paired.nf files : pass the pair_id information in output

src/nf_modules/BEDtools/bedtools.nf

src/nf_modules/Bowtie2/bowtie2.nf

src/nf_modules/Bowtie2/tests/mapping_paired.nf

src/nf_modules/Kallisto/kallisto.nf

src/nf_modules/Kallisto/tests/mapping_paired.nf

src/nf_modules/UrQt/tests/trimming_paired.nf

src/nf_modules/UrQt/urqt.nf

src/nf_modules/cutadapt/cutadapt.nf

src/nf_modules/cutadapt/tests/adaptor_removal_paired.nf

src/nf_modules/cutadapt/tests/trimming_paired.nf