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Commit 094a9f42 authored by mcariou's avatar mcariou
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...@@ -176,22 +176,13 @@ run prank, trimal and phyml on the fasta output from step 4. ...@@ -176,22 +176,13 @@ run prank, trimal and phyml on the fasta output from step 4.
## 6. To do ## 6. To do
<<<<<<< HEAD
22/11/2021 22/11/2021
======= - attention le script R 4 ne marche que sur le cluster,
16/11/2021
Les script 4 mache sur lpg2300 et récupère 49 séquences
--> checker quelles espèces sont présentes et cohérence avec résultats de Margaux + quels sont les espèces manquantes
--> Faire en sorte que ce script marche aussi sur plusieurs gènes
--> attention le script R 4 ne marche que sur le cluster,
Il y a des chemin en dur pour l'appel à taxonomizr + à la base de données. Il y a des chemin en dur pour l'appel à taxonomizr + à la base de données.
Il faut mettre en argument djà la ref à la base de données + réfléchir à ce que je fais des fichiers utilisés par taxinomizer Il faut mettre en argument djà la ref à la base de données + réfléchir à ce que je fais des fichiers utilisés par taxinomizer
>>>>>>> f0a52b555f755302a3623c05ca13e0e5425b3bd4
- Adapt the pipeline to use more than one gene, make concatenates, and format presence/absence for all genes. - Adapt the pipeline to use more than one gene, make concatenates, and format presence/absence for all genes.
......
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