make script 4_parse_PSIblast.sh (qui coombine PSIBLAST et PSIBLASTTMP)
=> RUNNING
=> make concatenate. => make concatenate.
......
0% or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Please register or to comment