Le Pôle Scientifique de Modélisation Numérique (PSMN) est la plate-forme scientifique de l’ENS de Lyon hébergeant les ressources en calcul haute performance. Il fournit un accès immédiat, souple et des moyens de calcul importants (Debian 7, ~7500 coeurs et ~50To RAM). L’équipe d’ingénieurs du PSMN assure le maintien en condition opérationnelle des clusters, l'installation des logiciels, ainsi que la formation et l’accompagnement des utilisateurs dans le domaine du calcul haute performance.
Le Pôle Scientifique de Modélisation Numérique (PSMN) est la plate-forme scientifique de l’ENS de Lyon hébergeant les ressources en calcul haute performance. Il fournit un accès immédiat, souple et des moyens de calcul importants (Debian 7, ~7500 coeurs et ~50To RAM). L’équipe d’ingénieurs du PSMN assure le maintien en condition opérationnelle des clusters, l'installation des logiciels, ainsi que la formation et l’accompagnement des utilisateurs dans le domaine du calcul haute performance.
http://www.ens-lyon.fr/PSMN/doku.php
\section{Formations}
Le PSMN demande lors de l'aquisition d'un compte de suivre une formation obligatoire. Celle-ci est disponible tous les mois dans la salle de travaux pratiques (LR6 D 014) au Centre Blaise Pascal et a lieu toute la journée. Vous devez vous inscrire sur le doodle affiché sur le site du PSMN.
Le créneau de 10h00 à 12h00 est principalement dédié à la connexion sur les serveurs du PSMN, l'utilisation des serveurs, les outils pour des codes séquentiels, etc. Dans le créneau de l'après-midi, de 14h à 17h, sont abordés le système de batch, les outils pour les codes parallèles, etc.
Le créneau de 10h00 à 12h00 est principalement dédié à la connexion sur les serveurs du PSMN, l'utilisation des serveurs, les outils pour des codes séquentiels, etc. Dans le créneau de l'après-midi, de 14h à 17h, sont abordés le système de batch, les outils pour les codes parallèles, etc.
\section{Home et Espace de stockage : /Xnfs/site/lbmcdb }
\section{Home et Espace de stockage : \texttt{/Xnfs/site/lbmcdb}}
Le "Home" de l'utilisateur LBMC ne doit servir que de zone de test pour ses petits programmes ou d'espace de transition. Ne disposant que de 8 To pour l'ensemble des utilisateurs LMBC, il ne sert en aucun cas de lieu de stockage final pour ses projets.
Le LBMC a acquis au début de l'année 2017 un espace de stockage de 35 To modulable pour les différentes équipes du laboratoire.
Pour y accéder il faut d'abord se connecter par commande 'ssh -X' aux frontales (ou serveurs de compilation) telles que 'E5-2670comp3-pub' ou 'E5-2670comp2-pub'.
Pour y accéder il faut d'abord se connecter par commande 'ssh -X' aux frontales (ou serveurs de compilation) telles que '\texttt{E5-2670comp3-pub}' ou '\texttt{E5-2670comp2-pub}'.
Chaque équipe possède son espace sous le dossier '[nom]\_team'. Un espace commun aux différentes équipes est également présent [common] pour les différentes données de références ou scripts utils à tous. \\
Chaque équipe possède son espace sous le dossier '\texttt{[nom]\_team}'. Un espace commun aux différentes équipes est également présent \texttt{[common]} pour les différentes données de références ou scripts utils à tous. \\
Pensez à effacer les fichiers transitoires générés par vos outils et/ou qui ne sont pas essentiels à la publications de vos données. De même, pensez à conserver une trace des outils, versions et statistiques utilisées (par exemple sur le Git du LBMC) ainsi que vos Méta-Données.
Pensez à effacer les fichiers transitoires générés par vos outils et/ou qui ne sont pas essentiels à la publications de vos données. De même, pensez à conserver une trace des outils, versions et statistiques utilisées (par exemple sur le Git du LBMC) ainsi que vos Méta-Données.
Cet espace de stockage ne sert en aucun de lieu pour vos calculs! Une zone y est dédiée: le scratch.
\section{Espace de calcul : /scratch}
Comme pour l'espace de stockage, il faut vous connectez à une frontale.
Chaque utilisateur peut créer un dossier dans le scratch qui lui est dédié (e.g /scratch/hpolvech/) et lancer ses scripts.
Chaque utilisateur peut créer un dossier dans le scratch qui lui est dédié (e.g \texttt{/scratch/hpolvech/}) et lancer ses scripts.
Les données de référence ainsi que les programmes peuvent rester sur l'espace 'lbmcdb' cependant toutes les autres données d'entrée doivent être copiées sur le /scratch pour être traitées (e.g fichiers fastq.gz). \\
Les données de référence ainsi que les programmes peuvent rester sur l'espace '\texttt{lbmcdb}' cependant toutes les autres données d'entrée doivent être copiées sur le /scratch pour être traitées (e.g fichiers fastq.gz). \\
Pour utiliser des queues séquentielles, nous vous conseillons E5-2667v2d2deb128 (calculs de moins de 2 jours), E5-2667v2h6deb128 (calculs de moins de 6 heures) et monointeldeb128.
Pour utiliser des queues parallèles, nous vous conseillons toutes les queues E5-2670deb128* . \\
...
...
@@ -47,6 +47,6 @@ Cet espace de travail est commun à tous les utilisateurs du PSMN et ne possède
\section{Conclusion}
Il s'agit de plusieurs espaces de partage, stockage et de calcul mis à votre disposition: prenez-en soin.
Il s'agit de plusieurs espaces de partage, stockage et de calcul mis à votre disposition: prenez-en soin.
