From 1d82b5a2428c65c7923f7860c8f0b2d79bbcbd6c Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: mcariou <115-mcariou@users.noreply.gitbio.ens-lyon.fr>
Date: Fri, 15 Oct 2021 16:05:26 +0200
Subject: [PATCH] unpdate primates
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+- PS: Yes PS on the gene from visual inspection.
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+Lots of splicing variants within and between species: at Nter and middle too.
+- PS: PS per se does not look much present.
+But Genetic Innovation by splicing variants YES.
+";;shared
+182;IDE[0-2343];NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;IDE_sequences_filtered_longestORFs_mafft_prank_frag0to2343;IDE[0-2343];781;12;0.107544646690;0.098;N;1;0;na;N;0.9999976929984095;0;na;N;0.13026738400942509;0;na;N;0.08681290441412229;0;na;N;0.76337949433652;0;na;;;onlybats
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+299;PTGES2;PTGES2_sequences_filtered_longestORFs_mafft_mincov_prank;PTGES2_all;734;21;0.099052284958;0.091;Y;0.0000;10;223, 226, 243, 299, 351, 370, 486, 488, 610, 719;N;0.9999998492021518;0;na;N;0.19146004921817086;0;na;N;1.0;0;na;N;0.478069098216242;0;na;PTGES2_sequences_filtered_longestORFs_mafft_prank;PTGES2;690;12;0.055491753823;0.091;Y;0;1;70;N;0.9999999546357695;0;na;Y;0.004400481161938919;3;114, 202, 411;N;1.0;0;na;N;1.0;0;na;"Recombination: Triggered by Nter variation before the M start. Between and within species. The Frag1 aln has no sense to be made because there is no common history within that aln in bats (and it is expected to crash in the PS because no common site with PRANK here).
+- PS: Yes frag2 should be under PS. Aln is afftected by lots and lots of structural variants within species. I made a handcurated one with only one ID per species and we can keep that in mind if needed for later analyses.
+";;shared
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+305;PVR;PVR_sequences_filtered_longestORFs_mafft_mincov_prank;PVR_all;1480;23;0.585837982910;0.442;Y;0.0000;41;207, 235, 237, 332, 357, 363, 367, 388, 397, 409, 412, 451, 452, 458, 469, 470, 512, 516, 518, 526, 535, 553, 558, 566, 569, 586, 593, 596, 598, 627, 628, 632, 634, 644, 647, 658, 673, 699, 707, 711, 1158;Y;2.3760715522747607e-07;2;1129, 1131;Y;8.657276700697942e-09;4;330, 1129, 1131, 1166;Y;3.5532082577431795e-10;3;1129, 1131, 1166;Y;2.135661414900621e-15;4;1129, 1131, 1166, 1285;PVR_sequences_filtered_longestORFs_mafft_prank;PVR;1556;9;0.386585296754;0.326;Y;0;33;96, 105, 203, 204, 232, 236, 246, 248, 304, 305, 346, 350, 357, 386, 423, 430, 434, 439, 447, 449, 705, 715, 716, 717, 956, 978, 992, 993, 1006, 1222, 1323, 1361, 1367;N;0.9999995019953861;0;na;N;0.3687676595580579;0;na;N;1.0;0;na;Y;0.024649467035636845;0;;;;shared
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+434;YIF1B;YIF1A_sequences_filtered_longestORFs_mafft_mincov_prank_part2_prank;YIF1A_all_part2;682;11;0.052814080269;0.068;N;0.3729;0;na;N;0.9999997896859661;0;na;N;0.7552477206523797;0;na;N;0.34472785476720136;0;na;N;0.7641432556483685;0;na;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;onlyprimates
+435;ZC3H18;ZC3H18_sequences_filtered_longestORFs_mafft_mincov_prank;ZC3H18_all;1100;24;0.087671644891;0.083;N;0.6012;3;722, 782, 981;N;0.9999993848816375;0;na;Y;0.015299480271226013;0;;N;1.0;0;na;N;1.0;0;na;ZC3H18_sequences_filtered_longestORFs_mafft_prank;ZC3H18;1226;11;0.200106682861;0.187;Y;0.0016;4;54, 654, 771, 1080;N;0.9999991996195169;0;na;N;0.5258352764131282;0;na;N;1.0;0;na;N;0.05596661089965757;0;na;;;shared
+436;ZC3H18[0-1101];NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;ZC3H18_sequences_filtered_longestORFs_mafft_prank_frag0to1101;ZC3H18[0-1101];367;11;0.229802082341;0.219;Y;0.0191;3;54, 148, 163;N;0.9999990616263259;0;na;N;0.24086994381226873;0;na;Y;0.0005745060096894928;1;188;Y;0.00030751090743914297;1;188;;;onlybats
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+439;ZDHHC5;ZDHHC5_sequences_filtered_longestORFs_mafft_mincov_prank;ZDHHC5_all;823;24;0.078488206473;0.075;Y;0.0351;2;597, 742;N;0.9848981471344455;0;na;Y;0.013502502486699652;2;404, 597;N;1.0;0;na;N;0.49213608756256844;0;na;ZDHHC5_sequences_filtered_longestORFs_mafft_prank;ZDHHC5;768;12;0.080123114130;0.080;N;1;1;95;N;0.8751057533143412;0;na;Y;0.00028950851490339055;3;95, 387, 688;N;1.0;0;na;N;0.26820598310847715;0;na;;;shared
+440;ZNF318;ZNF318_sequences_filtered_longestORFs_mafft_mincov_prank;ZNF318_all;2496;24;0.335852925463;0.343;Y;0.0000;32;38, 75, 78, 104, 174, 392, 443, 703, 799, 1177, 1372, 1492, 1636, 1646, 1647, 1663, 1814, 1897, 1929, 1946, 1995, 2088, 2098, 2166, 2181, 2243, 2249, 2250, 2287, 2356, 2372, 2483;Y;0.0010039629225922107;0;;Y;1.3246467997073662e-05;2;1636, 2098;Y;7.829709942783089e-05;2;1636, 2098;Y;1.1348614329410036e-06;6;1636, 1817, 1929, 1954, 2098, 2243;ZNF318_sequences_filtered_longestORFs_mafft_prank;ZNF318;2395;11;0.361499795329;0.353;N;0.1184;0;na;N;0.8750270725798085;0;na;N;0.5452621832627409;0;na;N;0.6505090947231271;0;na;N;0.11567161588366141;0;na;;;shared
+441;ZNF503;ZNF503_sequences_filtered_longestORFs_mafft_mincov_prank;ZNF503_all;802;21;0.049882463869;0.026;N;1.0000;1;87;N;0.9999980745506383;0;na;Y;0.024559140884415645;1;177;N;1.0;0;na;N;0.6206425292935231;0;na;ZNF503_sequences_filtered_longestORFs_mafft_prank;ZNF503;682;9;0.036470300914;0.033;N;1;0;na;N;0.9999987418249204;0;na;N;0.7780311233967817;0;na;N;1.0;0;na;N;1.0;0;na;;;shared
+442;ZYG11B;ZYG11B_sequences_filtered_longestORFs_mafft_mincov_prank;ZYG11B_all;1128;24;0.023655415579;0.025;Y;0.0000;1;998;N;0.9999975270769591;0;na;Y;0.020268109682591493;4;896, 990, 993, 998;N;1.0;0;na;N;0.6757041139607441;0;na;ZYG11B_sequences_filtered_longestORFs_mafft_prank;ZYG11B;854;12;0.019630434764;0.021;N;1;0;na;N;0.9999984077343413;0;na;N;0.1157682212961436;0;na;N;1.0;0;na;N;0.6750287475861135;0;na;;;shared
diff --git a/rnw_scripts/covid_comp_primates_bats.Rnw b/rnw_scripts/covid_comp_primates_bats.Rnw
index 4b17e34..3b7bde0 100644
--- a/rnw_scripts/covid_comp_primates_bats.Rnw
+++ b/rnw_scripts/covid_comp_primates_bats.Rnw
@@ -185,7 +185,7 @@ mondrian(na.omit(monddata[,2:4]),
Comparison between genes reported in Krogan's publication and DGINN's result:
These genes under positive selection were identified by codeml using modele M8 and M8a and a Benjamini Hohberg correction.
-<<>>=
+<<1_mondrian_krogan1, fig.path="../figure/">>=
primatetmp<-rowSums(cbind(tab$"dginn.primate_codemlM1M2"=="Y",
tab$"dginn.primate_codemlM7M8"=="Y",
tab$"dginn.primate_BppM1M2"=="Y",
@@ -203,11 +203,20 @@ monddata$primates_KROGAN_hyp<-ifelse((tab$p.value.M8vsM8a..BH.corrected.>0.05 &
monddata$primates_DGINN<-ifelse(primatetmp>=3, 1, 0)
mondrian(na.omit(monddata[,2:4]),
- labels=c("KROGAN_weak", "KROGAN_strong", "DGINN"),
+ labels=c("KROGAN_strong", "KROGAN_weak", "DGINN"),
main="")
+monddata$KROGAN_WS<-ifelse(tab$p.value.M8vsM8a..BH.corrected.<0.1, 1, 0)
+monddata$KROGAN_uncorrected<-ifelse((tab$p.value.M8vsM8a..raw.<0.1 & tab$p.value.M8vsM8a..BH.corrected.>0.1), 1, 0)
+
+monddata$primates_DGINN<-ifelse(primatetmp>=3, 1, 0)
+
+mondrian(na.omit(monddata[,c("KROGAN_WS", "KROGAN_uncorrected" ,"primates_DGINN")]),
+ labels=c("KROGAN (S+W)", "KROGAN (uncorrected)", "DGINN"),
+ main="")
@
+
DGINN's results for genes with strong evidence in original study:
<<>>=
diff --git a/rnw_scripts/covid_comp_primates_bats.pdf b/rnw_scripts/covid_comp_primates_bats.pdf
index fa220a5e374f2963105d79afe60a3678936b2bbf..fc52ed575ed84d2ebe5596d321fb79853583d82b 100644
GIT binary patch
delta 29155
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zQ|?8!*3}%%MJF%KQ$P35jxl?(L4dj58Q&-OxKi^{ic5-86LUeV{G=={GeZRf1rWo=
zhD+ZkH7~s+L&40{NMZ6sCe8ZD`0U#T0`=dQ3#9c-JKB{JxsCO0!qV6Cd(+nNep#sP
z>N`iUWAd58-Rt*Hp0lLyGW&5CwUa%LoBY)0zVrKTeNt^krHtaF^^@+eep^{uohir?
z%kiq$El|Q)!1YRT;Q@=Jmc(<cuZ~`m=VqVsYu&RGdta?Py2El|t!(v+nxwxi?ez%{
zxmA_IU$U;5e07ugqdMU?0gbJ%o!=J8G#PE+x_Y>V|96j~7fYIogJ%nysMywtPkW1>
zpH|J^cc$`E<c>=xe|}n%y;Xk(ci6!uj;>wIOWufe2<&X^w|%!bPu^DM=;Xrv`oWcd
zZv5T$(ratY)%EfV4%Eo6@(GDb75MP?+wrH<>(5>O8>{O0AUC6Mnb*VgHLOu;&yK7#
zsXx$E%IKP;mT1x8w)w=CoppkKK|lAHznl9g+_I|kgYOTk-JGh&(!+O{drn$0-K}<y
zuBqRu+<6z;)gET;|G+v&q;n=i)5=Wmtvs(E6ik<wZ4+D4reU0;$z;I);9ck6wztzi
z8qJXYqt{)3zq<cn=b!2i7yh1$GW}L#l9Q{u<m3leQ#*Nww(!WMCqMm<oL0{4^I+1p
z`H^+Ac#>zjZC?KQ^lQK6CqJYb|GATwX>(WV-`rVj4%cD|q+Z;P+p(9q_GCcc>khli
z7Dm%5g!nI8g+!+Gv`@=iT4nuOQY$8->QJ-M8H;ewn}5E2@~&UBceX@;AHVGXZ@<3Y
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z>9Z#V8{-b%Jt!a~=yUz>-FtKPY~8j0C)b+-hF?qT#a|n;7IYf8XVf{cnqQUkJJ@yS
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zEb5o4on9pJ@=s4FtF!-yJ&S+#99uN$qM*Lj)&I+^SroVOdcVtD`_Js#q|^V>t0lX{
zf+8nqE!(6KdLk=w<&3L~LJSWUe`cR$AiEt@NTC&1=9?K6+PNgm4X_kj#>SvxOQZg5
zcy9hJ1A%|%)^EsIsv7k8m+i+bbql5}S|^;`k-uh@kx;~zNjZvlPw&64>X*?_*O2p4
zO~u;I{`v0B^1u0-c23}!ST$X5`|(tB$uf>6O_slbQ6eQAi#oX4V)X>oWxQ8jthxI0
z+CjagU7{Vg(hWmjPHp-;d#X#g=X2&iTJBmM^}%c3UJ=_rr|jJNl`c~fd`(<0A3etU
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z6?&d8lyu$bsFJy*C+Yt|kLx#+KfK;rYhGLZgsthn*Yn3w;S0VWbzjVW`IcYsu?_Af
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E0Og9L-~a#s
diff --git a/rnw_scripts/covid_comp_primates_bats.tex b/rnw_scripts/covid_comp_primates_bats.tex
index c8efaf2..ddd4c48 100644
--- a/rnw_scripts/covid_comp_primates_bats.tex
+++ b/rnw_scripts/covid_comp_primates_bats.tex
@@ -321,13 +321,26 @@ These genes under positive selection were identified by codeml using modele M8 a
\hlstd{monddata}\hlopt{$}\hlstd{primates_DGINN}\hlkwb{<-}\hlkwd{ifelse}\hlstd{(primatetmp}\hlopt{>=}\hlnum{3}\hlstd{,} \hlnum{1}\hlstd{,} \hlnum{0}\hlstd{)}
\hlkwd{mondrian}\hlstd{(}\hlkwd{na.omit}\hlstd{(monddata[,}\hlnum{2}\hlopt{:}\hlnum{4}\hlstd{]),}
- \hlkwc{labels}\hlstd{=}\hlkwd{c}\hlstd{(}\hlstr{"KROGAN_weak"}\hlstd{,} \hlstr{"KROGAN_strong"}\hlstd{,} \hlstr{"DGINN"}\hlstd{),}
+ \hlkwc{labels}\hlstd{=}\hlkwd{c}\hlstd{(}\hlstr{"KROGAN_strong"}\hlstd{,} \hlstr{"KROGAN_weak"}\hlstd{,} \hlstr{"DGINN"}\hlstd{),}
\hlkwc{main}\hlstd{=}\hlstr{""}\hlstd{)}
\end{alltt}
\end{kframe}
-\includegraphics[width=\maxwidth]{figure/unnamed-chunk-6-1}
+\includegraphics[width=\maxwidth]{../figure/1_mondrian_krogan1-1}
+\begin{kframe}\begin{alltt}
+\hlstd{monddata}\hlopt{$}\hlstd{KROGAN_WS}\hlkwb{<-}\hlkwd{ifelse}\hlstd{(tab}\hlopt{$}\hlstd{p.value.M8vsM8a..BH.corrected.}\hlopt{<}\hlnum{0.1}\hlstd{,} \hlnum{1}\hlstd{,} \hlnum{0}\hlstd{)}
+\hlstd{monddata}\hlopt{$}\hlstd{KROGAN_uncorrected}\hlkwb{<-}\hlkwd{ifelse}\hlstd{((tab}\hlopt{$}\hlstd{p.value.M8vsM8a..raw.}\hlopt{<}\hlnum{0.1} \hlopt{&} \hlstd{tab}\hlopt{$}\hlstd{p.value.M8vsM8a..BH.corrected.}\hlopt{>}\hlnum{0.1}\hlstd{),} \hlnum{1}\hlstd{,} \hlnum{0}\hlstd{)}
+
+\hlstd{monddata}\hlopt{$}\hlstd{primates_DGINN}\hlkwb{<-}\hlkwd{ifelse}\hlstd{(primatetmp}\hlopt{>=}\hlnum{3}\hlstd{,} \hlnum{1}\hlstd{,} \hlnum{0}\hlstd{)}
+
+\hlkwd{mondrian}\hlstd{(}\hlkwd{na.omit}\hlstd{(monddata[,}\hlkwd{c}\hlstd{(}\hlstr{"KROGAN_WS"}\hlstd{,} \hlstr{"KROGAN_uncorrected"} \hlstd{,}\hlstr{"primates_DGINN"}\hlstd{)]),}
+ \hlkwc{labels}\hlstd{=}\hlkwd{c}\hlstd{(}\hlstr{"KROGAN (S+W)"}\hlstd{,} \hlstr{"KROGAN (uncorrected)"}\hlstd{,} \hlstr{"DGINN"}\hlstd{),}
+ \hlkwc{main}\hlstd{=}\hlstr{""}\hlstd{)}
+\end{alltt}
+\end{kframe}
+\includegraphics[width=\maxwidth]{../figure/1_mondrian_krogan1-2}
\end{knitrout}
+
DGINN's results for genes with strong evidence in original study:
\begin{knitrout}
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