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+Lots of splicing variants within and between species: at Nter and middle too. 
+- PS: PS per se does not look much present.
+But Genetic Innovation by splicing variants YES.
+";;shared
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+- PS: Yes frag2 should be under PS. Aln is afftected by lots and lots of structural variants within species. I made a handcurated one with only one ID per species and we can keep that in mind if needed for later analyses.
+";;shared
+300;PTGES2[0-1587];PTGES2_sequences_filtered_longestORFs_mafft_mincov_prank_frag0to1587;PTGES2_all[0-1587];529;21;0.144359781480;0.128;Y;0.0001;9;223, 226, 243, 299, 334, 351, 370, 486, 488;N;0.9999995699819025;0;na;N;0.8421770140749426;0;na;N;1.0;0;na;N;0.9960079893440856;0;na;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;NA;onlyprimates
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+305;PVR;PVR_sequences_filtered_longestORFs_mafft_mincov_prank;PVR_all;1480;23;0.585837982910;0.442;Y;0.0000;41;207, 235, 237, 332, 357, 363, 367, 388, 397, 409, 412, 451, 452, 458, 469, 470, 512, 516, 518, 526, 535, 553, 558, 566, 569, 586, 593, 596, 598, 627, 628, 632, 634, 644, 647, 658, 673, 699, 707, 711, 1158;Y;2.3760715522747607e-07;2;1129, 1131;Y;8.657276700697942e-09;4;330, 1129, 1131, 1166;Y;3.5532082577431795e-10;3;1129, 1131, 1166;Y;2.135661414900621e-15;4;1129, 1131, 1166, 1285;PVR_sequences_filtered_longestORFs_mafft_prank;PVR;1556;9;0.386585296754;0.326;Y;0;33;96, 105, 203, 204, 232, 236, 246, 248, 304, 305, 346, 350, 357, 386, 423, 430, 434, 439, 447, 449, 705, 715, 716, 717, 956, 978, 992, 993, 1006, 1222, 1323, 1361, 1367;N;0.9999995019953861;0;na;N;0.3687676595580579;0;na;N;1.0;0;na;Y;0.024649467035636845;0;;;;shared
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+++ b/rnw_scripts/covid_comp_primates_bats.Rnw
@@ -185,7 +185,7 @@ mondrian(na.omit(monddata[,2:4]),
 Comparison between genes reported in Krogan's publication and DGINN's result:
 These genes under positive selection were identified by codeml using modele M8 and M8a and a Benjamini Hohberg correction.
 
-<<>>=
+<<1_mondrian_krogan1, fig.path="../figure/">>=
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@@ -203,11 +203,20 @@ monddata$primates_KROGAN_hyp<-ifelse((tab$p.value.M8vsM8a..BH.corrected.>0.05 &
 monddata$primates_DGINN<-ifelse(primatetmp>=3, 1, 0)
 
 mondrian(na.omit(monddata[,2:4]), 
-         labels=c("KROGAN_weak", "KROGAN_strong", "DGINN"),
+         labels=c("KROGAN_strong", "KROGAN_weak", "DGINN"),
          main="")
 
+monddata$KROGAN_WS<-ifelse(tab$p.value.M8vsM8a..BH.corrected.<0.1, 1, 0)
+monddata$KROGAN_uncorrected<-ifelse((tab$p.value.M8vsM8a..raw.<0.1 & tab$p.value.M8vsM8a..BH.corrected.>0.1), 1, 0)
+
+monddata$primates_DGINN<-ifelse(primatetmp>=3, 1, 0)
+
+mondrian(na.omit(monddata[,c("KROGAN_WS", "KROGAN_uncorrected" ,"primates_DGINN")]), 
+         labels=c("KROGAN (S+W)", "KROGAN (uncorrected)", "DGINN"),
+         main="")
 @
 
+
 DGINN's results for genes with strong evidence in original study:
 
 <<>>=
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Binary files a/rnw_scripts/covid_comp_primates_bats.pdf and b/rnw_scripts/covid_comp_primates_bats.pdf differ
diff --git a/rnw_scripts/covid_comp_primates_bats.tex b/rnw_scripts/covid_comp_primates_bats.tex
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--- a/rnw_scripts/covid_comp_primates_bats.tex
+++ b/rnw_scripts/covid_comp_primates_bats.tex
@@ -321,13 +321,26 @@ These genes under positive selection were identified by codeml using modele M8 a
 \hlstd{monddata}\hlopt{$}\hlstd{primates_DGINN}\hlkwb{<-}\hlkwd{ifelse}\hlstd{(primatetmp}\hlopt{>=}\hlnum{3}\hlstd{,} \hlnum{1}\hlstd{,} \hlnum{0}\hlstd{)}
 
 \hlkwd{mondrian}\hlstd{(}\hlkwd{na.omit}\hlstd{(monddata[,}\hlnum{2}\hlopt{:}\hlnum{4}\hlstd{]),}
-         \hlkwc{labels}\hlstd{=}\hlkwd{c}\hlstd{(}\hlstr{"KROGAN_weak"}\hlstd{,} \hlstr{"KROGAN_strong"}\hlstd{,} \hlstr{"DGINN"}\hlstd{),}
+         \hlkwc{labels}\hlstd{=}\hlkwd{c}\hlstd{(}\hlstr{"KROGAN_strong"}\hlstd{,} \hlstr{"KROGAN_weak"}\hlstd{,} \hlstr{"DGINN"}\hlstd{),}
          \hlkwc{main}\hlstd{=}\hlstr{""}\hlstd{)}
 \end{alltt}
 \end{kframe}
-\includegraphics[width=\maxwidth]{figure/unnamed-chunk-6-1} 
+\includegraphics[width=\maxwidth]{../figure/1_mondrian_krogan1-1} 
+\begin{kframe}\begin{alltt}
+\hlstd{monddata}\hlopt{$}\hlstd{KROGAN_WS}\hlkwb{<-}\hlkwd{ifelse}\hlstd{(tab}\hlopt{$}\hlstd{p.value.M8vsM8a..BH.corrected.}\hlopt{<}\hlnum{0.1}\hlstd{,} \hlnum{1}\hlstd{,} \hlnum{0}\hlstd{)}
+\hlstd{monddata}\hlopt{$}\hlstd{KROGAN_uncorrected}\hlkwb{<-}\hlkwd{ifelse}\hlstd{((tab}\hlopt{$}\hlstd{p.value.M8vsM8a..raw.}\hlopt{<}\hlnum{0.1} \hlopt{&} \hlstd{tab}\hlopt{$}\hlstd{p.value.M8vsM8a..BH.corrected.}\hlopt{>}\hlnum{0.1}\hlstd{),} \hlnum{1}\hlstd{,} \hlnum{0}\hlstd{)}
+
+\hlstd{monddata}\hlopt{$}\hlstd{primates_DGINN}\hlkwb{<-}\hlkwd{ifelse}\hlstd{(primatetmp}\hlopt{>=}\hlnum{3}\hlstd{,} \hlnum{1}\hlstd{,} \hlnum{0}\hlstd{)}
+
+\hlkwd{mondrian}\hlstd{(}\hlkwd{na.omit}\hlstd{(monddata[,}\hlkwd{c}\hlstd{(}\hlstr{"KROGAN_WS"}\hlstd{,} \hlstr{"KROGAN_uncorrected"} \hlstd{,}\hlstr{"primates_DGINN"}\hlstd{)]),}
+         \hlkwc{labels}\hlstd{=}\hlkwd{c}\hlstd{(}\hlstr{"KROGAN (S+W)"}\hlstd{,} \hlstr{"KROGAN (uncorrected)"}\hlstd{,} \hlstr{"DGINN"}\hlstd{),}
+         \hlkwc{main}\hlstd{=}\hlstr{""}\hlstd{)}
+\end{alltt}
+\end{kframe}
+\includegraphics[width=\maxwidth]{../figure/1_mondrian_krogan1-2} 
 \end{knitrout}
 
+
 DGINN's results for genes with strong evidence in original study:
 
 \begin{knitrout}