From 15de650fa0c4163442e02d3a45b65b0e75172029 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Laurent Modolo <laurent.modolo@ens-lyon.fr>
Date: Tue, 19 Oct 2021 10:38:22 +0200
Subject: [PATCH] danpos: rm "pooled" from output catch
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src/nf_modules/danpos/main.nf | 8 ++++----
1 file changed, 4 insertions(+), 4 deletions(-)
diff --git a/src/nf_modules/danpos/main.nf b/src/nf_modules/danpos/main.nf
index a59bc025..a17e2ca1 100644
--- a/src/nf_modules/danpos/main.nf
+++ b/src/nf_modules/danpos/main.nf
@@ -39,7 +39,7 @@ process dpos_bam {
tuple val(file_id), path(bam_ip)
output:
- tuple val(file_id), path("${file_prefix}/pooled/${bam_ip.simpleName}*.wig"), emit: wig
+ tuple val(file_id), path("${file_prefix}/${bam_ip.simpleName}*.wig"), emit: wig
tuple val(file_id), path("${file_prefix}/*.positions.bed"), path("${file_prefix}/*.summit.bed"), emit: bed
tuple val(file_id), path("${file_prefix}"), emit: folder
@@ -101,7 +101,7 @@ process dpos_wig {
tuple val(file_id), path(wig_ip)
output:
- tuple val(file_id), path("${file_prefix}/pooled/${wig_ip.simpleName}*.wig"), emit: wig
+ tuple val(file_id), path("${file_prefix}/${wig_ip.simpleName}*.wig"), emit: wig
tuple val(file_id), path("${file_prefix}/*.positions.bed"), path("${file_prefix}/*.summit.bed"), emit: bed
tuple val(file_id), path("${file_prefix}"), emit: folder
@@ -169,7 +169,7 @@ process dpos_wigvswig {
tuple val(file_id_b), path(wig_ip_b)
output:
- tuple val(file_id), path("${file_prefix}/pooled/${wig_ip_a.simpleName}*.wig"), emit: wig
+ tuple val(file_id), path("${file_prefix}/${wig_ip_a.simpleName}*.wig"), emit: wig
tuple val(file_id), path("${file_prefix}/*.positions.bed"), path("${file_prefix}/*.summit.bed"), emit: bed
tuple val(file_id_a), path("${file_prefix}"), emit: folder
@@ -220,7 +220,7 @@ process dpeak_bam {
tuple val(file_id), path(bam_ip), path(bam_wce)
output:
- tuple val(file_id), path("${file_prefix}/pooled/${bam_ip.simpleName}*.wig"), path("${file_prefix}/pooled/${bam_wce.simpleName}*.wig"), emit: wig
+ tuple val(file_id), path("${file_prefix}/${bam_ip.simpleName}*.wig"), path("${file_prefix}/${bam_wce.simpleName}*.wig"), emit: wig
tuple val(file_id), path("${file_prefix}/*.positions.bed"), path("${file_prefix}/*.summit.bed"), emit: bed
tuple val(file_id), path("${file_prefix}/*.bed"), emit: bed
tuple val(file_id), path("${file_prefix}"), emit: folder
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