From 873b31fdadd33d91d87392d40a5dfeb6396926d3 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Laurent Modolo <laurent.modolo@ens-lyon.fr>
Date: Wed, 17 Mar 2021 13:01:59 +0100
Subject: [PATCH] g2gtools: pass along tbi file
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src/nf_modules/g2gtools/main.nf | 16 ++++++++--------
1 file changed, 8 insertions(+), 8 deletions(-)
diff --git a/src/nf_modules/g2gtools/main.nf b/src/nf_modules/g2gtools/main.nf
index d99fbf21..3898c8c0 100644
--- a/src/nf_modules/g2gtools/main.nf
+++ b/src/nf_modules/g2gtools/main.nf
@@ -10,7 +10,7 @@ process vci_build {
tuple val(file_id), path(vcf)
tuple val(ref_id), path(fasta)
output:
- tuple val(file_id), path("*.vci.gz"), emit: vci
+ tuple val(file_id), path("*.vci.gz"), path("*.tbi"), emit: vci
tuple val(file_id), path("*_report.txt"), emit: report
script:
input_vcf = ""
@@ -33,10 +33,10 @@ process incorporate_snp {
tag "$file_id"
input:
- tuple val(file_id), path(vci)
+ tuple val(file_id), path(vci), path(tbi)
tuple val(ref_id), path(fasta)
output:
- tuple val(file_id), path("${file_id}_snp.fasta"), path("${vci}"), emit: fasta
+ tuple val(file_id), path("${file_id}_snp.fasta"), path("${vci}"), path("${tbi}"), emit: fasta
tuple val(file_id), path("*_report.txt"), emit: report
script:
"""
@@ -54,9 +54,9 @@ process incorporate_indel {
tag "$file_id"
input:
- tuple val(file_id), path(fasta), path(vci)
+ tuple val(file_id), path(fasta), path(vci), path(tbi)
output:
- tuple val(file_id), path("${file_id}_snp_indel.fasta"), path("${vci}"), emit: fasta
+ tuple val(file_id), path("${file_id}_snp_indel.fasta"), path("${vci}"), path("${tbi}"), emit: fasta
tuple val(file_id), path("*_report.txt"), emit: report
script:
"""
@@ -74,7 +74,7 @@ process convert_gtf {
tag "$file_id"
input:
- tuple val(file_id), path(vci)
+ tuple val(file_id), path(vci), path(tbi)
tuple val(annot_id), path(gtf)
output:
tuple val(file_id), path("${file_id}.gtf"), emit: gtf
@@ -94,7 +94,7 @@ process convert_bed {
tag "$file_id"
input:
- tuple val(file_id), path(vci)
+ tuple val(file_id), path(vci), path(tbi)
tuple val(annot_id), path(bed)
output:
tuple val(file_id), path("${file_id}.bed"), emit: bed
@@ -114,7 +114,7 @@ process convert_bam {
tag "${bam_id} ${file_id}"
input:
- tuple val(file_id), path(vci)
+ tuple val(file_id), path(vci), path(tbi)
tuple val(bam_id), path(bam)
output:
tuple val(file_id), path("${file_id}_${bam_id.baseName}.bam"), emit: bam
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