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......@@ -176,22 +176,15 @@ run prank, trimal and phyml on the fasta output from step 4.
## 6. To do
16/11/2021
Les script 4 mache sur lpg2300 et récupère 49 séquences
--> checker quelles espèces sont présentes et cohérence avec résultats de Margaux + quels sont les espèces manquantes
--> Faire en sorte que ce script marche aussi sur plusieurs gènes
22/11/2021
- Adapt the pipeline to use more than one gene, make concatenates, and format presence/absence for all genes.
=> make script 3_run_PSIblast.sh
to blast all 78 genes retrieved from uniprot on the specific database designed for phylogeny.
=> make script 4_parse_PSIblast.sh (qui coombine PSIBLAST et PSIBLASTTMP)
=> parse this result to see what is missing and make concatenate.
=> make concatenate.
- Integration dans Nextflow
......@@ -200,16 +193,7 @@ to blast all 78 genes retrieved from uniprot on the specific database designed f
=> beautiful output
###
Finir script 4 qui parse les sorties de blast et recupère les fichiers de séquence
Le faire tourner sur tout les sorties de blast correspondant à la phylogénie de référence
Ecrire un CR
-généraliser le script 4
passer en NextFlow
- Revoir le script qui génère la banque proteic pour le rendre utilisable plus généralement.
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