README.md

Formation R

Important

• Faire l'appel à chaque séance.
• On a une douzaine de séance pour couvrir les 8 chapitres, pas de précipitation.

Liens utiles

• Calendrier partagé indiquant les horaires et salles (au format iCal) à importer dans votre application agenda préférée : https://webmail.ens-lyon.fr//public/feed/?_cal=bGdpbHF1aW46MmRmYWIwNTA4NzY5NTkzMDAzMDg2ODM0YzZlNzdiZWU%3D.ics&_key=MmRmYWIwNTA4NzY5NTkzMDAzMDg2ODM0YzZlNzdiZWVfY2FsaGFzaGtleV82NmQzMjliMGE5ZTA5

⚠️ Les horaires du lundi et la salle du jeudi peuvent être amené à changer.

Supports

Les supports de formation sont disponibles ici : https://can.gitbiopages.ens-lyon.fr/R_basis/

Ressources

Nous utiliserons les ressources du Cloud IFB:

• il est accessible via vos identifiants institutionnels (e.g. @ens-lyon.fr, etc.)
• ⚠️ il faut se connecter une première fois pour demander l'activation de votre compte

Avant la formation

Rejoindre le groupe "CAN R 2024" sur le cloud IFB : cliquer en haut à droite sur l’icône "profil" → "Groupes" → "Rejoindre un groupe"

Avant chaque séance^[prendre un peu de marge pour le temps de démarrage de la VM]

1. Lancer une VM "RStudio Server" en utilisant le modèle ifb.tr.large (4 vCPU et 4Go RAM) et les quotas du groupe "CAN R 2024".

Onglet "RAINBio" → "App Store" → "RStudio Server" → cliquer sur la clé "Configure":

• donner un nom (e.g. "R for beginners - session X")
• choisir le groupe "CAN R 2024"
• choisir un cloud, par exemple local comme meso-psmn-cirrus ou ifb-prabi-girofle
• choisir le modèle ifb.tr.large (4 vCPU et 4Go RAM)

2. Accéder à la VM via l'onglet "myVM":

• Lien "https": ouvre une session RStudio dans le navigateur (il faut accepter l'exception de sécurité)
• Lien "params": pour récupérer le login et mot de passe

3. Récupérer le fichier r_user_list_<day_number>_<day>.csv correspondant à votre session via le lien qui vous a été fourni sur le serveur nextcloud de l'ENS.

4. Uploader le fichier r_user_list_<day_number>_<day>.csv sur la VM (via l'interface graphique de RStudio, bouton "upload" dans le panel "Files" en bas à droite)

5. Télécharger le script de création de comptes sur la VM:

wget https://gitbio.ens-lyon.fr/can/R_basis/-/raw/main/src/create_users_from_user_list_csv.sh

6. Créer des comptes ad hoc pour les stagiaires sur la VM:

sudo bash create_users_from_user_list_csv.sh r_user_list_<day_number>_<day>.csv

Pendant la séance

Partager l'adresse IP de votre serveur RStudio aux stagiaires qui pourront se connecter en utilisant leurs identifiants.

Après chaque séance^[ne surtout pas oublier pour libérer des ressources et économiser notre quota]

Éteindre la VM depuis l'onglet "myVM".