diff --git a/src/nf_modules/bowtie2/main.nf b/src/nf_modules/bowtie2/main.nf
index 20f66eb195bc4bf8e4ff581fc8cc872b340880cb..4a670f17fbd75391e6bba6de7ed6e8f47dddaa0c 100644
--- a/src/nf_modules/bowtie2/main.nf
+++ b/src/nf_modules/bowtie2/main.nf
@@ -64,7 +64,7 @@ process mapping_fastq {
       file_prefix = file_id.values()[0]
     break
     default:
-      file_id
+      file_prefix = file_id
     break
   }