.gitignore

@@ -19,3 +19,9 @@ session_*/session_*_files/
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 forms/*.csv
 forms/2021/
+local/*
+public/*
+
+/.quarto/
+/_book/
+

.gitlab-ci.yml

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+  stage: deploy
+  image: rocker/tidyverse
+  script:
+    - quarto -v
+    - |
+      apt update && apt install -y libxt6 cargo
+      #session 1
+      Rscript -e "install.packages('rvest')"
+      #session 3
+      Rscript -e "install.packages('gganimate')"
+      Rscript -e "install.packages('gifski')"
+      Rscript -e "install.packages('openxlsx')"
+      #session 4
+      Rscript -e "install.packages(c('ghibli', 'nycflights13','viridis','ggrepel'))"
+    - |
+      quarto render
+      mkdir public
+      cp -r _book/* public/
+  interruptible: true
+  artifacts:
+    paths:
+      - public
+  rules:
+    - if: $CI_COMMIT_BRANCH == $CI_DEFAULT_BRANCH

Makefile

+all: public/index.html \
+    public/img/ \
+	public/session_1.html \
+	public/session_2.html \
+	public/session_3.html \
+	public/session_4.html \
+	public/session_5.html \
+	public/session_6.html \
+	public/session_7.html \
+	public/session_8.html
+
+public/:
+	mkdir -p public
+	mkdir -p public/www
+	mkdir -p public/img
+
+public/img/:
+	cp -r img/ public/img
+
+public/www/github-pandoc.css: www/github-pandoc.css
+	cp www/github-pandoc.css public/www/github-pandoc.css
+
+public/www/style_Rmd.css: www/style_Rmd.css
+	cp www/style_Rmd.css public/www/style_Rmd.css
+
+public/www/*.ttf: www/Raleway-Regular.ttf www/YanoneKaffeesatz-Bold.ttf
+	cp www/*ttf public/www/
+
+public/index.html: public/ index.md public/www/github-pandoc.css
+	pandoc -s -c www/github-pandoc.css index.md -o public/index.html
+
+public/session_1.html: public/ session_1/session_1.Rmd public/www/style_Rmd.css
+	Rscript -e 'rmarkdown::render("session_1/session_1.Rmd", output_dir = "public/")'
+
+public/session_2.html: public/ session_2/session_2.Rmd public/www/style_Rmd.css
+	mkdir -p public/session_2/
+	Rscript -e 'rmarkdown::render("session_2/session_2.Rmd", output_dir = "public/")'
+	mv session_2/mpg.csv public/session_2/mpg.csv
+
+public/session_3.html: public/ session_3/session_3.Rmd public/www/style_Rmd.css session_3/gapminder.xlsx
+	mkdir -p public/session_3/
+	cp session_3/gapminder.xlsx public/session_3/gapminder.xlsx
+	Rscript -e 'rmarkdown::render("session_3/session_3.Rmd", output_dir = "public/")'
+
+public/session_4.html: public/ session_4/session_4.Rmd public/www/style_Rmd.css
+	mkdir -p public/session_4/
+	cp session_4/*.csv public/session_4/
+	Rscript -e 'rmarkdown::render("session_4/session_4.Rmd", output_dir = "public/")'
+
+public/session_5.html: public/ session_5/session_5.Rmd public/www/style_Rmd.css
+	Rscript -e 'rmarkdown::render("session_5/session_5.Rmd", output_dir = "public/")'
+
+public/session_6.html: public/ session_6/session_6.Rmd public/www/style_Rmd.css
+	Rscript -e 'rmarkdown::render("session_6/session_6.Rmd", output_dir = "public/")'
+
+public/session_7.html: public/ session_7/session_7.Rmd public/www/style_Rmd.css
+	Rscript -e 'rmarkdown::render("session_7/session_7.Rmd", output_dir = "public/")'
+
+public/session_8.html: public/ session_8/session_8.Rmd public/www/style_Rmd.css
+	Rscript -e 'rmarkdown::render("session_8/session_8.Rmd", output_dir = "public/")'
+
+## Test docker in local
+
+test : local/index.html \
+  local/session_1.html
+	
+
+local/: 
+	mkdir -p local
+	mkdir -p local/www
+	mkdir -p local/img
+
+local/www/github-pandoc.css: local/ www/github-pandoc.css
+	cp www/github-pandoc.css local/www/github-pandoc.css
+
+local/www/style_Rmd.css: local/ www/style_Rmd.css
+	cp www/style_Rmd.css local/www/style_Rmd.css
+
+local/www/*.ttf: local/ www/Raleway-Regular.ttf www/YanoneKaffeesatz-Bold.ttf
+	cp www/*ttf local/www/
+
+local/session_1.html: local/ session_1/session_1.Rmd local/www/style_Rmd.css
+	docker run --rm -ti -v ${PWD}:/work -w /work carinerey/r_for_beginners \
+Rscript -e 'rmarkdown::render("session_1/session_1.Rmd", output_dir = "local/")'
+
+local/index.html: local/ index.md local/www/github-pandoc.css
+	docker run --rm -ti -v ${PWD}:/work -w /work carinerey/r_for_beginners \
+pandoc -s -c www/github-pandoc.css index.md -o local/index.html
+
+clean:
+	sudo rm -r local public
+
+.PHONY: clean test
\ No newline at end of file

README.md

 # R formation
 
+## 2022
+
+Course link : https://can.gitbiopages.ens-lyon.fr/R_basis/
+
+### Trainers
+
+ - **Monday**
+
+   - Nicolas Fontrodona (IFB)
+   - Laurent Gilquin
+   - Audrey Lapendry
+
+ - **Tuesday **
+
+   - Christophe Arpin (IFB)
+   - Ghislain Durif (IFB)
+
+ - **Wednesday**
+
+   - Antoine Corbin (IFB)
+   - Anissa Guillemin
+   - Noemi Rousseaux
+
+ - **Friday**
+
+   - Omran Allatif (IFB)
+   - Carine Rey (IFB)
+
+## 2021
+
 The sessions will be starting the 14/09:
 
 - **Monday 11h - 12h30**

_quarto.yml

+project:
+  type: book
+
+book:
+  title: "R for beginners"
+  author:
+    - "Laurent Modolo"
+    - "Carine Rey"
+    - "Helene Polveche"
+    - "Ghislain Durif"
+    - "Nicolas Fontrodona"
+    - "Romain Bulteau"
+  date: "2023-10-09"
+  chapters:
+    - index.qmd
+    - session_1/session_1.Rmd
+    - session_2/session_2.Rmd
+    - session_3/session_3.Rmd
+    - session_4/session_4.Rmd
+    - session_5/session_5.Rmd
+    - session_6/session_6.Rmd
+    - session_7/session_7.Rmd
+    - session_8/session_8.Rmd
+  body-footer: "License: FIXME.<br>Made with [Quarto](https://quarto.org/)."
+  navbar:
+    search: true
+    right:
+      - icon: git
+        href: https://gitbio.ens-lyon.fr/can/R_basis
+        text: Sources
+
+# bibliography: references.bib
+
+format:
+  html:
+    theme:
+      light: flatly
+      dark: darkly
+
+execute: 
+  cache: true
+
+  
\ No newline at end of file

index.qmd

+# R for beginners {.unnumbered}
+
+1. [Introduction to R and RStudio](session_1/session_1.html)
+2. [Introduction to Tidyverse](session_2/session_2.html)
+3. [Transformations with ggplot2](session_3/session_3.html)
+4. [Data transformation](session_4/session_4.html)
+5. [Pipping and grouping](session_5/session_5.html)
+6. [Tidydata](session_6/session_6.html)
+7. [String & RegExp](session_7/session_7.html)
+8. [Factors](session_8/session_8.html)
+
+(2018-2013)

orga/form/yakform_call_trainer_r.txt

+$webform = array (
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+2|IGFL - Institut de Génomique Fonctionnelle de lyon
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+RDP - Laboratoire de Reproduction et Développement des Plantes|RDP - Laboratoire de Reproduction et Développement des Plantes
+MMSB - MOlecular microbiology and structural biochemistry|MMSB - MOlecular microbiology and structural biochemistry
+LBTI - Laboratoire de Biologie Tissulaire et d\'Ingénierie Thérapeutique|LBTI - Laboratoire de Biologie Tissulaire et d\'Ingénierie Thérapeutique
+IVPC - Infections Virales et Pathologie Comparée|IVPC - Infections Virales et Pathologie Comparée
+IBCP - Institut de Biologie et Chimie des Proteines     Unité mixte de service UMS3760 CNRS-UCBL - Directeur : Christophe Geourjon     L\'IBCP héberge les 2 unités de recherche MMSB et LBTI. L’institut a pour vocation de gérer le bâtiment, les ressources technologiques et une partie du personnel technique partagé par ces 2 unités.|IBCP - Institut de Biologie et Chimie des Proteines     Unité mixte de service UMS3760 CNRS-UCBL - Directeur : Christophe Geourjon     L\'IBCP héberge les 2 unités de recherche MMSB et LBTI. L’institut a pour vocation de gérer le bâtiment, les ressources technologiques et une partie du personnel technique partagé par ces 2 unités.
+',
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+      'value' => '<p>Nous utilisons le cloud de l\'IFB (<link href="https://biosphere.france-bioinformatique.fr/">https://biosphere.france-bioinformatique.fr/</link>) pour les travaux pratiques (les stagiaires travailleront depuis un navigateur internet sur une instance Rstudio server hébergé sur le cloud de l\'IFB).</p>
+
+<p><i>We use the IFB cloud (<link href="https://biosphere.france-bioinformatique.fr/">https://biosphere.france-bioinformatique.fr/</link>) for the practicals (trainees work in their web browser on a Rstudio server hosted on IFB cloud).</i></p>',
+      'extra' => 
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+        'options' => '0|Oui, je suis disponible / Yes, I am available
+1|Oui, mais si possible je préférerais un autre créneau / Yes, but I would prefer another slot if possible
+3|Non disponible / Not available
+',
+        'questions' => '0|Lundi / Monday 13h-14h30 - salle numérique CBP (ENS de Lyon) - FR
+1|Mercredi / Wednesday 11h-12h30 - salle numérique CBP (ENS de Lyon) - FR
+3|Jeudi / Thursday 11h-12h30 - salle numérique CBP (ENS de Lyon) - EN
+2|Vendredi / Friday 11h-12h30  - salle numérique CBP (ENS de Lyon) - FR
+',
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+
+<p><i><strong>Watch out</strong> for the hours which are different on Mondays</i></p>
+
+<p>Les salles seront reprécisées par la suite.</p>
+
+<p><i>More details about the locations will be given later.</i></p>
+
+<p>Il y a 10 stagiaires par créneaux, et idéalement 2 formateurs ou formatrices.</p>
+
+<p><i>There will be 10 trainees per slot, and ideally 2 trainers.</i></p>',
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+<p><i>(except for one-time absences in case of professional or personal imperative obviously)</i><p>',
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+2|IGFL - Institut de Génomique Fonctionnelle de lyon
+3|LBMC - Laboratoire de Biologie et modelisation de la Cellule
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+MMSB - MOlecular microbiology and structural biochemistry|MMSB - MOlecular microbiology and structural biochemistry
+LBTI - Laboratoire de Biologie Tissulaire et d\'Ingénierie Thérapeutique|LBTI - Laboratoire de Biologie Tissulaire et d\'Ingénierie Thérapeutique
+IVPC - Infections Virales et Pathologie Comparée|IVPC - Infections Virales et Pathologie Comparée
+IBCP - Institut de Biologie et Chimie des Proteines     Unité mixte de service UMS3760 CNRS-UCBL - Directeur : Christophe Geourjon     L\'IBCP héberge les 2 unités de recherche MMSB et LBTI. L’institut a pour vocation de gérer le bâtiment, les ressources technologiques et une partie du personnel technique partagé par ces 2 unités.|IBCP - Institut de Biologie et Chimie des Proteines     Unité mixte de service UMS3760 CNRS-UCBL - Directeur : Christophe Geourjon     L\'IBCP héberge les 2 unités de recherche MMSB et LBTI. L’institut a pour vocation de gérer le bâtiment, les ressources technologiques et une partie du personnel technique partagé par ces 2 unités.
+',
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+
+<p><i><strong>Requirement</strong>: having an @ens-lyon.fr account (to access computers during the session) or having a laptop with a working eduroam Internet access and a recent web browser (no further installation is required, all practicals will be done via a platform available through the web browser).</i></p>',
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+2|un ordinateur portable avec un accès à Internet par Wifi Eduroam ? / a computer laptop with Eduroam Wifi Internet access
+Ni l\'un ni l\'autre / None of the above|Ni l\'un ni l\'autre / None of the above
+',
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+1|Oui, mais si possible je préférerais un autre créneau / Yes, but I would prefer another slot if possible
+3|Non disponible / Not available
+',
+        'questions' => '0|Lundi / Monday 13h-14h30 - salle numérique CBP (ENS de Lyon) - FR
+1|Mercredi / Wednesday 11h-12h30 - salle numérique CBP (ENS de Lyon) - FR
+3|Jeudi / Thursday 11h-12h30 - salle numérique CBP (ENS de Lyon) - EN
+2|Vendredi / Friday 11h-12h30  - salle numérique CBP (ENS de Lyon) - FR
+',
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+
+<p><i><strong>Watch out</strong> for the hours which are different on Mondays</i></p>
+
+<p>Les salles seront reprécisées par la suite.</p>
+
+<p><i>More details about the locations will be given later.</i></p>
+
+<p>Il y a 10 places par créneaux, nous essaierons de satisfaire toutes les personnes inscrites (la priorité suivra l\'ordre chronologique des inscriptions).</p>
+
+<p><i>There will be 10 places per slot, we will try to satisfy every registered persons (priority will follow chronological registration order).</i></p>',
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+3|Pas de préférence / No preference
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+
+<p><ul>
+
+<li><p>Pour la première séance nous fixerons un point de rendez vous pour ceux et celles qui ne connaîtraient pas la localisation des salles.</p>
+
+<p><i>For the first session, if you do not know the room location, we will give you a rendez-vous point.</i></p></li>
+
+<li><p>Il ne sera pas possible de changer de groupes (sauf cas exceptionnel) au cours du semestre car chaque groupe ira à sa vitesse.</p>
+
+<p><i>It will not be possible to switch groups (except in exceptional cases) during the semester because each group will go at its own pace</i><p></li>
+
+</ul></p>',
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+
+<p><i>(except for one-time absences in case of professional or personal imperative obviously)</i><p>',
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+

orga/ifb_cloud_group_desc.md

+# IFB cloud group description for R training
+
+## Short name
+
+CAN R 2023
+
+## Full name
+
+R for beginners training
+
+## Website
+
+https://gitbio.ens-lyon.fr/can/R_basis
+
+---
+
+# Detailed description
+
+## Résumé (20 lignes)
+
+Le [Conseil d'Analyse Numérique (CAN)](https://www.sfr-biosciences.fr/la-sfr/conseil-analyse-numerique/) de l'UAR [SFR BioSciences](https://www.sfr-biosciences.fr) (Lyon) organise une formation **"R pour les débutants"** à destination des membres des laboratoires de biologie affiliés (entre autres ceux hébergés à l'ENS de Lyon), laquelle débutera début octobre.
+
+Cette formation s'étalera sur une quatorzaine de semaines à raison de 1h30 par semaine au semestre d'automne (suivant les demandes, elle aura lieu tous les ans au semestre d'automne).
+
+Les objectifs de cette formation sont:
+
+- apprendre les bases du langages R
+- apprendre à utiliser l’IDE Rstudio
+- importer des tables de données
+- filtrer et trier des tables de données
+- réorganiser des tables de données
+- réaliser des figures
+
+## Informations pratiques
+
+- Dates : 4 séances de 1h30 par semaine de octobre 2022 à janvier 2023
+- Lieu : Centre Blaise Pascal (CBP), ENS de Lyon
+- Noms des formateurs : Laurent Modolo, Ghislain Durif, Carine Rey, Laurent Gilquin, Mia Croiset, Nicolas Fontrodona
+- Nombre de participants : 4 groupes * 12
+
+## Ressources demandées
+
+Nous utiliserons des instances de l'*appliance* "Rstudio server" déjà utilisée l'année dernière. Les TPs portent sur la prise en main de R et Rstudio, nous aurons besoin d'une VM de 4 vCPU au plus par séance (les stagiaires travailleront sur la même VM via des comptes ad hoc).
+
+### Outils et environnements
+
+- R
+- Rstudio
+- `tidyverse` R meta-package
+
+Tous ces outils sont intégrés dans l'*appliance* "Rstudio server".
+
+### Resources informatiques
+
+* Taille max des VMs par participant : 4 vCPU, 4Go mémoire RAM, gabarit `ifb.tr.large` (4c 4Go)
+* Nombre total d'heures vCPU (vCPU.h) : 4 vCPU * 4 séances/semaine * 14 semaines * 2h (petite marge pour lancer et éteindre les VMs avant et après les séances) = 448 vCPU.h
+* Volume de stockage partagé : <1Go
+* Besoins spécifiques
+  - grosse mémoire (RAM > 1 To) : NON
+  - GPU : NON
+  - haute fréquence processeur (> 3 GHz) : NON
+  - parallélisme : 2 vCPU/VM max
+
+Disponibilité des ressources après la formation ? NON
+
+---
+
+## Start
+
+09/10/2023
+
+## End
+
+31/01/2023

orga/instructions.md

+# Formation R
+
+## Important
+
+- Faire l'appel à chaque séance.
+- On a une douzaine de séance pour couvrir les 8 chapitres, pas de précipitation.
+
+## Liens utiles
+
+- Calendrier partagé indiquant les horaires et salles (au format iCal) à importer dans votre application agenda préférée : https://webmail-preprod.ens-lyon.fr//public/feed/?_cal=Z2R1cmlmOjUzOWQ2OGE4NGVjOTVlOGVkNmJlZmE1NzljZWY5YzM2.ics&_key=NTM5ZDY4YTg0ZWM5NWU4ZWQ2YmVmYTU3OWNlZjljMzZfY2FsaGFzaGtleV82NGY2ZTdmNDA1OTJj
+
+⚠ Les horaires du lundi et la salle du jeudi peuvent être amené à changer.
+
+## Supports
+
+Les supports de formation sont disponibles ici : https://can.gitbiopages.ens-lyon.fr/R_basis/ (sources : https://gitbio.ens-lyon.fr/can/R_basis)
+
+## Ressources
+
+Nous utiliserons les ressources du [Cloud IFB](https://biosphere.france-bioinformatique.fr/):
+
+- il est accessible via vos identifiants institutionnels (e.g. `@ens-lyon.fr`, etc.)
+- ⚠ il faut se connecter une première fois pour demander l'activation de votre compte
+
+
+### Avant la formation
+
+Rejoindre le groupe "CAN R 2023" sur le cloud IFB : cliquer en haut à droite sur l'icone "profil" → "Groupes" → "Rejoindre un groupe"
+
+### Avant chaque séance^[prendre un peu de marge pour le temps de démarrage de la VM]
+
+1. Lancer une VM "Rstudio server" en utilisant le modèle `ifb.tr.large` (4 vCPU et 4Go RAM) et les quotas du groupe "CAN R 2023".
+
+Onglet "RAINBio" → "App Store" → "Rstudio Server" → cliquer sur la clé "Configure":
+  + donner un nom
+  + choisir le groupe "CAN R 2023"
+  + choisir un cloud, par exemple local comme `meso-psmn-cirrus` ou `ifb-prabi-girofle`
+  + choisir le modèle `ifb.tr.large` (4 vCPU et 4Go RAM)
+
+2. Accéder à la VM via l'onglet "myVM":
+  + Lien *"https"*: ouvre une session Rstudio dans le navigateur (**il faut accepter l'exception de sécurité**)
+  + Lien *"params"*: pour récupérer le *login* et *mot de passe*
+
+3. Récupérer le fichier `r_user_list_<day_number>_<day>.csv` correspondant à votre session via le lien qui vous a été fourni sur le serveur nextcloud de l'ENS.
+
+4. Uploader le fichier `r_user_list_<day_number>_<day>.csv` sur la VM (via l'interface graphique de Rstudio, bouton "upload" dans le panel "Files" en bas à droite)
+
+4. Créer des comptes ad hoc pour les stagiaires sur la VM:
+```bash
+sudo bash create_users_from_user_list_csv.sh r_user_list_<day_number>_<day>.csv
+```
+
+### Pendant la séance
+
+Partager l'adresse IP de votre serveur Rstudio aux stagiaires qui pourront se connecter en utilisant leurs identifiants.
+
+### Après chaque séance^[ne surtout pas oublier pour libérer des ressources et économiser notre quota]
+
+**Éteindre la VM** depuis l'onglet "myVM".

orga/mail/mail_call_trainer.txt

+# Appel à formateurs/formatrices pour formations "UNIX ligne de commandes" et "R pour les débutant(e)s" automne 2023
+
+Bonjour (english below)
+
+---
+TL;DR appel à formateurs/formatrices pour des formations hebdomadaire au semestre d'automne "UNIX ligne de commandes" (1 créneau) et "R pour les débutant(e)s" (4 créneaux), liens pour s'inscrire ci-dessous
+
+---
+
+Le CAN (https://www.sfr-biosciences.fr/la-sfr/conseil-analyse-numerique/) va organiser deux formations sur le semestre d'automne qui débuteront débuts octobre : "UNIX ligne de commandes" et "R pour les débutant(e)s".
+
+Ces formations s'étaleront sur une dizaine de semaines, jusqu'en décembre (sauf pendant les vacances de Toussaint et Noël, avec la possibilité de rajouter quelques séances en janvier si besoin) à raison de 1h30 de travaux pratiques par semaine avec 10 personnes par créneau.
+
+Ces formations sont accessibles à tous les membres (permanents et non permanents) des laboratoires suivants : CIRI, IGFL, LBMC, RDP, MMSB, LBTI, IVPC, IBCP (partenaires de la SFR BioSciences).
+
+Afin d'animer ces formations, nous sommes à la recherche de formateurs et formatrices volontaires, idéalement au moins 2 par créneau.
+
+Informations importantes :
+
+- il n'y a pas de préparation, les supports sont prêts
+- c'est 1h30 par semaine, on peut facilement échanger si un jour on n'est pas dispo
+- les personnes formées sont vraiment débutantes donc les questions ne seront pas complexes et toute aide sera la bienvenue, il faut juste être à l'aise avec R ou avec la ligne de commande sur UNIX (e.g. OS Linux), pas besoin d'être un expert ou une experte.
+- et surtout c'est super enrichissant!
+
+Si vous êtes intéressé(e), vous pouvez vous inscrire via les liens suivants :
+
+- UNIX ligne de commandes : https://framaforms.org/appel-a-formatrices-et-formateurs-pour-la-formation-unix-ligne-de-commande-call-for-trainers-for
+- R pour les débutant(e)s : https://framaforms.org/appel-a-formatrices-et-formateurs-pour-la-formation-r-pour-les-debutantes-call-for-trainers-for-r
+
+Planning :
+
+- lundi 13h-14h30 : R pour les débutant(e)s
+- mardi 11h-12h30 : UNIX ligne de commandes
+- mercredi 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s
+- jeudi 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s (in ENGLISH)
+- vendredi 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s
+
+Si vous avez des questions, vous pouvez contacter:
+
+- Ghislain Durif (ghislain.durif@ens-lyon.fr)
+- Laurent Modolo (laurent.modolo@ens-lyon.fr)
+Merci d'avance,
+
+Bien cordialement,
+
+----
+
+Hi,
+
+---
+TL;DR call for trainers for the weekly training session during fall semester : "UNIX command line" (1 slot) and "R for beginners" (4 slots), link to register below
+---
+
+The CAN (https://www.sfr-biosciences.fr/la-sfr/conseil-analyse-numerique/) will organize two training session during the fall semester (starting in early October): "UNIX command line" and "R for beginners".
+
+These training sessions will take place during around ten weeks, until December (except during Toussaint and Christmas Holidays, with the possibility to add additional slots in January if necessary), with 1h30 of tutorial/practical every week and 10 trainees/slot.
+
+These training sessions are available for all (permanent and non-permanent) members of the following labs: CIRI, IGFL, LBMC, RDP, MMSB, LBTI, IVPC, IBCP (SFR BioSciences partners).
+
+We are looking for volunteers to be trainers, ideally 2 per slot.
+
+Important information :
+
+- no preparation required, training materials are ready
+- it is only 1h30 per week (or more if you want to teach multiple sessions), it is possible to switch spots with other trainers if you are not available one time
+- trainees will be beginners, so questions will not be too complex and any help is welcomed, you just need to be a regular UNIX command line user (e.g. Linux OS) or R user, no need to be an expert
+- and also it is highly rewarding!
+
+If you are interested, please register using the following links :
+
+- UNIX command line: https://framaforms.org/appel-a-formatrices-et-formateurs-pour-la-formation-unix-ligne-de-commande-call-for-trainers-for
+- R for beginners: https://framaforms.org/appel-a-formatrices-et-formateurs-pour-la-formation-r-pour-les-debutantes-call-for-trainers-for-r
+
+Schedule :
+
+- Monday 13h-14h30 : R pour les débutant(e)s
+- Tuesday 11h-12h30 : UNIX ligne de commandes
+- Wednesday 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s
+- Thursday 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s (in ENGLISH)
+- Friday 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s
+
+If you have any questions, please contact:
+
+- Ghislain Durif (ghislain.durif@ens-lyon.fr)
+- Laurent Modolo (laurent.modolo@ens-lyon.fr)
+Thanks in advance,
+
+Best regards,

orga/mail/mail_registration.txt

+# Formations "UNIX ligne de commandes" et "R pour les débutant(e)s" automne 2023
+
+Bonjour (english below)
+
+---
+TL;DR formations hebdomadaire au semestre d'automne "UNIX ligne de commandes" (10 places sur 1 créneau) et "R pour les débutant(e)s" (40 places sur 4 créneaux), liens pour s'inscrire ci-dessous (merci de bien lire les informations ci-dessous)
+
+---
+
+Le CAN (https://www.sfr-biosciences.fr/la-sfr/conseil-analyse-numerique/) va organiser deux formations sur le semestre d'automne qui débuteront débuts octobre : "UNIX ligne de commandes" et "R pour les débutant(e)s".
+
+Ces formations s'étaleront sur une dizaine de semaines, jusqu'en décembre (sauf pendant les vacances de Toussaint et Noël, avec la possibilité de rajouter quelques séances en janvier si besoin) à raison de 1h30 de travaux pratiques par semaine.
+
+Ces formations sont accessibles à tous les membres (permanents et non permanents) des laboratoires suivants : CIRI, IGFL, LBMC, RDP, MMSB, LBTI, IVPC, IBCP (partenaires de la SFR BioSciences).
+
+Prérequis : avoir un compte @ens-lyon.fr (pour accéder aux ordinateurs des salles de TP) ou avoir un ordinateur portable avec accès à internet via eduroam et un navigateur internet récent (aucune installation spécifique nécessaire, les TPs se font via une plateforme spécifique accessible par son navigateur Internet).
+
+Il y aura 1 créneau hebdomadaire (en français ou anglais suivant la demande) pour la formation UNIX (soit 10 places) et 4 créneaux hebdomadaires pour la formation R (soit 40 places au total), dont 1 créneau en anglais.
+
+Si vous êtes intéressé(e), vous pouvez vous inscrire via les liens suivants :
+
+- UNIX ligne de commandes : https://framaforms.org/formation-unix-ligne-de-commande-unix-command-line-training-session-1693397101
+- R pour les débutant(e)s : https://framaforms.org/formation-r-pour-les-debutantes-r-for-beginners-training-session-1693316875
+
+IMPORTANT : En vous inscrivant vous vous engagez à venir sur l'ensemble de la formation (sauf absence ponctuelle en cas d'impératif professionnel ou personnel évidemment).
+
+Planning :
+
+- lundi 13h-14h30 : R pour les débutant(e)s
+- mardi 11h-12h30 : UNIX ligne de commandes
+- mercredi 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s
+- jeudi 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s (in ENGLISH)
+- vendredi 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s
+
+Si vous avez des questions, vous pouvez contacter:
+
+- Ghislain Durif (ghislain.durif@ens-lyon.fr)
+- Laurent Modolo (laurent.modolo@ens-lyon.fr)
+
+(Note : un e-mail différent sera envoyé pour en appeler aux formateurs et formatrices volontaires)
+
+Les objectifs de ces formations sont :
+
+Pour "UNIX ligne de commandes" :
+
+- comprendre le fonctionnement général d'un ordinateur
+- interagir avec un système de type UNIX par une interface en ligne de commande
+- utiliser des ressources distantes en ligne de commande
+- installer et utiliser des programmes en ligne de commandes
+- manipuler des données de types textuelles de manière automatisée
+- avoir des notions d'administration sur ce type de système
+- avoir des notions en virtualisation de système
+
+Pour "R pour les débutant(e)s" :
+
+- apprendre les bases du langages R
+- apprendre à utiliser l’IDE Rstudio
+- importer des tables de données
+- filtrer et trier des tables de données
+- réorganiser des tables de données
+- réaliser des figures
+
+Bien cordialement,
+
+----
+
+Hi,
+
+---
+TL;DR weekly training session during fall semester : "UNIX command line" (10 places on 1 slot) and "R for beginners" (40 places on 4 slots), link to register below (thanks to carefully read the information below)
+---
+
+The CAN (https://www.sfr-biosciences.fr/la-sfr/conseil-analyse-numerique/) will organize two training session during the fall semester (starting in early October): "UNIX command line" and "R for beginners".
+
+These training sessions will take place during around ten weeks, until December (except during Toussaint and Christmas Holidays, with the possibility to add additional slots in January if necessary), with 1h30 of tutorial/practical every week.
+
+These training sessions are available for all (permanent and non-permanent) members of the following labs: CIRI, IGFL, LBMC, RDP, MMSB, LBTI, IVPC, IBCP (SFR BioSciences partners).
+
+Requirement: having an @ens-lyon.fr account (to access computers during the session) or having a laptop with a working eduroam Internet access and a recent web browser (no further installation is required, all practicals will be done via a specific platform available through the web browser).
+
+There will be 1 weekly session (in french or in english depending on the registered persons) pour the UNIX training (10 places) and 4 weekly sessions for the R training (40 places), including 1 session in english.
+
+If you are interested, please register using the following links :
+
+- UNIX command line: https://framaforms.org/formation-unix-ligne-de-commande-1661852334
+- R for beginners: https://framaforms.org/formation-r-pour-les-debutantes-1661853807
+
+IMPORTANT: By registering, you agree to attend the entire course (except for one-time absences in case of professional or personal imperative obviously).
+
+Schedule :
+
+- Monday 13h-14h30 : R pour les débutant(e)s
+- Tuesday 11h-12h30 : UNIX ligne de commandes
+- Wednesday 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s
+- Thursday 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s (in ENGLISH)
+- Friday 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s
+
+If you have any questions, please contact:
+
+- Ghislain Durif (ghislain.durif@ens-lyon.fr)
+- Laurent Modolo (laurent.modolo@ens-lyon.fr)
+
+(Note: a separate e-mail will be send to call for trainers)
+
+The contents of the these training sessions are the following :
+
+For "UNIX command line":
+- understand the general functioning of a computer
+- interact with a UNIX-type system through the command line interface
+- use remote resources through command line
+- install and use software and programs through command line
+- automatically manipulate text data
+- learn basic knowledge of system administration
+- learn basic knowledge of system virtualization
+
+For "R for beginners":
+- learn basic knowledge of R language programming
+- use Rstudio IDE (Integrated Development Environment)
+- import data table/array
+- filter and sort data table
+- reorganize data table
+- generate graphics and plots
+
+Best regards,
+

forms/mail_to_wifi_account.sh → orga/mail_to_wifi_account.sh

-#! /usr/bin/bash
+#! /bin/bash
 
 # Convert list of mail to the format : NOM;Prenom 
 # for the page https://instella.ens-lyon.fr/stella/intra/compteInvite.html -> Ajouter une liste de comptes

forms/wifi_account_2_login.sh → orga/wifi_account_2_login.sh

 #! /usr/bin/bash
 
 # list wifi loing from pdf
-
+echo "login"
 pdfgrep "Votre nom de connexion ou login" *.pdf | sed -E 's/.*:.*(z.*)/\1/g'
+echo
+echo "mot de passe"
+pdfgrep "Votre mot de passe initial" FicheLogin*.pdf | sed -E 's/.*:.*([a-Z0-9]{8})$/\1/g'

session_1/bioconductor.Rmd

----
-title: 'R.1: Installing packages from Bioconductor'
-author: "Carine Rey [carine.rey@ens-lyon.fr](mailto:carine.rey@ens-lyon.fr), Laurent Modolo [laurent.modolo@ens-lyon.fr](mailto:laurent.modolo@ens-lyon.fr)"
-date: "2021"
-output:
-  rmdformats::downcute:
-    self_contain: true
-    use_bookdown: true
-    default_style: "dark"
-    lightbox: true
-    css: "../src/style.css"
----
-
-```{r setup, include=FALSE}
-rm(list=ls())
-knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
-knitr::opts_chunk$set(comment = NA)
-```
-```{r klippy, echo=FALSE, include=TRUE}
-klippy::klippy(
-  position = c('top', 'right'),
-  color = "white",
-  tooltip_message = 'Click to copy',
-  tooltip_success = 'Copied !')
-```
-
-To install packages from [bioconductor](http://www.bioconductor.org) you must first install a package called "BiocManager".
-This package imports a function called "install" allowing you to install packages hosted in bioconductor from their name.
-
-To install "BiocManager" you must type:
-
-```R
-install.packages("BiocManager")
-```
-
-Then to install, for example "tximport", you just have to write:
-
-```R
-BiocManager::install("tximport")
-```
-