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Binary files a/figure/2_mondrianbats-1.pdf and b/figure/2_mondrianbats-1.pdf differ
diff --git a/figure/2_mondrianbats-2.pdf b/figure/2_mondrianbats-2.pdf
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Binary files a/figure/2_mondrianbats-2.pdf and b/figure/2_mondrianbats-2.pdf differ
diff --git a/figure/2_mondrianbats_bw-1.pdf b/figure/2_mondrianbats_bw-1.pdf
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Binary files a/figure/2_mondrianbats_bw-1.pdf and b/figure/2_mondrianbats_bw-1.pdf differ
diff --git a/figure/2_plot_omega-1.pdf b/figure/2_plot_omega-1.pdf
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Binary files a/figure/2_plot_omega-1.pdf and b/figure/2_plot_omega-1.pdf differ
diff --git a/figure/2_subsetbats-1.pdf b/figure/2_subsetbats-1.pdf
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Binary files a/figure/2_subsetbats-1.pdf and b/figure/2_subsetbats-1.pdf differ
diff --git a/figure/2_subsetbats-2.pdf b/figure/2_subsetbats-2.pdf
index 960c51e670d8301366d52fbb4819cdeb2ffa5b9d..26e919ee717a2d0455231e96214c25706dbc2cea 100644
Binary files a/figure/2_subsetbats-2.pdf and b/figure/2_subsetbats-2.pdf differ
diff --git a/figure/2_subsetbats-3.pdf b/figure/2_subsetbats-3.pdf
index 231d1a07ecf95b035aca8fa24142e240ae657be5..d39c04ff839279ffb39bab32b10cbde560c3591e 100644
Binary files a/figure/2_subsetbats-3.pdf and b/figure/2_subsetbats-3.pdf differ
diff --git a/figure/2_subsetbats_bw-1.pdf b/figure/2_subsetbats_bw-1.pdf
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Binary files a/figure/2_subsetbats_bw-1.pdf and b/figure/2_subsetbats_bw-1.pdf differ
diff --git a/figure/2_tablo-1.pdf b/figure/2_tablo-1.pdf
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Binary files a/figure/2_tablo-1.pdf and b/figure/2_tablo-1.pdf differ
diff --git a/figure/2_tablo_color-1.pdf b/figure/2_tablo_color-1.pdf
index 24afad392849143777ed1f9ea7fec8e289bacef3..3910a9a6e379a82711edc90f8428d8f99f14b615 100644
Binary files a/figure/2_tablo_color-1.pdf and b/figure/2_tablo_color-1.pdf differ
diff --git a/figure/2_tanglegram_tests-1.pdf b/figure/2_tanglegram_tests-1.pdf
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Binary files a/figure/2_tanglegram_tests-1.pdf and b/figure/2_tanglegram_tests-1.pdf differ
diff --git a/rnw_scripts/covid_comp_dataset.Rnw b/rnw_scripts/covid_comp_dataset.Rnw
index 004e6e21f6cd9f5ba42851b8e98b0f17d35cddf8..82f725b90ed2a1184a755a1dd13ed4dfb4b03d6d 100644
--- a/rnw_scripts/covid_comp_dataset.Rnw
+++ b/rnw_scripts/covid_comp_dataset.Rnw
@@ -378,7 +378,7 @@ for (p in 3:5){
for (p in 0:2){
for (b in 0:2){
tmp<-tablo$`tmp$Gene.name`[tablo$nbats==b & tablo$nprimates==p]
- text(b,p, paste0(length(tmp), " values"))
+ text(b,p, paste0("n= ", length(tmp)))
}
}
@
diff --git a/rnw_scripts/covid_comp_dataset.pdf b/rnw_scripts/covid_comp_dataset.pdf
index 1c03521af13f6bb72ad282edfbd2f7796f1fa4cd..c18f26eb524ebac08dda0bf5256e7b1936741a1f 100644
Binary files a/rnw_scripts/covid_comp_dataset.pdf and b/rnw_scripts/covid_comp_dataset.pdf differ
diff --git a/rnw_scripts/covid_comp_dataset.tex b/rnw_scripts/covid_comp_dataset.tex
index 2bb308de07522be010a0b3def5c9623d48525b58..d1dc9e32302ad8e1e0b51941a289ba9da9fe4fc5 100644
--- a/rnw_scripts/covid_comp_dataset.tex
+++ b/rnw_scripts/covid_comp_dataset.tex
@@ -282,30 +282,18 @@ Necessary packages:
\hlstd{monddata[monddata}\hlopt{$}\hlstd{bats_dginn4}\hlopt{==}\hlnum{1} \hlopt{&} \hlstd{monddata}\hlopt{$}\hlstd{primate_dginn4}\hlopt{==}\hlnum{1}\hlstd{,]}
\end{alltt}
\begin{verbatim}
-## tmp$Gene.name bats_dginn3 primate_dginn3 bats_dginn4
-## 6 ACADM 1 1 1
-## 7 ACE2 1 1 1
-## 109 GGH 1 1 1
-## 117 GOLGA7 1 1 1
-## 134 IDE 1 1 1
-## 139 ITGB1 1 1 1
-## 146 LMAN2 1 1 1
-## 212 POLA1 1 1 1
-## 264 SLC27A2 1 1 1
-## 302 TOR1AIP1 1 1 1
-## 315 VPS39 1 1 1
-## primate_dginn4
-## 6 1
-## 7 1
-## 109 1
-## 117 1
-## 134 1
-## 139 1
-## 146 1
-## 212 1
-## 264 1
-## 302 1
-## 315 1
+## tmp$Gene.name bats_dginn3 primate_dginn3 bats_dginn4 primate_dginn4
+## 6 ACADM 1 1 1 1
+## 7 ACE2 1 1 1 1
+## 109 GGH 1 1 1 1
+## 117 GOLGA7 1 1 1 1
+## 134 IDE 1 1 1 1
+## 139 ITGB1 1 1 1 1
+## 146 LMAN2 1 1 1 1
+## 212 POLA1 1 1 1 1
+## 264 SLC27A2 1 1 1 1
+## 302 TOR1AIP1 1 1 1 1
+## 315 VPS39 1 1 1 1
\end{verbatim}
\end{kframe}
\end{knitrout}
@@ -318,44 +306,25 @@ Necessary packages:
\hlstd{monddata[monddata}\hlopt{$}\hlstd{bats_dginn3}\hlopt{==}\hlnum{1} \hlopt{&} \hlstd{monddata}\hlopt{$}\hlstd{primate_dginn3}\hlopt{==}\hlnum{1}\hlstd{,]}
\end{alltt}
\begin{verbatim}
-## tmp$Gene.name bats_dginn3 primate_dginn3 bats_dginn4
-## 6 ACADM 1 1 1
-## 7 ACE2 1 1 1
-## 9 ADAM9 1 1 0
-## 34 CDK5RAP2 1 1 0
-## 71 EDEM3 1 1 1
-## 109 GGH 1 1 1
-## 117 GOLGA7 1 1 1
-## 134 IDE 1 1 1
-## 139 ITGB1 1 1 1
-## 146 LMAN2 1 1 1
-## 157 MIPOL1 1 1 0
-## 159 MOV10 1 1 0
-## 212 POLA1 1 1 1
-## 239 RAP1GDS1 1 1 1
-## 257 SCCPDH 1 1 0
-## 264 SLC27A2 1 1 1
-## 302 TOR1AIP1 1 1 1
-## 315 VPS39 1 1 1
-## primate_dginn4
-## 6 1
-## 7 1
-## 9 0
-## 34 1
-## 71 0
-## 109 1
-## 117 1
-## 134 1
-## 139 1
-## 146 1
-## 157 1
-## 159 0
-## 212 1
-## 239 0
-## 257 0
-## 264 1
-## 302 1
-## 315 1
+## tmp$Gene.name bats_dginn3 primate_dginn3 bats_dginn4 primate_dginn4
+## 6 ACADM 1 1 1 1
+## 7 ACE2 1 1 1 1
+## 9 ADAM9 1 1 0 0
+## 34 CDK5RAP2 1 1 0 1
+## 71 EDEM3 1 1 1 0
+## 109 GGH 1 1 1 1
+## 117 GOLGA7 1 1 1 1
+## 134 IDE 1 1 1 1
+## 139 ITGB1 1 1 1 1
+## 146 LMAN2 1 1 1 1
+## 157 MIPOL1 1 1 0 1
+## 159 MOV10 1 1 0 0
+## 212 POLA1 1 1 1 1
+## 239 RAP1GDS1 1 1 1 0
+## 257 SCCPDH 1 1 0 0
+## 264 SLC27A2 1 1 1 1
+## 302 TOR1AIP1 1 1 1 1
+## 315 VPS39 1 1 1 1
\end{verbatim}
\end{kframe}
\end{knitrout}
@@ -371,88 +340,47 @@ Necessary packages:
\hlstd{monddata[monddata}\hlopt{$}\hlstd{bats_dginn4}\hlopt{==}\hlnum{0} \hlopt{&} \hlstd{monddata}\hlopt{$}\hlstd{primate_dginn4}\hlopt{==}\hlnum{1}\hlstd{,]}
\end{alltt}
\begin{verbatim}
-## tmp$Gene.name bats_dginn3 primate_dginn3 bats_dginn4
-## 31 BRD4 0 1 0
-## 34 CDK5RAP2 1 1 0
-## 37 CEP135 0 1 0
-## 40 CEP68 0 1 0
-## 47 CLIP4 0 1 0
-## 67 DNMT1 0 1 0
-## 68 DPH5 0 1 0
-## 75 EMC1 0 1 0
-## 80 ERO1B 0 1 0
-## 101 FYCO1 0 1 0
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-## 110 GHITM 0 1 0
-## 111 GIGYF2 0 1 0
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-## 127 HECTD1 0 1 0
-## 143 LARP1 0 1 0
-## 144 LARP4B 0 1 0
-## 150 MARK1 0 1 0
-## 157 MIPOL1 1 1 0
-## 160 MPHOSPH10 0 1 0
-## 166 MYCBP2 0 1 0
-## 171 NDUFAF2 0 1 0
-## 172 NDUFB9 0 1 0
-## 187 NUP58 0 1 0
-## 195 PCNT 0 1 0
-## 218 PRIM2 0 1 0
-## 220 PRKAR2A 0 1 0
-## 227 PVR 0 1 0
-## 245 REEP6 0 1 0
-## 248 RIPK1 0 1 0
-## 253 SAAL1 0 1 0
-## 260 SEPSECS 0 1 0
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-## 305 TUBGCP2 0 1 0
-## 308 UBAP2 0 1 0
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-## 322 ZNF318 0 1 0
-## primate_dginn4
-## 31 1
-## 34 1
-## 37 1
-## 40 1
-## 47 1
-## 67 1
-## 68 1
-## 75 1
-## 80 1
-## 101 1
-## 105 1
-## 110 1
-## 111 1
-## 112 1
-## 127 1
-## 143 1
-## 144 1
-## 150 1
-## 157 1
-## 160 1
-## 166 1
-## 171 1
-## 172 1
-## 187 1
-## 195 1
-## 218 1
-## 220 1
-## 227 1
-## 245 1
-## 248 1
-## 253 1
-## 260 1
-## 262 1
-## 263 1
-## 297 1
-## 299 1
-## 305 1
-## 308 1
-## 311 1
-## 322 1
+## tmp$Gene.name bats_dginn3 primate_dginn3 bats_dginn4 primate_dginn4
+## 31 BRD4 0 1 0 1
+## 34 CDK5RAP2 1 1 0 1
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+## 40 CEP68 0 1 0 1
+## 47 CLIP4 0 1 0 1
+## 67 DNMT1 0 1 0 1
+## 68 DPH5 0 1 0 1
+## 75 EMC1 0 1 0 1
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+## 111 GIGYF2 0 1 0 1
+## 112 GLA 0 1 0 1
+## 127 HECTD1 0 1 0 1
+## 143 LARP1 0 1 0 1
+## 144 LARP4B 0 1 0 1
+## 150 MARK1 0 1 0 1
+## 157 MIPOL1 1 1 0 1
+## 160 MPHOSPH10 0 1 0 1
+## 166 MYCBP2 0 1 0 1
+## 171 NDUFAF2 0 1 0 1
+## 172 NDUFB9 0 1 0 1
+## 187 NUP58 0 1 0 1
+## 195 PCNT 0 1 0 1
+## 218 PRIM2 0 1 0 1
+## 220 PRKAR2A 0 1 0 1
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+## 260 SEPSECS 0 1 0 1
+## 262 SIRT5 0 1 0 1
+## 263 SLC25A21 0 1 0 1
+## 297 TMEM39B 0 1 0 1
+## 299 TMPRSS2 0 1 0 1
+## 305 TUBGCP2 0 1 0 1
+## 308 UBAP2 0 1 0 1
+## 311 UGGT2 0 1 0 1
+## 322 ZNF318 0 1 0 1
\end{verbatim}
\end{kframe}
\end{knitrout}
@@ -465,148 +393,77 @@ Necessary packages:
\hlstd{monddata[monddata}\hlopt{$}\hlstd{bats_dginn3}\hlopt{==}\hlnum{0} \hlopt{&} \hlstd{monddata}\hlopt{$}\hlstd{primate_dginn3}\hlopt{==}\hlnum{1}\hlstd{,]}
\end{alltt}
\begin{verbatim}
-## tmp$Gene.name bats_dginn3 primate_dginn3 bats_dginn4
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-## 144 LARP4B 0 1 0
-## 145 LARP7 0 1 0
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-## 224 PTBP2 0 1 0
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-## 233 RAB2A 0 1 0
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-## 248 RIPK1 0 1 0
-## 250 RPL36 0 1 0
-## 253 SAAL1 0 1 0
-## 260 SEPSECS 0 1 0
-## 262 SIRT5 0 1 0
-## 263 SLC25A21 0 1 0
-## 278 STOM 0 1 0
-## 291 TIMM8B 0 1 0
-## 297 TMEM39B 0 1 0
-## 299 TMPRSS2 0 1 0
-## 303 TRIM59 0 1 0
-## 304 TRMT1 0 1 0
-## 305 TUBGCP2 0 1 0
-## 308 UBAP2 0 1 0
-## 311 UGGT2 0 1 0
-## 313 USP54 0 1 0
-## 322 ZNF318 0 1 0
-## primate_dginn4
-## 19 0
-## 23 0
-## 31 1
-## 32 0
-## 37 1
-## 40 1
-## 47 1
-## 48 0
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+## tmp$Gene.name bats_dginn3 primate_dginn3 bats_dginn4 primate_dginn4
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+## 37 CEP135 0 1 0 1
+## 40 CEP68 0 1 0 1
+## 47 CLIP4 0 1 0 1
+## 48 CNTRL 0 1 0 0
+## 67 DNMT1 0 1 0 1
+## 68 DPH5 0 1 0 1
+## 72 EIF4E2 0 1 0 0
+## 75 EMC1 0 1 0 1
+## 80 ERO1B 0 1 0 1
+## 83 EXOSC2 0 1 0 0
+## 101 FYCO1 0 1 0 1
+## 105 GCC2 0 1 0 1
+## 110 GHITM 0 1 0 1
+## 111 GIGYF2 0 1 0 1
+## 112 GLA 0 1 0 1
+## 118 GOLGB1 0 1 0 0
+## 119 GORASP1 0 1 0 0
+## 125 HDAC2 0 1 0 0
+## 127 HECTD1 0 1 0 1
+## 131 HS6ST2 0 1 0 0
+## 143 LARP1 0 1 0 1
+## 144 LARP4B 0 1 0 1
+## 145 LARP7 0 1 0 0
+## 150 MARK1 0 1 0 1
+## 154 MDN1 0 1 0 0
+## 160 MPHOSPH10 0 1 0 1
+## 164 MRPS5 0 1 0 0
+## 166 MYCBP2 0 1 0 1
+## 168 NAT14 0 1 0 0
+## 171 NDUFAF2 0 1 0 1
+## 172 NDUFB9 0 1 0 1
+## 176 NGLY1 0 1 0 0
+## 181 NPC2 0 1 0 0
+## 187 NUP58 0 1 0 1
+## 195 PCNT 0 1 0 1
+## 202 PITRM1 0 1 0 0
+## 204 PLAT 0 1 0 0
+## 208 PLOD2 0 1 0 0
+## 210 PMPCB 0 1 0 0
+## 214 POR 0 1 0 0
+## 218 PRIM2 0 1 0 1
+## 220 PRKAR2A 0 1 0 1
+## 224 PTBP2 0 1 0 0
+## 227 PVR 0 1 0 1
+## 230 RAB14 0 1 0 0
+## 232 RAB1A 0 1 0 0
+## 233 RAB2A 0 1 0 0
+## 242 RBX1 0 1 0 0
+## 245 REEP6 0 1 0 1
+## 248 RIPK1 0 1 0 1
+## 250 RPL36 0 1 0 0
+## 253 SAAL1 0 1 0 1
+## 260 SEPSECS 0 1 0 1
+## 262 SIRT5 0 1 0 1
+## 263 SLC25A21 0 1 0 1
+## 278 STOM 0 1 0 0
+## 291 TIMM8B 0 1 0 0
+## 297 TMEM39B 0 1 0 1
+## 299 TMPRSS2 0 1 0 1
+## 303 TRIM59 0 1 0 0
+## 304 TRMT1 0 1 0 0
+## 305 TUBGCP2 0 1 0 1
+## 308 UBAP2 0 1 0 1
+## 311 UGGT2 0 1 0 1
+## 313 USP54 0 1 0 0
+## 322 ZNF318 0 1 0 1
\end{verbatim}
\end{kframe}
\end{knitrout}
@@ -622,30 +479,18 @@ Necessary packages:
\hlstd{monddata[monddata}\hlopt{$}\hlstd{bats_dginn4}\hlopt{==}\hlnum{1} \hlopt{&} \hlstd{monddata}\hlopt{$}\hlstd{primate_dginn4}\hlopt{==}\hlnum{0}\hlstd{,]}
\end{alltt}
\begin{verbatim}
-## tmp$Gene.name bats_dginn3 primate_dginn3 bats_dginn4
-## 14 AKAP9 1 0 1
-## 26 ATP6AP1 1 0 1
-## 44 CISD3 1 0 1
-## 71 EDEM3 1 1 1
-## 77 ERGIC1 1 0 1
-## 136 IMPDH2 1 0 1
-## 137 INHBE 1 0 1
-## 231 RAB18 1 0 1
-## 239 RAP1GDS1 1 1 1
-## 268 SLC44A2 1 0 1
-## 284 TBK1 1 0 1
-## primate_dginn4
-## 14 0
-## 26 0
-## 44 0
-## 71 0
-## 77 0
-## 136 0
-## 137 0
-## 231 0
-## 239 0
-## 268 0
-## 284 0
+## tmp$Gene.name bats_dginn3 primate_dginn3 bats_dginn4 primate_dginn4
+## 14 AKAP9 1 0 1 0
+## 26 ATP6AP1 1 0 1 0
+## 44 CISD3 1 0 1 0
+## 71 EDEM3 1 1 1 0
+## 77 ERGIC1 1 0 1 0
+## 136 IMPDH2 1 0 1 0
+## 137 INHBE 1 0 1 0
+## 231 RAB18 1 0 1 0
+## 239 RAP1GDS1 1 1 1 0
+## 268 SLC44A2 1 0 1 0
+## 284 TBK1 1 0 1 0
\end{verbatim}
\end{kframe}
\end{knitrout}
@@ -658,48 +503,27 @@ Necessary packages:
\hlstd{monddata[monddata}\hlopt{$}\hlstd{bats_dginn3}\hlopt{==}\hlnum{1} \hlopt{&} \hlstd{monddata}\hlopt{$}\hlstd{primate_dginn3}\hlopt{==}\hlnum{0}\hlstd{,]}
\end{alltt}
\begin{verbatim}
-## tmp$Gene.name bats_dginn3 primate_dginn3 bats_dginn4
-## 5 ACAD9 1 0 0
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-## 14 AKAP9 1 0 1
-## 26 ATP6AP1 1 0 1
-## 44 CISD3 1 0 1
-## 49 COL6A1 1 0 0
-## 77 ERGIC1 1 0 1
-## 122 GRIPAP1 1 0 0
-## 123 GRPEL1 1 0 0
-## 136 IMPDH2 1 0 1
-## 137 INHBE 1 0 1
-## 151 MARK2 1 0 0
-## 185 NUP214 1 0 0
-## 217 PRIM1 1 0 0
-## 226 PUSL1 1 0 0
-## 231 RAB18 1 0 1
-## 267 SLC30A9 1 0 0
-## 268 SLC44A2 1 0 1
-## 269 SLC9A3R1 1 0 0
-## 284 TBK1 1 0 1
-## primate_dginn4
-## 5 0
-## 11 0
-## 14 0
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-## 44 0
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-## 123 0
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-## 217 0
-## 226 0
-## 231 0
-## 267 0
-## 268 0
-## 269 0
-## 284 0
+## tmp$Gene.name bats_dginn3 primate_dginn3 bats_dginn4 primate_dginn4
+## 5 ACAD9 1 0 0 0
+## 11 AGPS 1 0 0 0
+## 14 AKAP9 1 0 1 0
+## 26 ATP6AP1 1 0 1 0
+## 44 CISD3 1 0 1 0
+## 49 COL6A1 1 0 0 0
+## 77 ERGIC1 1 0 1 0
+## 122 GRIPAP1 1 0 0 0
+## 123 GRPEL1 1 0 0 0
+## 136 IMPDH2 1 0 1 0
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\end{verbatim}
\end{kframe}
\end{knitrout}
@@ -987,7 +811,7 @@ Necessary packages:
\hlkwa{for} \hlstd{(p} \hlkwa{in} \hlnum{0}\hlopt{:}\hlnum{2}\hlstd{)\{}
\hlkwa{for} \hlstd{(b} \hlkwa{in} \hlnum{0}\hlopt{:}\hlnum{2}\hlstd{)\{}
\hlstd{tmp}\hlkwb{<-}\hlstd{tablo}\hlopt{$}\hlstd{`tmp$Gene.name`[tablo}\hlopt{$}\hlstd{nbats}\hlopt{==}\hlstd{b} \hlopt{&} \hlstd{tablo}\hlopt{$}\hlstd{nprimates}\hlopt{==}\hlstd{p]}
- \hlkwd{text}\hlstd{(b,p,} \hlkwd{paste0}\hlstd{(}\hlkwd{length}\hlstd{(tmp),} \hlstr{" values"}\hlstd{))}
+ \hlkwd{text}\hlstd{(b,p,} \hlkwd{paste0}\hlstd{(}\hlstr{"n= "}\hlstd{,} \hlkwd{length}\hlstd{(tmp)))}
\hlstd{\}}
\hlstd{\}}
\end{alltt}