@@ -20,14 +20,14 @@ Le PSMN demande lors de l'aquisition d'un compte de suivre une formation obligat
Le créneau de 10h00 à 12h00 est principalement dédié à la connexion sur les serveurs du PSMN, l'utilisation des serveurs, les outils pour des codes séquentiels, etc. Dans le créneau de l'après-midi, de 14h à 17h, sont abordés le système de batch, les outils pour les codes parallèles, etc.
\section{Home et Espace de stockage : /Xnfs/site/lbmcdb }
\section{Home et Espace de stockage : \texttt{/Xnfs/site/lbmcdb}}
Le "Home" de l'utilisateur LBMC ne doit servir que de zone de test pour ses petits programmes ou d'espace de transition. Ne disposant que de 8 To pour l'ensemble des utilisateurs LMBC, il ne sert en aucun cas de lieu de stockage final pour ses projets.
Le LBMC a acquis au début de l'année 2017 un espace de stockage de 35 To modulable pour les différentes équipes du laboratoire.
Pour y accéder il faut d'abord se connecter par commande 'ssh -X' aux frontales (ou serveurs de compilation) telles que 'E5-2670comp3-pub' ou 'E5-2670comp2-pub'.
Pour y accéder il faut d'abord se connecter par commande 'ssh -X' aux frontales (ou serveurs de compilation) telles que '\texttt{E5-2670comp3-pub}' ou '\texttt{E5-2670comp2-pub}'.
Chaque équipe possède son espace sous le dossier '[nom]\_team'. Un espace commun aux différentes équipes est également présent [common] pour les différentes données de références ou scripts utils à tous. \\
Chaque équipe possède son espace sous le dossier '\texttt{[nom]\_team}'. Un espace commun aux différentes équipes est également présent \texttt{[common]} pour les différentes données de références ou scripts utils à tous. \\
Pensez à effacer les fichiers transitoires générés par vos outils et/ou qui ne sont pas essentiels à la publications de vos données. De même, pensez à conserver une trace des outils, versions et statistiques utilisées (par exemple sur le Git du LBMC) ainsi que vos Méta-Données.
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@@ -36,9 +36,9 @@ Cet espace de stockage ne sert en aucun de lieu pour vos calculs! Une zone y est
\section{Espace de calcul : /scratch}
Comme pour l'espace de stockage, il faut vous connectez à une frontale.
Chaque utilisateur peut créer un dossier dans le scratch qui lui est dédié (e.g /scratch/hpolvech/) et lancer ses scripts.
Chaque utilisateur peut créer un dossier dans le scratch qui lui est dédié (e.g \texttt{/scratch/hpolvech/}) et lancer ses scripts.
Les données de référence ainsi que les programmes peuvent rester sur l'espace 'lbmcdb' cependant toutes les autres données d'entrée doivent être copiées sur le /scratch pour être traitées (e.g fichiers fastq.gz). \\
Les données de référence ainsi que les programmes peuvent rester sur l'espace '\texttt{lbmcdb}' cependant toutes les autres données d'entrée doivent être copiées sur le /scratch pour être traitées (e.g fichiers fastq.gz). \\
Pour utiliser des queues séquentielles, nous vous conseillons E5-2667v2d2deb128 (calculs de moins de 2 jours), E5-2667v2h6deb128 (calculs de moins de 6 heures) et monointeldeb128.
Pour utiliser des queues parallèles, nous vous conseillons toutes les queues E5-2670deb128* . \\
