index.md

+## Unix / command line training course {.unnumbered}
+
+1. [Understanding a computer](./1_understanding_a_computer.html)
+2. [Using the IFB cloud](./2_using_the_ifb_cloud.html)
+3. [First steps in a terminal](./3_first_steps_in_a_terminal.html)
+4. [The Unix file system.](./4_unix_file_system.html)
+5. [Users and rights](./5_users_and_rights.html)
+6. [Unix processes](./6_unix_processes.html)
+7. [Streams and pipes](./7_streams_and_pipes.html)
+8. [Text manipulation](./8_text_manipulation.html)
+9. [Batch processing](./9_batch_processing.html)
+10. [Network and ssh](./10_network_and_ssh.html)
+11. [Install system-wide programs](./11_install_system_programs.html)
+12. [Virtualization](./12_virtualization.html)
+
+

install.sh

+#!/bin/bash
+
+# This script is executed on the virtual machine during the Installation phase (need to be ran as root!).
+# It is used to record a predefined VM-image of the appliance.
+# Otherwise executed first during a cloud deployement in IFB-Biosphere
+
+# Run app playbook
+ansible-playbook -c local -i 127.0.0.1, -b -e 'ansible_python_interpreter=/usr/bin/python3' ubuntu-shellinabox.yaml
+
+
+
+
+

mail.txt

+Bonjour à tous,
+
+Le CAN va prochainement organiser une formation UNIX ligne de commandes qui débutera fin septembre / débuts octobre.
+Cette formation s'étalera sur une dizaine de semaines à raison de 1h30 par semaine (suivant les demandes, elle aura lieu tous les ans au semestre d'automn).
+
+Les objectifs de cette formation sont:
+- comprendre le fonctionnement général d'un ordinateur
+- interagir avec un système de type UNIX par une interface en ligne de commande
+- utiliser des ressources distantes en ligne de commande
+- installer et utiliser des programmes en ligne de commandes
+- manipuler des données de types textuelles de manière automatisée
+- avoir des notions d'administration sur ce type de système
+- avoir des notions en virtualisation de système
+
+Si vous êtes intéressé, vous pouvez vous inscrire via le lien suivant: https://framaforms.org/formation-unix-ligne-de-commande-1661852334
+
+Bien cordialement,
+
+PS: Si vous êtes intéressé pour être formateur pour cette formation, veuillez me contacter par retour à ce mail

orga/ifb_cloud_group_desc.md

+# IFB cloud group description for UNIX training
+
+## Short name
+
+CAN UNIX 2023
+
+## Full name
+
+UNIX command line training
+
+## Website
+
+https://gitbio.ens-lyon.fr/can/unix-command-line/
+
+---
+
+# Detailed description
+
+## Résumé (20 lignes)
+
+Le [Conseil d'Analyse Numérique (CAN)](https://www.sfr-biosciences.fr/la-sfr/conseil-analyse-numerique/) de l'UAR [SFR BioSciences](https://www.sfr-biosciences.fr) (Lyon) organise une formation **"UNIX ligne de commandes"** à destination des membres des laboratoires de biologie affiliés (entre autres ceux hébergés à l'ENS de Lyon), laquelle débutera début octobre.
+
+Cette formation s'étalera sur une quatorzaine de semaines à raison de 1h30 par semaine au semestre d'automne (suivant les demandes, elle aura lieu tous les ans au semestre d'automne).
+
+Les objectifs de cette formation sont:
+
+- comprendre le fonctionnement général d'un ordinateur
+- interagir avec un système de type UNIX par une interface en ligne de commande
+- utiliser des ressources distantes en ligne de commande
+- installer et utiliser des programmes en ligne de commandes
+- manipuler des données de types textuelles de manière automatisée
+- avoir des notions d'administration sur ce type de système
+- avoir des notions en virtualisation de système
+
+## Informations pratiques
+
+- Dates : 1h30/semaine de octobre 2022 à janvier 2023
+- Lieu : Centre Blaise Pascal (CBP), ENS de Lyon
+- Noms des formateurs : Laurent Modolo, Ghislain Durif, Mia Croiset
+- Nombre de participants : 12
+
+## Ressources demandées
+
+Nous utiliserons des instances de l'*appliance* "LBMC Unix 2022" déjà utilisée l'année dernière. Les TPs portent sur la prise en main de commandes bash, donc les VM les plus petites suffisent, pour un TP d'1h30 nous aurons besoin de 2 vCPU par VM au plus.
+
+### Outils et environnements
+
+- une distribution Linux standard (Ubuntu)
+- docker
+- bash
+- shellinabox (pour un accès au terminal via une interface web)
+
+Tous ces outils sont intégrés dans l'*appliance* "LBMC Unix 2022".
+
+### Resources informatiques
+*Indiquer la quantité estimée de calcul et de stockage sur la durée totale de votre formation.*
+
+* Taille max des VMs par participant : 2 vCPU, 2Go mémoire RAM, gabarit `ifb.tr.medium` (2c 2Go)
+* Nombre total d'heures vCPU (vCPU.h) : 2 vCPU * (12 participants + 2 encadrants) * 14 séances * 1h30 = 588 vCPU.h
+* Volume de stockage partagé : <1Go
+* Besoins spécifiques
+  - grosse mémoire (RAM > 1 To) : NON
+  - GPU : NON
+  - haute fréquence processeur (> 3 GHz) : NON
+  - parallélisme : 2 vCPU/VM max
+
+Disponibilité des ressources après la formation ? NON
+
+---
+
+## Start
+
+10/10/2023
+
+## End
+
+31/01/2023

orga/mail_call_trainer.txt

+# Appel à formateurs/formatrices pour formations "UNIX ligne de commandes" et "R pour les débutant(e)s", automne 2024
+
+Bonjour (english below)
+
+---
+TL;DR appel à formateurs/formatrices pour des formations hebdomadaire au semestre d'automne "UNIX ligne de commandes" (1 créneau) et "R pour les débutant(e)s" (4 créneaux), liens pour s'inscrire ci-dessous
+
+---
+
+Le CAN (https://www.sfr-biosciences.fr/la-sfr/conseil-analyse-numerique/) va organiser deux formations sur le semestre d'automne qui débuteront débuts octobre : "UNIX ligne de commandes" et "R pour les débutant(e)s". En option, une extension à Python d'une partie du contenu de la formation "R pour les débutant(e)s" sera proposée sur deux séances supplémentaires.
+
+Ces formations s'étaleront sur une dizaine de semaines, jusqu'en décembre (sauf pendant les vacances de Toussaint et Noël, avec la possibilité de rajouter quelques séances en janvier si besoin) à raison de 1h30 de travaux pratiques par semaine avec 10 personnes par créneau.
+
+Ces formations sont accessibles à tous les membres (permanents et non permanents) des laboratoires suivants (partenaires de la SFR BioSciences) : CIRI, IGFL, LBMC, RDP, MMSB, LBTI, IVPC, IBCP.
+
+Afin d'animer ces formations, nous sommes à la recherche de formateurs et formatrices volontaires, idéalement au moins 2 par créneau.
+
+Informations importantes :
+
+- il n'y a pas de préparation, les supports sont prêts,
+- c'est 1h30 par semaine, on peut facilement échanger si un jour on n'est pas dispo,
+- les personnes formées sont vraiment débutantes donc les questions ne seront pas complexes et toute aide sera la bienvenue, il faut juste être à l'aise avec R ou avec la ligne de commande sur UNIX (e.g. OS Linux), pas besoin d'être un expert ou une experte,
+- et surtout c'est super enrichissant!
+
+Si vous êtes intéressé(e), vous pouvez vous inscrire via les liens suivants :
+
+- UNIX ligne de commandes : https://framaforms.org/appel-a-formatrices-et-formateurs-pour-la-formation-unix-ligne-de-commande-call-for-trainers-for-0
+- R pour les débutant(e)s : https://framaforms.org/appel-a-formatrices-et-formateurs-pour-la-formation-r-pour-les-debutantes-call-for-trainers-for-r-0
+
+Planning :
+
+- lundi 13h-14h30 : R pour les débutant(e)s
+- mardi 11h-12h30 : UNIX ligne de commandes
+- mercredi 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s
+- jeudi 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s (in ENGLISH)
+- vendredi 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s
+
+Si vous avez des questions, vous pouvez contacter:
+
+- Laurent Gilquin (laurent.gilquin@ens-lyon.fr)
+Merci d'avance,
+
+Bien cordialement,
+
+----
+# Call for trainers for "R for beginners" and "UNIX command line" training sessions, fall 2024
+
+
+Hi,
+
+---
+TL;DR call for trainers for the weekly training session during fall semester : "UNIX command line" (1 slot) and "R for beginners" (4 slots), link to register below
+---
+
+The CAN (https://www.sfr-biosciences.fr/la-sfr/conseil-analyse-numerique/) will organize two training session during the fall semester (starting in early October): "UNIX command line" and "R for beginners". As an option, an extension to Python of the "R for beginners" course will be proposed over two additional sessions.
+
+These training sessions will take place during around ten weeks, until December (except during Toussaint and Christmas Holidays, with the possibility to add additional slots in January if necessary), with 1h30 of tutorial/practical every week and 10 trainees/slot.
+
+These training sessions are available for all (permanent and non-permanent) members of the following labs (SFR BioSciences partners): CIRI, IGFL, LBMC, RDP, MMSB, LBTI, IVPC, IBCP.
+
+We are looking for volunteers to be trainers, ideally 2 per slot.
+
+Important information :
+
+- no preparation required, training materials are ready,
+- it is only 1h30 per week (or more if you want to teach multiple sessions), it is possible to switch spots with other trainers if you are not available one time,
+- trainees will be beginners, so questions will not be too complex and any help is welcomed, you just need to be a regular UNIX command line user (e.g. Linux OS) or R user, no need to be an expert,
+- and also it is highly rewarding!
+
+If you are interested, please register using the following links :
+
+- UNIX command line: https://framaforms.org/appel-a-formatrices-et-formateurs-pour-la-formation-unix-ligne-de-commande-call-for-trainers-for-0
+- R for beginners: https://framaforms.org/appel-a-formatrices-et-formateurs-pour-la-formation-r-pour-les-debutantes-call-for-trainers-for-r-0
+
+Schedule :
+
+- Monday 13h-14h30 : R pour les débutant(e)s
+- Tuesday 11h-12h30 : UNIX ligne de commandes
+- Wednesday 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s
+- Thursday 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s (in ENGLISH)
+- Friday 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s
+
+If you have any questions, please contact:
+
+- Laurent Gilquin (laurent.gilquin@ens-lyon.fr)
+Thanks in advance,
+
+Best regards,

orga/mail_registration.txt

+# Formations "UNIX ligne de commandes" et "R pour les débutant(e)s", automne 2024
+
+Bonjour (english below)
+
+---
+TL;DR formations hebdomadaire au semestre d'automne "UNIX ligne de commandes" (10 places sur 1 créneau) et "R pour les débutant(e)s" (40 places sur 4 créneaux), liens pour s'inscrire ci-dessous (merci de bien lire les informations ci-dessous)
+
+---
+
+Le CAN (https://www.sfr-biosciences.fr/la-sfr/conseil-analyse-numerique/) va organiser deux formations sur le semestre d'automne qui débuteront débuts octobre : "UNIX ligne de commandes" et "R pour les débutant(e)s". En option, une extension à Python d'une partie du contenu de la formation "R pour les débutant(e)s" sera proposée sur deux séances supplémentaires.
+
+Ces formations s'étaleront sur une dizaine de semaines, jusqu'en décembre (sauf pendant les vacances de Toussaint et Noël, avec la possibilité de rajouter quelques séances en janvier si besoin) à raison de 1h30 de travaux pratiques par semaine.
+
+Ces formations sont accessibles à tous les membres (permanents et non permanents) des laboratoires suivants (partenaires de la SFR BioSciences): CIRI, IGFL, LBMC, RDP, MMSB, LBTI, IVPC, IBCP.
+
+Prérequis : avoir un compte @ens-lyon.fr (pour accéder aux ordinateurs des salles de TP) ou avoir un ordinateur portable avec accès à internet via eduroam et un navigateur internet récent (aucune installation spécifique nécessaire, les TPs se font via une plateforme spécifique accessible par son navigateur Internet).
+
+Il y aura 1 créneau hebdomadaire (en français ou anglais suivant la demande) pour la formation UNIX (soit 10 places) et 4 créneaux hebdomadaires pour la formation R (soit 40 places au total), dont 1 créneau en anglais.
+
+Si vous êtes intéressé(e), vous pouvez vous inscrire via les liens suivants :
+
+- UNIX ligne de commandes : https://framaforms.org/formation-unix-ligne-de-commande-unix-command-line-training-session-1720512376
+- R pour les débutant(e)s : https://framaforms.org/formation-r-pour-les-debutantes-r-for-beginners-training-session-1720512419
+
+IMPORTANT : En vous inscrivant vous vous engagez à venir sur l'ensemble de la formation (sauf absence ponctuelle en cas d'impératif professionnel ou personnel évidemment). Les attestations de formation ne seront délivrées qu'aux personnes ayant suivi au moins 80% des séances de leur groupe.
+
+Planning :
+
+- lundi 13h-14h30 : R pour les débutant(e)s
+- mardi 11h-12h30 : UNIX ligne de commandes
+- mercredi 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s
+- jeudi 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s (in ENGLISH)
+- vendredi 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s
+
+Si vous avez des questions, vous pouvez contacter:
+
+- Laurent Gilquin (laurent.gilquin@ens-lyon.fr)
+
+# Note : un e-mail différent sera envoyé pour en appeler aux formateurs et formatrices volontaires
+
+Les objectifs de ces formations sont :
+
+Pour "UNIX ligne de commandes" :
+
+- comprendre le fonctionnement général d'un ordinateur
+- interagir avec un système de type UNIX par une interface en ligne de commande
+- utiliser des ressources distantes en ligne de commande
+- installer et utiliser des programmes en ligne de commandes
+- manipuler des données de types textuelles de manière automatisée
+- avoir des notions d'administration sur ce type de système
+- avoir des notions en virtualisation de système
+
+Pour "R pour les débutant(e)s" :
+
+- apprendre les bases du langages R
+- apprendre à utiliser l’IDE Rstudio
+- importer des tables de données
+- filtrer et trier des tables de données
+- réorganiser des tables de données
+- réaliser des figures
+- manipuler des EXpressions REGulières (regex)
+
+Bien cordialement,
+
+----
+# "R for beginners" and "UNIX command line" training sessions, fall 2024
+
+Hi,
+
+---
+TL;DR weekly training session during fall semester : "UNIX command line" (10 places on 1 slot) and "R for beginners" (40 places on 4 slots), link to register below (thanks to carefully read the information below)
+---
+
+The CAN (https://www.sfr-biosciences.fr/la-sfr/conseil-analyse-numerique/) will organize two training session during the fall semester (starting in early October): "UNIX command line" and "R for beginners". As an option, an extension to Python of the "R for beginners" course will be proposed over two additional sessions.
+
+These training sessions will take place during around ten weeks, until December (except during Toussaint and Christmas Holidays, with the possibility to add additional slots in January if necessary), with 1h30 of tutorial/practical every week.
+
+These training sessions are available for all (permanent and non-permanent) members of the following labs (SFR BioSciences partners): CIRI, IGFL, LBMC, RDP, MMSB, LBTI, IVPC, IBCP.
+
+Requirement: having an @ens-lyon.fr account (to access computers during the session) or having a laptop with a working eduroam Internet access and a recent web browser (no further installation is required, all practicals will be done via a specific platform available through the web browser).
+
+There will be 1 weekly session (in french or in english depending on the registered persons) pour the UNIX training (10 places) and 4 weekly sessions for the R training (40 places), including 1 session in english.
+
+If you are interested, please register using the following links :
+
+- UNIX command line: https://framaforms.org/formation-unix-ligne-de-commande-unix-command-line-training-session-1720512376
+- R for beginners: https://framaforms.org/formation-r-pour-les-debutantes-r-for-beginners-training-session-1720512419
+
+IMPORTANT: By registering, you agree to attend the entire course (except for one-time absences in case of professional or personal imperative obviously). Training certificates will only be delivered to people who have attended at least 80% of their group's sessions.
+
+Schedule :
+
+- Monday 13h-14h30 : R pour les débutant(e)s
+- Tuesday 11h-12h30 : UNIX ligne de commandes
+- Wednesday 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s
+- Thursday 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s (in ENGLISH)
+- Friday 11h-12h30 : R pour les débutant(e)s
+
+If you have any questions, please contact:
+
+- Laurent Gilquin (laurent.gilquin@ens-lyon.fr)
+
+# Note: a separate e-mail will be send to call for trainers
+
+The contents of the these training sessions are the following :
+
+For "UNIX command line":
+- understand the general functioning of a computer
+- interact with a UNIX-type system through the command line interface
+- use remote resources through command line
+- install and use software and programs through command line
+- automatically manipulate text data
+- learn basic knowledge of system administration
+- learn basic knowledge of system virtualization
+
+For "R for beginners":
+- learn basic knowledge of R language programming
+- use Rstudio IDE (Integrated Development Environment)
+- import data table/array
+- filter and sort data table
+- reorganize data table
+- generate graphics and plots
+- manipulate REGular EXpressions (regex)
+
+Best regards,
+

orga/yakform_call_trainer_unix.txt

+$webform = array (
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+2|IGFL - Institut de Génomique Fonctionnelle de lyon
+3|LBMC - Laboratoire de Biologie et modelisation de la Cellule
+RDP - Laboratoire de Reproduction et Développement des Plantes|RDP - Laboratoire de Reproduction et Développement des Plantes
+MMSB - MOlecular microbiology and structural biochemistry|MMSB - MOlecular microbiology and structural biochemistry
+LBTI - Laboratoire de Biologie Tissulaire et d\'Ingénierie Thérapeutique|LBTI - Laboratoire de Biologie Tissulaire et d\'Ingénierie Thérapeutique
+IVPC - Infections Virales et Pathologie Comparée|IVPC - Infections Virales et Pathologie Comparée
+IBCP - Institut de Biologie et Chimie des Proteines     Unité mixte de service UMS3760 CNRS-UCBL - Directeur : Christophe Geourjon     L\'IBCP héberge les 2 unités de recherche MMSB et LBTI. L’institut a pour vocation de gérer le bâtiment, les ressources technologiques et une partie du personnel technique partagé par ces 2 unités.|IBCP - Institut de Biologie et Chimie des Proteines     Unité mixte de service UMS3760 CNRS-UCBL - Directeur : Christophe Geourjon     L\'IBCP héberge les 2 unités de recherche MMSB et LBTI. L’institut a pour vocation de gérer le bâtiment, les ressources technologiques et une partie du personnel technique partagé par ces 2 unités.
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+
+<p><i>We use the IFB cloud (<link href="https://biosphere.france-bioinformatique.fr/">https://biosphere.france-bioinformatique.fr/</link>) for the practicals (trainees work in their web browser on virtual machine (Ubuntu) hosted on IFB cloud).</i></p>',
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+',
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+
+<p><i>More details about the locations will be given later.</i></p>
+
+<p>Il y a 10 stagiaires par créneaux, et idéalement 2 formateurs ou formatrices.</p>
+
+<p><i>There will be 10 trainees per slot, and ideally 2 trainers.</i></p>',
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+
+<p><i>(except for one-time absences in case of professional or personal imperative obviously)</i><p>',
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