diff --git a/src/conda_packages.sh b/src/conda_packages.sh index f4be84f8f6af4ea28197a7abac2f22ff7a774e11..25551872a8b8c8dd29137372253137e78479d955 100644 --- a/src/conda_packages.sh +++ b/src/conda_packages.sh @@ -1,61 +1,146 @@ -#!/bin/sh -function install_env { - if [ ! -d "${CONDA_PREFIX}/envs/${1}_${2}" ]; then - conda create --yes --name ${1}_${2} ${3}=${2} - fi -} - -install_env pigz 2.3.4 pigz -install_env tophat 2.1.1 tophat -install_env hisat2 2.0.0 hisat2 -install_env hisat2 2.1.0 hisat2 -install_env rsem 1.3.1 rsem -install_env rsem 1.3.0 rsem -install_env samblaster 0.1.24 samblaster -install_env nextflow 0.25.1 nextflow -install_env nextflow 19.01.0 nextflow -install_env nextflow 0.32.0 nextflow -install_env nextflow 0.28.2 nextflow -install_env samtools 1.7 samtools -install_env samtools 1.5 samtools -install_env bowtie2 2.3.2 bowtie2 -install_env bowtie2 2.3.4.1 bowtie2 -install_env sratools 2.8.2 sra-tools -install_env trimmomatic 0.36 trimmomatic -install_env trimmomatic 0.39 trimmomatic -install_env Python 3.6.1 Python -install_env Python 2.7.13 Python -install_env kallisto 0.44.0 kallisto -install_env kallisto 0.43.1 kallisto -install_env music 1.0.0 music -install_env umitools 0.3.4 umitools -install_env umi_tools 1.0.0 umi_tools -install_env fastp 0.19.7 fastp -install_env gatk 3.8 gatk -install_env cutadapt 1.14 cutadapt -install_env cutadapt 2.1 cutadapt -install_env bioawk 1.0 bioawk -install_env canu 1.7 canu -install_env fastqc 0.11.5 fastqc -install_env bedtools 2.25.0 bedtools -install_env macs2 2.1.2 macs2 -install_env bcftools 1.7 bcftools -install_env salmon 0.8.2 salmon -install_env urqt d62c1f8 urqt -install_env multiqc 0.9 multiqc -install_env multiqc 1.7 multiqc -install_env multiqc 1.0 multiqc -install_env cdhit 4.6.8 cdhit -install_env deeptools 3.0.2 deeptools -install_env htseq 0.9.1 htseq -install_env htseq 0.11.2 htseq -install_env python 3.7 python -install_env R 3.5.1 R -install_env R 3.4.3 R -install_env R 3.3.1 R -install_env file handle 0.1.1 file handle -install_env ncdu 1.13 ncdu -install_env picard 2.18.11 picard -install_env sambamba 0.6.7 sambamba -install_env subread 1.6.4 subread +source src/conda_psmn.sh +if [ ! 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