Commit 704f9ba5 authored by mcariou's avatar mcariou
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parent b67e2fbc
......@@ -181,12 +181,13 @@ run prank, trimal and phyml on the fasta output from step 4.
- attention le script R 4 ne marche que sur le cluster,
Il y a des chemin en dur pour l'appel à taxonomizr + à la base de données.
Il faut mettre en argument djà la ref à la base de données + réfléchir à ce que je fais des fichiers utilisés par taxinomizer
###
- Adapt the pipeline to use more than one gene, make concatenates, and format presence/absence for all genes.
=> make script 4_parse_PSIblast.sh (qui coombine PSIBLAST et PSIBLASTTMP)
=> RUNNING
=> make concatenate.
......
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