HicPro and Parasplit (Étape de traitement additionnel inutile)

Dans le script suivant :

hic/subworkflows/local/hicpro_mapping.nf

On peut s'apercevoir ligne 67 que :

"if (!params.dnase){"

Lance les étapes de mapping puis trimming, puis de mapping des éléments trimmés

Le problème est que lorsque l'on utilise les options "Parasplit" par exemple, pour éviter le mapping itératif (long ++), on se retrouve quand même avec des étapes de trimming+mapping non voulu.

Exemple :

nextflow run ../hic/main.nf -profile 'docker' --workflow 'hicpro' --input 'samplesheet.csv' --fasta '../GCA_000001215.4_Release_6_plus_ISO1.fna' --digestion 'hindiii' --save_pairs --parasplit --save_aligned_intermediates --skip_balancing

[...]

\[- \] NFCORE_HIC:HIC:FASTQC | 0 of 4 \[- \] NFCORE_HIC:HIC:PARASPLIT | 0 of 4 \[- \] NFCORE_HIC:HIC:HICPRO:HICPRO_MAPPING:BOWTIE2_ALIGN - \[- \] NFCORE_HIC:HIC:HICPRO:HICPRO_MAPPING:TRIM_READS - \[- \] NFCORE_HIC:HIC:HICPRO:HICPRO_MAPPING:BOWTIE2_ALIGN_TRIMMED -

changed the description