diff --git a/OLD/2genes.bam b/OLD/2genes.bam new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..2fb712e977760932268f5729b0ab3dac6b8f1051 Binary files /dev/null and b/OLD/2genes.bam differ diff --git a/OLD/2genes.bam.bai b/OLD/2genes.bam.bai new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..daabf2c91f582ee4c330fe786236549af6da8303 Binary files /dev/null and b/OLD/2genes.bam.bai differ diff --git a/OLD/2genes.bed b/OLD/2genes.bed new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..722fc1b90282f9f57c4b382e0e45ea04f48efb71 --- /dev/null +++ b/OLD/2genes.bed @@ -0,0 +1,2 @@ +1 70724000 70852000 +1 171638000 171641000 diff --git a/OLD/2genes.n_sort.bam b/OLD/2genes.n_sort.bam new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..0c0856c0bd47308500446e6bb15f9405aa3acb16 Binary files /dev/null and b/OLD/2genes.n_sort.bam differ diff --git a/OLD/2genes.sort.bam b/OLD/2genes.sort.bam new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..2fb712e977760932268f5729b0ab3dac6b8f1051 Binary files /dev/null and b/OLD/2genes.sort.bam differ diff --git a/OLD/2genes.sort.bam.bai b/OLD/2genes.sort.bam.bai new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..daabf2c91f582ee4c330fe786236549af6da8303 Binary files /dev/null and b/OLD/2genes.sort.bam.bai differ diff --git a/OLD/NC_000001.10_171638000..171641000.fa b/OLD/NC_000001.10_171638000..171641000.fa new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..37ec991a7b0c797ad916e4ece4ace03ea4969d19 --- /dev/null +++ b/OLD/NC_000001.10_171638000..171641000.fa @@ -0,0 +1,44 @@ +>gi|224589800|ref|NC_000001.10|:171638000-171641000 Homo sapiens chromosome 1, GRCh37.p13 Primary Assembly +CTGAAAAAAAAAAAAAAAAGTATAGCAATGGGATACATTCTATTAAGAAATGGATCACTTTTTAAATTAA +TAATTTTATATTAATGTATGATATCTCTATTGTTGTTTAACAAAAATAATGATTCCATTTTTATAGATTA +ACACCTAAGCTTTAAAGAGATTGATTGAAGCATTATTATTGCAAAACACTGCAGGGAAACCCACAGGTGT 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Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; + Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; + Catarrhini; Hominidae; Homo. +REFERENCE 1 (bases 1 to 3001) + AUTHORS Gregory,S.G., Barlow,K.F., McLay,K.E., Kaul,R., Swarbreck,D., + Dunham,A., Scott,C.E., Howe,K.L., Woodfine,K., Spencer,C.C., + Jones,M.C., Gillson,C., Searle,S., Zhou,Y., Kokocinski,F., + McDonald,L., Evans,R., Phillips,K., Atkinson,A., Cooper,R., + Jones,C., Hall,R.E., Andrews,T.D., Lloyd,C., Ainscough,R., + Almeida,J.P., Ambrose,K.D., Anderson,F., Andrew,R.W., Ashwell,R.I., + Aubin,K., Babbage,A.K., Bagguley,C.L., Bailey,J., Beasley,H., + Bethel,G., Bird,C.P., Bray-Allen,S., Brown,J.Y., Brown,A.J., + Buckley,D., Burton,J., Bye,J., Carder,C., Chapman,J.C., Clark,S.Y., + Clarke,G., Clee,C., Cobley,V., Collier,R.E., Corby,N., + Coville,G.J., Davies,J., Deadman,R., Dunn,M., Earthrowl,M., + Ellington,A.G., Errington,H., Frankish,A., Frankland,J., French,L., + Garner,P., Garnett,J., Gay,L., Ghori,M.R., Gibson,R., Gilby,L.M., + Gillett,W., Glithero,R.J., Grafham,D.V., Griffiths,C., + Griffiths-Jones,S., Grocock,R., Hammond,S., Harrison,E.S., Hart,E., + Haugen,E., Heath,P.D., Holmes,S., Holt,K., Howden,P.J., Hunt,A.R., + Hunt,S.E., Hunter,G., Isherwood,J., James,R., Johnson,C., + Johnson,D., Joy,A., Kay,M., Kershaw,J.K., Kibukawa,M., + Kimberley,A.M., King,A., Knights,A.J., Lad,H., Laird,G., Lawlor,S., + Leongamornlert,D.A., Lloyd,D.M., Loveland,J., Lovell,J., Lush,M.J., + Lyne,R., Martin,S., Mashreghi-Mohammadi,M., Matthews,L., + Matthews,N.S., McLaren,S., Milne,S., Mistry,S., Moore,M.J., + Nickerson,T., O'Dell,C.N., Oliver,K., Palmeiri,A., Palmer,S.A., + Parker,A., Patel,D., Pearce,A.V., Peck,A.I., Pelan,S., Phelps,K., + Phillimore,B.J., Plumb,R., Rajan,J., Raymond,C., Rouse,G., + Saenphimmachak,C., Sehra,H.K., Sheridan,E., Shownkeen,R., Sims,S., + Skuce,C.D., Smith,M., Steward,C., Subramanian,S., Sycamore,N., + Tracey,A., Tromans,A., Van Helmond,Z., Wall,M., Wallis,J.M., + White,S., Whitehead,S.L., Wilkinson,J.E., Willey,D.L., Williams,H., + Wilming,L., Wray,P.W., Wu,Z., Coulson,A., Vaudin,M., Sulston,J.E., + Durbin,R., Hubbard,T., Wooster,R., Dunham,I., Carter,N.P., + McVean,G., Ross,M.T., Harrow,J., Olson,M.V., Beck,S., Rogers,J., + Bentley,D.R., Banerjee,R., Bryant,S.P., Burford,D.C., Burrill,W.D., + Clegg,S.M., Dhami,P., Dovey,O., Faulkner,L.M., Gribble,S.M., + Langford,C.F., Pandian,R.D., Porter,K.M. and Prigmore,E. + TITLE The DNA sequence and biological annotation of human chromosome 1 + JOURNAL Nature 441 (7091), 315-321 (2006) + PUBMED 16710414 + REMARK Erratum:[Nature. 2006 Oct 26;443(7114):1013. Banerjee, R [added]; + Bryant, SP [added]; Burford, DC [added]; Burrill, WDH [added]; + Clegg, SM [added]; Dhami, P [added]; Dovey, O [added]; Faulkner, LM + [added]; Gribble, SM [added]; Langford, CF [added]; Pandian, RD + [added]; Porter, KM [added]; Prigmore, E [added]] +REFERENCE 2 (bases 1 to 3001) + CONSRTM International Human Genome Sequencing Consortium + TITLE Finishing the euchromatic sequence of the human genome + JOURNAL Nature 431 (7011), 931-945 (2004) + PUBMED 15496913 +REFERENCE 3 (bases 1 to 3001) + AUTHORS Lander,E.S., Linton,L.M., Birren,B., Nusbaum,C., Zody,M.C., + Baldwin,J., Devon,K., Dewar,K., Doyle,M., FitzHugh,W., Funke,R., + Gage,D., Harris,K., Heaford,A., Howland,J., Kann,L., Lehoczky,J., + LeVine,R., McEwan,P., McKernan,K., Meldrim,J., Mesirov,J.P., + Miranda,C., Morris,W., Naylor,J., Raymond,C., Rosetti,M., + Santos,R., Sheridan,A., Sougnez,C., Stange-Thomann,N., + Stojanovic,N., Subramanian,A., Wyman,D., Rogers,J., Sulston,J., + Ainscough,R., Beck,S., Bentley,D., Burton,J., Clee,C., Carter,N., + Coulson,A., Deadman,R., Deloukas,P., Dunham,A., Dunham,I., + Durbin,R., French,L., Grafham,D., Gregory,S., Hubbard,T., + Humphray,S., Hunt,A., Jones,M., Lloyd,C., McMurray,A., Matthews,L., + Mercer,S., Milne,S., Mullikin,J.C., Mungall,A., Plumb,R., Ross,M., + Shownkeen,R., Sims,S., Waterston,R.H., Wilson,R.K., Hillier,L.W., + McPherson,J.D., Marra,M.A., Mardis,E.R., Fulton,L.A., + Chinwalla,A.T., Pepin,K.H., Gish,W.R., Chissoe,S.L., Wendl,M.C., + Delehaunty,K.D., Miner,T.L., Delehaunty,A., Kramer,J.B., Cook,L.L., + Fulton,R.S., Johnson,D.L., Minx,P.J., Clifton,S.W., Hawkins,T., + Branscomb,E., Predki,P., Richardson,P., Wenning,S., Slezak,T., + Doggett,N., Cheng,J.F., Olsen,A., Lucas,S., Elkin,C., + Uberbacher,E., Frazier,M., Gibbs,R.A., Muzny,D.M., Scherer,S.E., + Bouck,J.B., Sodergren,E.J., Worley,K.C., Rives,C.M., Gorrell,J.H., + Metzker,M.L., Naylor,S.L., Kucherlapati,R.S., Nelson,D.L., + Weinstock,G.M., Sakaki,Y., Fujiyama,A., Hattori,M., Yada,T., + Toyoda,A., Itoh,T., Kawagoe,C., Watanabe,H., Totoki,Y., Taylor,T., + Weissenbach,J., Heilig,R., Saurin,W., Artiguenave,F., Brottier,P., + Bruls,T., Pelletier,E., Robert,C., Wincker,P., Smith,D.R., + Doucette-Stamm,L., Rubenfield,M., Weinstock,K., Lee,H.M., + Dubois,J., Rosenthal,A., Platzer,M., Nyakatura,G., Taudien,S., + Rump,A., Yang,H., Yu,J., Wang,J., Huang,G., Gu,J., Hood,L., + Rowen,L., Madan,A., Qin,S., Davis,R.W., Federspiel,N.A., + Abola,A.P., Proctor,M.J., Myers,R.M., Schmutz,J., Dickson,M., + Grimwood,J., Cox,D.R., Olson,M.V., Kaul,R., Raymond,C., Shimizu,N., + Kawasaki,K., Minoshima,S., Evans,G.A., Athanasiou,M., Schultz,R., + Roe,B.A., Chen,F., Pan,H., Ramser,J., Lehrach,H., Reinhardt,R., + McCombie,W.R., de la Bastide,M., Dedhia,N., Blocker,H., + Hornischer,K., Nordsiek,G., Agarwala,R., Aravind,L., Bailey,J.A., + Bateman,A., Batzoglou,S., Birney,E., Bork,P., Brown,D.G., + Burge,C.B., Cerutti,L., Chen,H.C., Church,D., Clamp,M., + Copley,R.R., Doerks,T., Eddy,S.R., Eichler,E.E., Furey,T.S., + Galagan,J., Gilbert,J.G., Harmon,C., Hayashizaki,Y., Haussler,D., + Hermjakob,H., Hokamp,K., Jang,W., Johnson,L.S., Jones,T.A., + Kasif,S., Kaspryzk,A., Kennedy,S., Kent,W.J., Kitts,P., + Koonin,E.V., Korf,I., Kulp,D., Lancet,D., Lowe,T.M., McLysaght,A., + Mikkelsen,T., Moran,J.V., Mulder,N., Pollara,V.J., Ponting,C.P., + Schuler,G., Schultz,J., Slater,G., Smit,A.F., Stupka,E., + Szustakowski,J., Thierry-Mieg,D., Thierry-Mieg,J., Wagner,L., + Wallis,J., Wheeler,R., Williams,A., Wolf,Y.I., Wolfe,K.H., + Yang,S.P., Yeh,R.F., Collins,F., Guyer,M.S., Peterson,J., + Felsenfeld,A., Wetterstrand,K.A., Patrinos,A., Morgan,M.J., de + Jong,P., Catanese,J.J., Osoegawa,K., Shizuya,H., Choi,S. and + Chen,Y.J. + CONSRTM International Human Genome Sequencing Consortium + TITLE Initial sequencing and analysis of the human genome + JOURNAL Nature 409 (6822), 860-921 (2001) + PUBMED 11237011 + REMARK Erratum:[Nature 2001 Aug 2;412(6846):565] +REFERENCE 4 (sites) + AUTHORS Lowe,T.M. and Eddy,S.R. + TITLE tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes + in genomic sequence + JOURNAL Nucleic Acids Res. 25 (5), 955-964 (1997) + PUBMED 9023104 + REMARK This is the methods paper for tRNAscan-SE. +COMMENT REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to + CM000663.1. + [WARNING] On Feb 3, 2014 this sequence was replaced by + NC_000001.11. + On Jun 10, 2009 this sequence version replaced NC_000001.9. + Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly + The DNA sequence is composed of genomic sequence, primarily + finished clones that were sequenced as part of the Human Genome + Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added + where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions + are manually curated by GRC staff. For more information see: + http://genomereference.org. + + ##Genome-Annotation-Data-START## + Annotation Provider :: NCBI + Annotation Status :: Full annotation + Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 + Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation + pipeline + Annotation Software Version :: 5.1 + Annotation Method :: Best-placed RefSeq; Gnomon + Features Annotated :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA + ##Genome-Annotation-Data-END## +FEATURES Location/Qualifiers + source 1..3001 + /organism="Homo sapiens" + /mol_type="genomic DNA" + /db_xref="taxon:9606" + /chromosome="1" + gene complement(1418..2229) + /gene="PFN1P1" + /note="profilin 1 pseudogene 1; Derived by automated + computational analysis using gene prediction method: + Curated Genomic." + /pseudo + /db_xref="GeneID:730138" + /db_xref="HGNC:HGNC:42989" +ORIGIN + 1 ctgaaaaaaa aaaaaaaaag tatagcaatg ggatacattc tattaagaaa tggatcactt + 61 tttaaattaa taattttata ttaatgtatg atatctctat tgttgtttaa caaaaataat + 121 gattccattt ttatagatta acacctaagc tttaaagaga ttgattgaag cattattatt + 181 gcaaaacact gcagggaaac ccacaggtgt ttgtttgttt gtttgtttgt ttgtttgttt + 241 gagacagagt ctcactctgt cgcctaggct ggagtgcagt ggtgggatca tggctcattg + 301 cagcctcgac atcctgagct caagtgatcc tcccacttta gcatcccaag tagttgggac + 361 tacaggtgtg tgccaccata cctggctgat tttgtttttt aaagttttag tagggacaag + 421 gtctctctct gttgcccaag ctggtcttga actcctgagc tcaagcaatt cttccgcctt + 481 tgcttcccaa agtgctggga ttacagatgt gacccactga acctagcaac ccacagtttt + 541 caacaacagg gtattggttg aagaaactgt agcataccca tatcctatga aataaataga + 601 cgtaaaattt cagaataata ttgttattta caatattttg ttaaatgaaa taagtaaatt + 661 ataaaactag atatgcaatg ccaccctaca cttttaaata tatattatct atataaaagc + 721 tagatataaa tatagcaaaa tgttcatagt gattatattt agataatgag aatatatgat + 781 attttggctt ccatctttgt attttttgta atataatttt taggagtcag gtttattgaa + 841 gggttattta catgtagtaa aattcacccg ttttaggtgt atgtgttttg actaatatgt + 901 acaataatgt atccactacc gtaatcaaaa tacagaatat ttcctttgtc 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For more information see: http://genomereference.org. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 5.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq%3B Gnomon Features Annotated :: Gene%3B mRNA%3B CDS%3B ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## ;date=13-AUG-2013;mol_type=genomic DNA;organism=Homo sapiens +NC_000001 GenBank pseudogene 1418 2229 . - 1 ID=PFN1P1;Dbxref=GeneID:730138,HGNC:HGNC:42989;Name=PFN1P1;Note=profilin 1 pseudogene 1%3B Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Curated Genomic.;pseudo=_no_value +##FASTA +>NC_000001 +CTGAAAAAAAAAAAAAAAAGTATAGCAATGGGATACATTCTATTAAGAAATGGATCACTT +TTTAAATTAATAATTTTATATTAATGTATGATATCTCTATTGTTGTTTAACAAAAATAAT +GATTCCATTTTTATAGATTAACACCTAAGCTTTAAAGAGATTGATTGAAGCATTATTATT 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+ Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; + Catarrhini; Hominidae; Homo. +REFERENCE 1 (bases 1 to 128001) + AUTHORS Gregory,S.G., Barlow,K.F., McLay,K.E., Kaul,R., Swarbreck,D., + Dunham,A., Scott,C.E., Howe,K.L., Woodfine,K., Spencer,C.C., + Jones,M.C., Gillson,C., Searle,S., Zhou,Y., Kokocinski,F., + McDonald,L., Evans,R., Phillips,K., Atkinson,A., Cooper,R., + Jones,C., Hall,R.E., Andrews,T.D., Lloyd,C., Ainscough,R., + Almeida,J.P., Ambrose,K.D., Anderson,F., Andrew,R.W., Ashwell,R.I., + Aubin,K., Babbage,A.K., Bagguley,C.L., Bailey,J., Beasley,H., + Bethel,G., Bird,C.P., Bray-Allen,S., Brown,J.Y., Brown,A.J., + Buckley,D., Burton,J., Bye,J., Carder,C., Chapman,J.C., Clark,S.Y., + Clarke,G., Clee,C., Cobley,V., Collier,R.E., Corby,N., + Coville,G.J., Davies,J., Deadman,R., Dunn,M., Earthrowl,M., + Ellington,A.G., Errington,H., Frankish,A., Frankland,J., French,L., + Garner,P., Garnett,J., Gay,L., Ghori,M.R., Gibson,R., Gilby,L.M., + Gillett,W., Glithero,R.J., Grafham,D.V., Griffiths,C., + Griffiths-Jones,S., Grocock,R., Hammond,S., Harrison,E.S., Hart,E., + Haugen,E., Heath,P.D., Holmes,S., Holt,K., Howden,P.J., Hunt,A.R., + Hunt,S.E., Hunter,G., Isherwood,J., James,R., Johnson,C., + Johnson,D., Joy,A., Kay,M., Kershaw,J.K., Kibukawa,M., + Kimberley,A.M., King,A., Knights,A.J., Lad,H., Laird,G., Lawlor,S., + Leongamornlert,D.A., Lloyd,D.M., Loveland,J., Lovell,J., Lush,M.J., + Lyne,R., Martin,S., Mashreghi-Mohammadi,M., Matthews,L., + Matthews,N.S., McLaren,S., Milne,S., Mistry,S., Moore,M.J., + Nickerson,T., O'Dell,C.N., Oliver,K., Palmeiri,A., Palmer,S.A., + Parker,A., Patel,D., Pearce,A.V., Peck,A.I., Pelan,S., Phelps,K., + Phillimore,B.J., Plumb,R., Rajan,J., Raymond,C., Rouse,G., + Saenphimmachak,C., Sehra,H.K., Sheridan,E., Shownkeen,R., Sims,S., + Skuce,C.D., Smith,M., Steward,C., Subramanian,S., Sycamore,N., + Tracey,A., Tromans,A., Van Helmond,Z., Wall,M., Wallis,J.M., + White,S., Whitehead,S.L., Wilkinson,J.E., Willey,D.L., Williams,H., + Wilming,L., Wray,P.W., Wu,Z., Coulson,A., Vaudin,M., Sulston,J.E., + Durbin,R., Hubbard,T., Wooster,R., Dunham,I., Carter,N.P., + McVean,G., Ross,M.T., Harrow,J., Olson,M.V., Beck,S., Rogers,J., + Bentley,D.R., Banerjee,R., Bryant,S.P., Burford,D.C., Burrill,W.D., + Clegg,S.M., Dhami,P., Dovey,O., Faulkner,L.M., Gribble,S.M., + Langford,C.F., Pandian,R.D., Porter,K.M. and Prigmore,E. + TITLE The DNA sequence and biological annotation of human chromosome 1 + JOURNAL Nature 441 (7091), 315-321 (2006) + PUBMED 16710414 + REMARK Erratum:[Nature. 2006 Oct 26;443(7114):1013. Banerjee, R [added]; + Bryant, SP [added]; Burford, DC [added]; Burrill, WDH [added]; + Clegg, SM [added]; Dhami, P [added]; Dovey, O [added]; Faulkner, LM + [added]; Gribble, SM [added]; Langford, CF [added]; Pandian, RD + [added]; Porter, KM [added]; Prigmore, E [added]] +REFERENCE 2 (bases 1 to 128001) + CONSRTM International Human Genome Sequencing Consortium + TITLE Finishing the euchromatic sequence of the human genome + JOURNAL Nature 431 (7011), 931-945 (2004) + PUBMED 15496913 +REFERENCE 3 (bases 1 to 128001) + AUTHORS Lander,E.S., Linton,L.M., Birren,B., Nusbaum,C., Zody,M.C., + Baldwin,J., Devon,K., Dewar,K., Doyle,M., FitzHugh,W., Funke,R., + Gage,D., Harris,K., Heaford,A., Howland,J., Kann,L., Lehoczky,J., + LeVine,R., McEwan,P., McKernan,K., Meldrim,J., Mesirov,J.P., + Miranda,C., Morris,W., Naylor,J., Raymond,C., Rosetti,M., + Santos,R., Sheridan,A., Sougnez,C., Stange-Thomann,N., + Stojanovic,N., Subramanian,A., Wyman,D., Rogers,J., Sulston,J., + Ainscough,R., Beck,S., Bentley,D., Burton,J., Clee,C., Carter,N., + Coulson,A., Deadman,R., Deloukas,P., Dunham,A., Dunham,I., + Durbin,R., French,L., Grafham,D., Gregory,S., Hubbard,T., + Humphray,S., Hunt,A., Jones,M., Lloyd,C., McMurray,A., Matthews,L., + Mercer,S., Milne,S., Mullikin,J.C., Mungall,A., Plumb,R., Ross,M., + Shownkeen,R., Sims,S., Waterston,R.H., Wilson,R.K., Hillier,L.W., + McPherson,J.D., Marra,M.A., Mardis,E.R., Fulton,L.A., + Chinwalla,A.T., Pepin,K.H., Gish,W.R., Chissoe,S.L., Wendl,M.C., + Delehaunty,K.D., Miner,T.L., Delehaunty,A., Kramer,J.B., Cook,L.L., + Fulton,R.S., Johnson,D.L., Minx,P.J., Clifton,S.W., Hawkins,T., + Branscomb,E., Predki,P., Richardson,P., Wenning,S., Slezak,T., + Doggett,N., Cheng,J.F., Olsen,A., Lucas,S., Elkin,C., + Uberbacher,E., Frazier,M., Gibbs,R.A., Muzny,D.M., Scherer,S.E., + Bouck,J.B., Sodergren,E.J., Worley,K.C., Rives,C.M., Gorrell,J.H., + Metzker,M.L., Naylor,S.L., Kucherlapati,R.S., Nelson,D.L., + Weinstock,G.M., Sakaki,Y., Fujiyama,A., Hattori,M., Yada,T., + Toyoda,A., Itoh,T., Kawagoe,C., Watanabe,H., Totoki,Y., Taylor,T., + Weissenbach,J., Heilig,R., Saurin,W., Artiguenave,F., Brottier,P., + Bruls,T., Pelletier,E., Robert,C., Wincker,P., Smith,D.R., + Doucette-Stamm,L., Rubenfield,M., Weinstock,K., Lee,H.M., + Dubois,J., Rosenthal,A., Platzer,M., Nyakatura,G., Taudien,S., + Rump,A., Yang,H., Yu,J., Wang,J., Huang,G., Gu,J., Hood,L., + Rowen,L., Madan,A., Qin,S., Davis,R.W., Federspiel,N.A., + Abola,A.P., Proctor,M.J., Myers,R.M., Schmutz,J., Dickson,M., + Grimwood,J., Cox,D.R., Olson,M.V., Kaul,R., Raymond,C., Shimizu,N., + Kawasaki,K., Minoshima,S., Evans,G.A., Athanasiou,M., Schultz,R., + Roe,B.A., Chen,F., Pan,H., Ramser,J., Lehrach,H., Reinhardt,R., + McCombie,W.R., de la Bastide,M., Dedhia,N., Blocker,H., + Hornischer,K., Nordsiek,G., Agarwala,R., Aravind,L., Bailey,J.A., + Bateman,A., Batzoglou,S., Birney,E., Bork,P., Brown,D.G., + Burge,C.B., Cerutti,L., Chen,H.C., Church,D., Clamp,M., + Copley,R.R., Doerks,T., Eddy,S.R., Eichler,E.E., Furey,T.S., + Galagan,J., Gilbert,J.G., Harmon,C., Hayashizaki,Y., Haussler,D., + Hermjakob,H., Hokamp,K., Jang,W., Johnson,L.S., Jones,T.A., + Kasif,S., Kaspryzk,A., Kennedy,S., Kent,W.J., Kitts,P., + Koonin,E.V., Korf,I., Kulp,D., Lancet,D., Lowe,T.M., McLysaght,A., + Mikkelsen,T., Moran,J.V., Mulder,N., Pollara,V.J., Ponting,C.P., + Schuler,G., Schultz,J., Slater,G., Smit,A.F., Stupka,E., + Szustakowski,J., Thierry-Mieg,D., Thierry-Mieg,J., Wagner,L., + Wallis,J., Wheeler,R., Williams,A., Wolf,Y.I., Wolfe,K.H., + Yang,S.P., Yeh,R.F., Collins,F., Guyer,M.S., Peterson,J., + Felsenfeld,A., Wetterstrand,K.A., Patrinos,A., Morgan,M.J., de + Jong,P., Catanese,J.J., Osoegawa,K., Shizuya,H., Choi,S. and + Chen,Y.J. + CONSRTM International Human Genome Sequencing Consortium + TITLE Initial sequencing and analysis of the human genome + JOURNAL Nature 409 (6822), 860-921 (2001) + PUBMED 11237011 + REMARK Erratum:[Nature 2001 Aug 2;412(6846):565] +REFERENCE 4 (sites) + AUTHORS Lowe,T.M. and Eddy,S.R. + TITLE tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes + in genomic sequence + JOURNAL Nucleic Acids Res. 25 (5), 955-964 (1997) + PUBMED 9023104 + REMARK This is the methods paper for tRNAscan-SE. +COMMENT REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to + CM000663.1. + [WARNING] On Feb 3, 2014 this sequence was replaced by + NC_000001.11. + On Jun 10, 2009 this sequence version replaced NC_000001.9. + Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly + The DNA sequence is composed of genomic sequence, primarily + finished clones that were sequenced as part of the Human Genome + Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added + where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions + are manually curated by GRC staff. For more information see: + http://genomereference.org. + + ##Genome-Annotation-Data-START## + Annotation Provider :: NCBI + Annotation Status :: Full annotation + Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 + Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation + pipeline + Annotation Software Version :: 5.1 + Annotation Method :: Best-placed RefSeq; Gnomon + Features Annotated :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA + ##Genome-Annotation-Data-END## +FEATURES Location/Qualifiers + source 1..128001 + /organism="Homo sapiens" + /mol_type="genomic DNA" + /db_xref="taxon:9606" + /chromosome="1" + gene complement(686..96472) + /gene="ANKRD13C" + /gene_synonym="dJ677H15.3; RP4-677H15.5" + /note="ankyrin repeat domain 13C; Derived by automated + computational analysis using gene prediction method: + BestRefSeq,Gnomon." + /db_xref="GeneID:81573" + /db_xref="HGNC:HGNC:25374" + /db_xref="MIM:615125" + mRNA complement(join(686..4531,12540..12640,16404..16502, + 18449..18528,34072..34233,37814..37945,42448..42592, + 47908..47974,55429..55474,57165..57250,66537..66641, + 77742..77783,95663..96418)) + /gene="ANKRD13C" + /gene_synonym="dJ677H15.3; RP4-677H15.5" + /product="ankyrin repeat domain 13C" + /note="Derived by automated computational analysis using + gene prediction method: BestRefSeq." + /transcript_id="NM_030816.4" + /db_xref="GI:166795253" + /db_xref="GeneID:81573" + /db_xref="HGNC:HGNC:25374" + /db_xref="MIM:615125" + mRNA complement(join(2272..4531,12540..12640,16404..16502, + 18449..18528,34072..34233,37814..37945,42448..42592, + 55429..55448)) + /gene="ANKRD13C" + /gene_synonym="dJ677H15.3; RP4-677H15.5" + /product="ankyrin repeat domain 13C, transcript variant + X4" + /note="Derived by automated computational analysis using + gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence + includes similarity to: 1 mRNA, 38 ESTs, 1 Protein, and + 98% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq + alignments, including 2 samples with support for all + annotated introns" + /transcript_id="XM_005271236.1" + /db_xref="GI:530363398" + /db_xref="GeneID:81573" + /db_xref="HGNC:HGNC:25374" + /db_xref="MIM:615125" + mRNA complement(join(2276..4531,18449..18528,34072..34233, + 37814..37945,42448..42592,47908..47974,55429..55474, + 57165..57250,66537..66641,77742..77783,95663..96472)) + /gene="ANKRD13C" + /gene_synonym="dJ677H15.3; RP4-677H15.5" + /product="ankyrin repeat domain 13C, transcript variant + X3" + /note="Derived by automated computational analysis using + gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence + includes similarity to: 45 ESTs, and 99% coverage of the + annotated genomic feature by RNAseq alignments, including + 3 samples with support for all annotated introns" + /transcript_id="XM_005271235.1" + /db_xref="GI:530363395" + /db_xref="GeneID:81573" + /db_xref="HGNC:HGNC:25374" + /db_xref="MIM:615125" + mRNA complement(join(2276..4531,12540..12640,18449..18528, + 34072..34233,37814..37945,42448..42592,47908..47974, + 55429..55474,57165..57250,66537..66641,77742..77783, + 95663..96472)) + /gene="ANKRD13C" + /gene_synonym="dJ677H15.3; RP4-677H15.5" + /product="ankyrin repeat domain 13C, transcript variant + X1" + /note="Derived by automated computational analysis using + gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence + includes similarity to: 45 ESTs, and 100% coverage of the + annotated genomic feature by RNAseq alignments, including + 3 samples with support for all annotated introns" + /transcript_id="XM_005271233.1" + /db_xref="GI:530363391" + /db_xref="GeneID:81573" + /db_xref="HGNC:HGNC:25374" + /db_xref="MIM:615125" + mRNA complement(join(2276..4531,16404..16502,18449..18528, + 34072..34233,37814..37945,42448..42592,47908..47974, + 55429..55474,57165..57250,66537..66641,77742..77783, + 95663..96472)) + /gene="ANKRD13C" + /gene_synonym="dJ677H15.3; RP4-677H15.5" + /product="ankyrin repeat domain 13C, transcript variant + X2" + /note="Derived by automated computational analysis using + gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence + includes similarity to: 45 ESTs, and 99% coverage of the + annotated genomic feature by RNAseq alignments, including + 9 samples with support for all annotated introns" + /transcript_id="XM_005271234.1" + /db_xref="GI:530363393" + /db_xref="GeneID:81573" + /db_xref="HGNC:HGNC:25374" + /db_xref="MIM:615125" + CDS complement(join(4401..4531,12540..12640,18449..18528, + 34072..34233,37814..37945,42448..42592,47908..47974, + 55429..55474,57165..57250,66537..66641,77742..77783, + 95663..96092)) + /gene="ANKRD13C" + /gene_synonym="dJ677H15.3; RP4-677H15.5" + /note="Derived by automated computational analysis using + gene prediction method: Gnomon." + /codon_start=1 + /product="ankyrin repeat domain-containing protein 13C + isoform X1" + /protein_id="XP_005271290.1" + /db_xref="GI:530363392" + /db_xref="GeneID:81573" + /db_xref="HGNC:HGNC:25374" + /db_xref="MIM:615125" + /translation="MTGEKIRSLRRDHKPSKEEGDLLEPGDEEAAAALGGTFTRSRIG + KGGKACHKIFSNHHHRLQLKAAPASSNPPGAPALPLHNSSVTANSQSPALLAGTNPVA + VVADGGSCPAHYPVHECVFKGDVRRLSSLIRTHNIGQKDNHGNTPLHLAVMLGNKECA + HLLLAHNAPVKVKNAQGWSPLAEAISYGDRQMITALLRKLKQQSRESVEEKRPRLLKA + LKELGDFYLELHWDFQSWVPLLSRILPSDACKIYKQGINIRLDTTLIDFTDMKCQRGD + LSFIFNGDAAPSESFVVLDNEQKVYQRIHHEESEMETEEEVDILMSSDIYSATLSTKS + ISFTRAQTGWLFREDKTERVGNFLADFYLVNGLVLESRKRREHLSEEDILRNKAIMES + LSKGGNIMEQNFEPIRRQSLTPPPQNTITWEEYISAENGKLLNVLEVVAPFKHFNKLR + EFVQMKLPPGFPVKLDIPVFPTITATVTFQEFRYDEFDGSIFTIPDDYKEDPSRFPDL + " + CDS complement(join(4401..4531,12540..12640,16404..16502, + 18449..18528,34072..34233,37814..37945,42448..42592, + 47908..47974,55429..55474,57165..57250,66537..66641, + 77742..77783,95663..96092)) + /gene="ANKRD13C" + /gene_synonym="dJ677H15.3; 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Supporting evidence + includes similarity to: 10 ESTs, and 100% coverage of the + annotated genomic feature by RNAseq alignments, including + 7 samples with support for all annotated introns" + /transcript_id="XR_246298.1" + /db_xref="GI:530363397" + /db_xref="GeneID:81573" + /db_xref="HGNC:HGNC:25374" + /db_xref="MIM:615125" + gene 96494..>109707 + /gene="HHLA3" + /note="HERV-H LTR-associating 3; Derived by automated + computational analysis using gene prediction method: + BestRefSeq." + /db_xref="GeneID:11147" + /db_xref="HGNC:HGNC:4906" + /db_xref="MIM:604372" + mRNA join(96494..96892,108128..108221,109301..109707) + /gene="HHLA3" + /product="HERV-H LTR-associating 3, transcript variant 2" + /note="Derived by automated computational analysis using + gene prediction method: BestRefSeq." + /transcript_id="NM_001036645.1" + /db_xref="GI:81295795" + /db_xref="GeneID:11147" + /db_xref="HGNC:HGNC:4906" + /db_xref="MIM:604372" + mRNA join(96494..96795,108128..108221,109301..109707) + 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gaaacagttt ttcatctact aacatgtatc agcagacaga tgtgacagtt tccaaaccat + 1861 catctgtact tcttatactc acaaaaatca gggcatctac ttcatactac ccttttatga + 1921 agtttggcaa ttctctgtat gtgaatatct acagagggca aattgtctca tcagagaatt + 1981 attttctcaa agatggaaac catatcttct ctggatacca taccagtggg caagaatatt + 2041 aaccatttct aaatggctat tgaagatgac tatacgattg tccccctacc aatttaaaca + 2101 gtttcaaaat cacaaatgga gaagaacata tagaattttg tgtacctaca ttgcaaaatc + 2161 ttgatttttc atgtggtatt atgaaaacat atggtgtttt gacttattca tttgaaacac + 2221 tgcatatagc ttcattcatt aactggatta aaaggcacat ttcgaaaaat cttcattaaa + 2281 agtaatactg tgaaaagttt atttgcatcg attaattcct ttttttcacc atcataagag + 2341 atattgacat ttgtttgctc tttgtgatca gagaaaagac attttggaat ggataatctg + 2401 tttctaccat tctttaaaga aaaaagcttt aaaaacaaaa ttcaagtgca aaaatttcca + 2461 gtagtcttcc tacctccagt gtaccccagc aaaatattca tagctgtgct gttaggaaat + 2521 taatcaacca taagcttcaa ttacccactt tttttcttcc ctaaggtgtc tgtacttatg + 2581 aaaacatata tagcatattc ctgaaagtat accatattcc 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tgttttttaa aactgacacc aatgcatcca tattctacta + 3481 aaaacaaaca aaataatcag accgatgtgt acttattagg aagcaagttt aaaaatttgg + 3541 attttttttt aaagtgctga gatttggaag aggaatatct ttaaacatgc taaccattac + 3601 cttatgatga ccataacaag gactcaaact caagtttaga aaaaaaaaaa atagaggttc + 3661 tatgaaagga agattagtaa caaacattca ggtaaaaaca aatagcacca caatgaattg + 3721 cactaaggtg ctaaaggagg taccttattc cctgcagagt gaacgctcct tctgaaatgt + 3781 attgcaacat ataaatgcaa ttgtttaatg gttaccattt ggttcattca tctacagaaa + 3841 attgcattcc ttctagttca ttatattgaa caaacattca aattactgaa ctatacataa + 3901 tgttacatag tttacatttt atgaaaacaa agctcgaagg aatatttata aatgtcacct + 3961 tgcataaaga tgacaagttt aaaagggctc catatctctt aagacattta atttacgtta + 4021 atggtccagg agtgttttag atatagatat agatatagat atatttatat gcatatatat + 4081 ttcaacaaga agtgtaaaaa tttttaaaaa caaatcacag cactcatagc tgcttcacat + 4141 acgcaggtct tagggtcatt aatgtgtcaa actattacat ttataatatg tatattttta + 4201 aaaagacaaa aaatggcaca tcagaaaact cgctgaaatt cttattagag gcccatttca + 4261 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ctcagatgat + 119041 ccacctgcct tggcctccca aagtgctggg attacaagcg tgagccacca ggcctggcct + 119101 aacaagcatt ttctattgtt ctttatttct gaattttcaa caagtcctag atatgtgctg + 119161 ttgtttcttt tgatgctcta ttgtatgctg tacaaggatt atttcatttt gaacataatt + 119221 tcagtttgat gctatggcta tttatcatat gtgttgtttt gctgtaccta tttttttttt + 119281 tttttttgag agagagtttc actgttgtca cccaggctgg agtgcaacag cttgatcttg + 119341 gctcactgca acctctgcct cctgggatca agcaattctc cagcctcagc ctcaggagta + 119401 gctgggatta caggtgctcg ccaccatgcc cagctacatt ttttttgtat ttttagtaga + 119461 gagggggttt tgccatgttg gccaggctgg tcttgaactt ctgatctcag gtgatccacc + 119521 cacctcggcc tcccaaagtg ctgggattat agacgtgagc caccatgccc ggcttgtacc + 119581 tatttttttt ttttttttta acatccagct tatgttactt cagcatctcc ttactttcat + 119641 cttcactgaa gccttttttt ttttgctacg aaaatgaaaa atttaaatgt catacaacat + 119701 tgtattagat tgatttgcct tttttttttt ttttttttga gacggagtct tgcactgtca + 119761 cctgggctgg agtgcagtgg cacaatctca gctacctaca acctccacct cctgggttca + 119821 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aaatttgtac ccaggattga ttccaggttc tgaagtttta + 120661 aataagcatg ttataataat tctgttctac aatggttcga caagaattct aaacttgtgc + 120721 tgcccactaa ctgctagcca cacatggctt tttaaattta aattgattta aatcatataa + 120781 aactaatttt atttcttcag ttgcactagt gacatttcaa ttactgaaaa gcatggatgt + 120841 ctagtggcta ccatattgga tagtacagat agcaagcatt tgcatcctca cagaacgttc + 120901 tataggactg tcctgctcta gaatatcaat aatttatctt agagatcatt tgtttaactt + 120961 ataagtttgt attagatact tttgggttgc ctggttggca cacaacaaca ctccctccct + 121021 cttcatgaaa tttccctttc atccctaaac aataaaacaa ggcaggtttt atcttctatg + 121081 actctctgac ccatctcatc agtcatggct gattgaacca gctaaagcca agccagatac + 121141 atgtgtcttt tatctttagg agaaaatgta tagagatttt taagtaattt actttggtga + 121201 aaaagtaata ataatttact aatttgctaa ttagctaatc ccaattatgt ttggtttctt + 121261 ttgtttgttt attttgtttt gtttttttga gacacagttt caccctgtca cccaggctgg + 121321 agtgcagtga cagatcttgg ctcactgcaa cctctgtctc ctggattcaa gcgattctca + 121381 tgcctcagcc tccccagtag ctgggattgc aggtgcacat 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[WARNING] On Feb 3,2014 this sequence was replaced by NC_000001.11. On Jun 10,2009 this sequence version replaced NC_000001.9. Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly The DNA sequence is composed of genomic sequence,primarily finished clones that were sequenced as part of the Human Genome Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions are manually curated by GRC staff. For more information see: http://genomereference.org. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 5.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq,Gnomon Features Annotated :: Gene,mRNA,CDS,ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## ;chromosome=1;comment1=REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CM000663.1. [WARNING] On Feb 3%2C 2014 this sequence was replaced by NC_000001.11. On Jun 10%2C 2009 this sequence version replaced NC_000001.9. Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly The DNA sequence is composed of genomic sequence%2C primarily finished clones that were sequenced as part of the Human Genome Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions are manually curated by GRC staff. For more information see: http://genomereference.org. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 5.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq%3B Gnomon Features Annotated :: Gene%3B mRNA%3B CDS%3B ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## ;date=13-AUG-2013;mol_type=genomic DNA;organism=Homo sapiens +NC_000001 GenBank pseudogene 1418 2229 . - 1 ID=PFN1P1;Dbxref=GeneID:730138,HGNC:HGNC:42989;Name=PFN1P1;Note=profilin 1 pseudogene 1%3B Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Curated Genomic.;pseudo=_no_value +NC_000001 GenBank chromosome 1 128001 . + 1 ID=NC_000001.chromosome;Alias=1,NC_000001;Dbxref=BioProject:PRJNA168,taxon:9606;Name=NC_000001;Note=Homo sapiens chromosome 1%2C GRCh37.p13 Primary Assembly.,REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CM000663.1. [WARNING] On Feb 3,2014 this sequence was replaced by NC_000001.11. On Jun 10,2009 this sequence version replaced NC_000001.9. Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly The DNA sequence is composed of genomic sequence,primarily finished clones that were sequenced as part of the Human Genome Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions are manually curated by GRC staff. For more information see: http://genomereference.org. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 5.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq,Gnomon Features Annotated :: Gene,mRNA,CDS,ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## ;chromosome=1;comment1=REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CM000663.1. [WARNING] On Feb 3%2C 2014 this sequence was replaced by NC_000001.11. On Jun 10%2C 2009 this sequence version replaced NC_000001.9. Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly The DNA sequence is composed of genomic sequence%2C primarily finished clones that were sequenced as part of the Human Genome Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions are manually curated by GRC staff. For more information see: http://genomereference.org. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 5.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq%3B Gnomon Features Annotated :: Gene%3B mRNA%3B CDS%3B ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## ;date=13-AUG-2013;mol_type=genomic DNA;organism=Homo sapiens +NC_000001 GenBank gene 686 96472 . - 1 ID=ANKRD13C;Dbxref=GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=ankyrin repeat domain 13C%3B Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq%2CGnomon.;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5 +NC_000001 GenBank mRNA 686 96418 . - 1 ID=ANKRD13C.t01;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:166795253,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq.;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C;transcript_id=NM_030816.4 +NC_000001 GenBank mRNA 2272 55448 . - 1 ID=ANKRD13C.t02;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:530363398,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 1 mRNA%2C 38 ESTs%2C 1 Protein%2C and 98%25 coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments%2C including 2 samples with support for all annotated introns;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C%2C transcript variant X4;transcript_id=XM_005271236.1 +NC_000001 GenBank mRNA 2276 96472 . - 1 ID=ANKRD13C.t03;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:530363395,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 45 ESTs%2C and 99%25 coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments%2C including 3 samples with support for all annotated introns;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C%2C transcript variant X3;transcript_id=XM_005271235.1 +NC_000001 GenBank mRNA 2276 96472 . - 1 ID=ANKRD13C.t04;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:530363391,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 45 ESTs%2C and 100%25 coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments%2C including 3 samples with support for all annotated introns;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C%2C transcript variant X1;transcript_id=XM_005271233.1 +NC_000001 GenBank mRNA 2276 96472 . - 1 ID=ANKRD13C.t05;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:530363393,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 45 ESTs%2C and 99%25 coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments%2C including 9 samples with support for all annotated introns;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C%2C transcript variant X2;transcript_id=XM_005271234.1 +NC_000001 GenBank mature_transcript 34163 96472 . - 1 ID=ANKRD13C.r01;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:530363397,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 10 ESTs%2C and 100%25 coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments%2C including 7 samples with support for all annotated introns;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C%2C transcript variant X5;transcript_id=XR_246298.1 +NC_000001 GenBank CDS 4401 4531 . - 1 ID=ANKRD13C.p01;Parent=ANKRD13C.t01;Dbxref=GI:166795254,CCDS:CCDS648.2,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq.;codon_start=1;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain-containing protein 13C;protein_id=NP_110443.3;translation=length.541 +NC_000001 GenBank CDS 12540 12640 . - 1 ID=ANKRD13C.p01;Parent=ANKRD13C.t01;Dbxref=GI:166795254,CCDS:CCDS648.2,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: 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+NC_000001 GenBank exon 35188 35304 . - 1 Parent=ANKRD13C.t05,ANKRD13C.r01;Name=ANKRD13C;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5 +NC_000001 GenBank gene 96494 109707 . + 1 ID=HHLA3;Dbxref=GeneID:11147,HGNC:HGNC:4906,MIM:604372;Name=HHLA3;Note=HERV-H LTR-associating 3%3B Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq. +NC_000001 GenBank mRNA 96494 109707 . + 1 ID=HHLA3.t01;Parent=HHLA3;Dbxref=GI:81295795,GeneID:11147,HGNC:HGNC:4906,MIM:604372;Name=HHLA3;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq.;product=HERV-H LTR-associating 3%2C transcript variant 2;transcript_id=NM_001036645.1 +NC_000001 GenBank mRNA 96494 109707 . + 1 ID=HHLA3.t02;Parent=HHLA3;Dbxref=GI:81295793,GeneID:11147,HGNC:HGNC:4906,MIM:604372;Name=HHLA3;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq.;product=HERV-H LTR-associating 3%2C transcript variant 1;transcript_id=NM_001031693.2 +NC_000001 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gene prediction method: BestRefSeq.;codon_start=1;product=HERV-H LTR-associating protein 3 isoform 1;protein_id=NP_001026863.1;translation=length.121 +NC_000001 GenBank CDS 108128 108221 . + 1 ID=HHLA3.p02;Parent=HHLA3.t02;Dbxref=GI:72534678,CCDS:CCDS30752.1,GeneID:11147,HGNC:HGNC:4906,MIM:604372;Name=HHLA3;Note=isoform 1 is encoded by transcript variant 1%3B Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq.;codon_start=1;product=HERV-H LTR-associating protein 3 isoform 1;protein_id=NP_001026863.1;translation=length.121 +NC_000001 GenBank CDS 109301 109412 . + 1 ID=HHLA3.p02;Parent=HHLA3.t02;Dbxref=GI:72534678,CCDS:CCDS30752.1,GeneID:11147,HGNC:HGNC:4906,MIM:604372;Name=HHLA3;Note=isoform 1 is encoded by transcript variant 1%3B Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq.;codon_start=1;product=HERV-H LTR-associating protein 3 isoform 1;protein_id=NP_001026863.1;translation=length.121 +NC_000001 GenBank exon 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[WARNING] On Feb 3,2014 this sequence was replaced by NC_000001.11. On Jun 10,2009 this sequence version replaced NC_000001.9. Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly The DNA sequence is composed of genomic sequence,primarily finished clones that were sequenced as part of the Human Genome Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions are manually curated by GRC staff. For more information see: http://genomereference.org. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 5.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq,Gnomon Features Annotated :: Gene,mRNA,CDS,ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## ;chromosome=1;comment1=REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CM000663.1. [WARNING] On Feb 3%2C 2014 this sequence was replaced by NC_000001.11. On Jun 10%2C 2009 this sequence version replaced NC_000001.9. Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly The DNA sequence is composed of genomic sequence%2C primarily finished clones that were sequenced as part of the Human Genome Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions are manually curated by GRC staff. For more information see: http://genomereference.org. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 5.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq%3B Gnomon Features Annotated :: Gene%3B mRNA%3B CDS%3B ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## ;date=13-AUG-2013;mol_type=genomic DNA;organism=Homo sapiens +NC_000001 GenBank pseudogene 1418 2229 . - 1 ID=PFN1P1;Dbxref=GeneID:730138,HGNC:HGNC:42989;Name=PFN1P1;Note=profilin 1 pseudogene 1%3B Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Curated Genomic.;pseudo=_no_value +NC_000001 GenBank chromosome 1 128001 . + 1 ID=NC_000001.chromosome;Alias=1,NC_000001;Dbxref=BioProject:PRJNA168,taxon:9606;Name=NC_000001;Note=Homo sapiens chromosome 1%2C GRCh37.p13 Primary Assembly.,REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CM000663.1. [WARNING] On Feb 3,2014 this sequence was replaced by NC_000001.11. On Jun 10,2009 this sequence version replaced NC_000001.9. Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly The DNA sequence is composed of genomic sequence,primarily finished clones that were sequenced as part of the Human Genome Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions are manually curated by GRC staff. For more information see: http://genomereference.org. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 5.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq,Gnomon Features Annotated :: Gene,mRNA,CDS,ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## ;chromosome=1;comment1=REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CM000663.1. [WARNING] On Feb 3%2C 2014 this sequence was replaced by NC_000001.11. On Jun 10%2C 2009 this sequence version replaced NC_000001.9. Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly The DNA sequence is composed of genomic sequence%2C primarily finished clones that were sequenced as part of the Human Genome Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions are manually curated by GRC staff. For more information see: http://genomereference.org. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 5.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq%3B Gnomon Features Annotated :: Gene%3B mRNA%3B CDS%3B ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## ;date=13-AUG-2013;mol_type=genomic DNA;organism=Homo sapiens +NC_000001 GenBank gene 686 96472 . - 1 ID=ANKRD13C;Dbxref=GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=ankyrin repeat domain 13C%3B Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq%2CGnomon.;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5 +NC_000001 GenBank mRNA 686 96418 . - 1 ID=ANKRD13C.t01;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:166795253,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq.;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C;transcript_id=NM_030816.4 +NC_000001 GenBank mRNA 2272 55448 . - 1 ID=ANKRD13C.t02;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:530363398,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 1 mRNA%2C 38 ESTs%2C 1 Protein%2C and 98%25 coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments%2C including 2 samples with support for all annotated introns;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C%2C transcript variant X4;transcript_id=XM_005271236.1 +NC_000001 GenBank mRNA 2276 96472 . - 1 ID=ANKRD13C.t03;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:530363395,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 45 ESTs%2C and 99%25 coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments%2C including 3 samples with support for all annotated introns;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C%2C transcript variant X3;transcript_id=XM_005271235.1 +NC_000001 GenBank mRNA 2276 96472 . - 1 ID=ANKRD13C.t04;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:530363391,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 45 ESTs%2C and 100%25 coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments%2C including 3 samples with support for all annotated introns;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C%2C transcript variant X1;transcript_id=XM_005271233.1 +NC_000001 GenBank mRNA 2276 96472 . - 1 ID=ANKRD13C.t05;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:530363393,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 45 ESTs%2C and 99%25 coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments%2C including 9 samples with support for all annotated introns;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C%2C transcript variant X2;transcript_id=XM_005271234.1 +NC_000001 GenBank mature_transcript 34163 96472 . - 1 ID=ANKRD13C.r01;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:530363397,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 10 ESTs%2C and 100%25 coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments%2C including 7 samples with support for all annotated introns;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C%2C transcript variant X5;transcript_id=XR_246298.1 +NC_000001 GenBank CDS 4401 4531 . - 1 ID=ANKRD13C.p01;Parent=ANKRD13C.t01;Dbxref=GI:166795254,CCDS:CCDS648.2,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq.;codon_start=1;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain-containing protein 13C;protein_id=NP_110443.3;translation=length.541 +NC_000001 GenBank CDS 12540 12640 . - 1 ID=ANKRD13C.p01;Parent=ANKRD13C.t01;Dbxref=GI:166795254,CCDS:CCDS648.2,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: 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X2;protein_id=XP_005271291.1;translation=length.484 +NC_000001 GenBank CDS 77742 77783 . - 1 ID=ANKRD13C.p05;Parent=ANKRD13C.t05;Dbxref=GI:530363394,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon.;codon_start=1;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain-containing protein 13C isoform X2;protein_id=XP_005271291.1;translation=length.484 +NC_000001 GenBank CDS 95663 96092 . - 1 ID=ANKRD13C.p05;Parent=ANKRD13C.t05;Dbxref=GI:530363394,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon.;codon_start=1;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain-containing protein 13C isoform X2;protein_id=XP_005271291.1;translation=length.484 +NC_000001 GenBank exon 34163 34233 . - 1 Parent=ANKRD13C.t05,ANKRD13C.r01;Name=ANKRD13C;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5 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GenBank mature_transcript 96494 109707 . + 1 ID=HHLA3.r01;Parent=HHLA3;Dbxref=GI:225703082,GeneID:11147,HGNC:HGNC:4906,MIM:604372;Name=HHLA3;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq.;product=HERV-H LTR-associating 3%2C transcript variant 4;transcript_id=NR_027404.1 +NC_000001 GenBank mRNA 96494 109707 . + 1 ID=HHLA3.t03;Parent=HHLA3;Dbxref=GI:81295797,GeneID:11147,HGNC:HGNC:4906,MIM:604372;Name=HHLA3;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq.;product=HERV-H LTR-associating 3%2C transcript variant 3;transcript_id=NM_001036646.1 +NC_000001 GenBank CDS 96636 96892 . + 1 ID=HHLA3.p01;Parent=HHLA3.t01;Dbxref=GI:81295796,CCDS:CCDS30753.1,GeneID:11147,HGNC:HGNC:4906,MIM:604372;Name=HHLA3;Note=isoform 2 is encoded by transcript variant 2%3B Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq.;codon_start=1;product=HERV-H LTR-associating protein 3 isoform 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[WARNING] On Feb 3,2014 this sequence was replaced by NC_000001.11. On Jun 10,2009 this sequence version replaced NC_000001.9. Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly The DNA sequence is composed of genomic sequence,primarily finished clones that were sequenced as part of the Human Genome Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions are manually curated by GRC staff. For more information see: http://genomereference.org. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 5.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq,Gnomon Features Annotated :: Gene,mRNA,CDS,ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## ;chromosome=1;comment1=REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CM000663.1. [WARNING] On Feb 3%2C 2014 this sequence was replaced by NC_000001.11. On Jun 10%2C 2009 this sequence version replaced NC_000001.9. Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly The DNA sequence is composed of genomic sequence%2C primarily finished clones that were sequenced as part of the Human Genome Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions are manually curated by GRC staff. For more information see: http://genomereference.org. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 5.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq%3B Gnomon Features Annotated :: Gene%3B mRNA%3B CDS%3B ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## ;date=13-AUG-2013;mol_type=genomic DNA;organism=Homo sapiens +NC_000001 GenBank pseudogene 1418 2229 . - 1 ID=PFN1P1;Dbxref=GeneID:730138,HGNC:HGNC:42989;Name=PFN1P1;Note=profilin 1 pseudogene 1%3B Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Curated Genomic.;pseudo=_no_value +NC_000001 GenBank chromosome 1 128001 . + 1 ID=NC_000001.chromosome;Alias=1,NC_000001;Dbxref=BioProject:PRJNA168,taxon:9606;Name=NC_000001;Note=Homo sapiens chromosome 1%2C GRCh37.p13 Primary Assembly.,REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CM000663.1. [WARNING] On Feb 3,2014 this sequence was replaced by NC_000001.11. On Jun 10,2009 this sequence version replaced NC_000001.9. Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly The DNA sequence is composed of genomic sequence,primarily finished clones that were sequenced as part of the Human Genome Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions are manually curated by GRC staff. For more information see: http://genomereference.org. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 5.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq,Gnomon Features Annotated :: Gene,mRNA,CDS,ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## ;chromosome=1;comment1=REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CM000663.1. [WARNING] On Feb 3%2C 2014 this sequence was replaced by NC_000001.11. On Jun 10%2C 2009 this sequence version replaced NC_000001.9. Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly The DNA sequence is composed of genomic sequence%2C primarily finished clones that were sequenced as part of the Human Genome Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions are manually curated by GRC staff. For more information see: http://genomereference.org. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 5.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq%3B Gnomon Features Annotated :: Gene%3B mRNA%3B CDS%3B ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## ;date=13-AUG-2013;mol_type=genomic DNA;organism=Homo sapiens +NC_000001 GenBank gene 686 96472 . - 1 ID=ANKRD13C;Dbxref=GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=ankyrin repeat domain 13C%3B Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq%2CGnomon.;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5 +NC_000001 GenBank mRNA 686 96418 . - 1 ID=ANKRD13C.t01;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:166795253,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq.;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C;transcript_id=NM_030816.4 +NC_000001 GenBank mRNA 2272 55448 . - 1 ID=ANKRD13C.t02;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:530363398,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 1 mRNA%2C 38 ESTs%2C 1 Protein%2C and 98%25 coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments%2C including 2 samples with support for all annotated introns;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C%2C transcript variant X4;transcript_id=XM_005271236.1 +NC_000001 GenBank mRNA 2276 96472 . - 1 ID=ANKRD13C.t03;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:530363395,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 45 ESTs%2C and 99%25 coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments%2C including 3 samples with support for all annotated introns;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C%2C transcript variant X3;transcript_id=XM_005271235.1 +NC_000001 GenBank mRNA 2276 96472 . - 1 ID=ANKRD13C.t04;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:530363391,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 45 ESTs%2C and 100%25 coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments%2C including 3 samples with support for all annotated introns;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C%2C transcript variant X1;transcript_id=XM_005271233.1 +NC_000001 GenBank mRNA 2276 96472 . - 1 ID=ANKRD13C.t05;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:530363393,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 45 ESTs%2C and 99%25 coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments%2C including 9 samples with support for all annotated introns;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C%2C transcript variant X2;transcript_id=XM_005271234.1 +NC_000001 GenBank mature_transcript 34163 96472 . - 1 ID=ANKRD13C.r01;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:530363397,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 10 ESTs%2C and 100%25 coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments%2C including 7 samples with support for all annotated introns;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C%2C transcript variant X5;transcript_id=XR_246298.1 +NC_000001 GenBank CDS 4401 4531 . - 1 ID=ANKRD13C.p01;Parent=ANKRD13C.t01;Dbxref=GI:166795254,CCDS:CCDS648.2,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq.;codon_start=1;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain-containing protein 13C;protein_id=NP_110443.3;translation=length.541 +NC_000001 GenBank CDS 12540 12640 . - 1 ID=ANKRD13C.p01;Parent=ANKRD13C.t01;Dbxref=GI:166795254,CCDS:CCDS648.2,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: 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computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq.;codon_start=1;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain-containing protein 13C;protein_id=NP_110443.3;translation=length.541 +NC_000001 GenBank CDS 47908 47974 . - 1 ID=ANKRD13C.p01;Parent=ANKRD13C.t01;Dbxref=GI:166795254,CCDS:CCDS648.2,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq.;codon_start=1;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain-containing protein 13C;protein_id=NP_110443.3;translation=length.541 +NC_000001 GenBank CDS 55429 55474 . - 1 ID=ANKRD13C.p01;Parent=ANKRD13C.t01;Dbxref=GI:166795254,CCDS:CCDS648.2,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq.;codon_start=1;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain-containing protein 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[WARNING] On Feb 3,2014 this sequence was replaced by NC_000001.11. On Jun 10,2009 this sequence version replaced NC_000001.9. Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly The DNA sequence is composed of genomic sequence,primarily finished clones that were sequenced as part of the Human Genome Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions are manually curated by GRC staff. For more information see: http://genomereference.org. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 5.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq,Gnomon Features Annotated :: Gene,mRNA,CDS,ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## ;chromosome=1;comment1=REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CM000663.1. [WARNING] On Feb 3%2C 2014 this sequence was replaced by NC_000001.11. On Jun 10%2C 2009 this sequence version replaced NC_000001.9. Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly The DNA sequence is composed of genomic sequence%2C primarily finished clones that were sequenced as part of the Human Genome Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions are manually curated by GRC staff. For more information see: http://genomereference.org. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 5.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq%3B Gnomon Features Annotated :: Gene%3B mRNA%3B CDS%3B ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## ;date=13-AUG-2013;mol_type=genomic DNA;organism=Homo sapiens +NC_000001 GenBank pseudogene 1418 2229 . - 1 ID=PFN1P1;Dbxref=GeneID:730138,HGNC:HGNC:42989;Name=PFN1P1;Note=profilin 1 pseudogene 1%3B Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Curated Genomic.;pseudo=_no_value +##FASTA +>NC_000001 +CTGAAAAAAAAAAAAAAAAGTATAGCAATGGGATACATTCTATTAAGAAATGGATCACTT +TTTAAATTAATAATTTTATATTAATGTATGATATCTCTATTGTTGTTTAACAAAAATAAT +GATTCCATTTTTATAGATTAACACCTAAGCTTTAAAGAGATTGATTGAAGCATTATTATT +GCAAAACACTGCAGGGAAACCCACAGGTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTT +GAGACAGAGTCTCACTCTGTCGCCTAGGCTGGAGTGCAGTGGTGGGATCATGGCTCATTG +CAGCCTCGACATCCTGAGCTCAAGTGATCCTCCCACTTTAGCATCCCAAGTAGTTGGGAC +TACAGGTGTGTGCCACCATACCTGGCTGATTTTGTTTTTTAAAGTTTTAGTAGGGACAAG +GTCTCTCTCTGTTGCCCAAGCTGGTCTTGAACTCCTGAGCTCAAGCAATTCTTCCGCCTT +TGCTTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGATGTGACCCACTGAACCTAGCAACCCACAGTTTT +CAACAACAGGGTATTGGTTGAAGAAACTGTAGCATACCCATATCCTATGAAATAAATAGA +CGTAAAATTTCAGAATAATATTGTTATTTACAATATTTTGTTAAATGAAATAAGTAAATT +ATAAAACTAGATATGCAATGCCACCCTACACTTTTAAATATATATTATCTATATAAAAGC +TAGATATAAATATAGCAAAATGTTCATAGTGATTATATTTAGATAATGAGAATATATGAT +ATTTTGGCTTCCATCTTTGTATTTTTTGTAATATAATTTTTAGGAGTCAGGTTTATTGAA +GGGTTATTTACATGTAGTAAAATTCACCCGTTTTAGGTGTATGTGTTTTGACTAATATGT +ACAATAATGTATCCACTACCGTAATCAAAATACAGAATATTTCCTTTGTCCCTAAAAGTT +CCTTTGTGCCTTTTTGTAGCCAATTCCTTCTCCCTAGTCACCGGCCCTTGGCAACCACTG +ATCTTATTTTAGTCTTGACAGTTTTGCCTTTTCTGGAATGTCATATAAATAAAAACATAT +AGACTGTAGCCTTTTGTTTTTGGCTTATATCAGTTGGCATGAGTGCTTTTGAGAGTCAGC +CATGTTGTTGTATTTACAAGTAGTTCGTTTCTTTGTATTAATGAGCCGTATTTCACAGCA +TGGATGTACCATAATATGTTATCCTTATCCTTTCATGGGTTAGTGGACATTGGGTTGTCT +TCAATTTTGGACTACTTACATCAGCTTGCTAGTGCTGCCATAACTAAGTACCACAAACTG +GGTAGCTTAAACAACAGAAATATACTGTCCAACAGTTCCAAAGGCTACAAATCCAAAATC +AAGGTTCCAGCAAGGTTTGTTCCCTTTTTTTTTTTTTTTTGTAGAATCTTTTTTATTCAG +AAAAAATAAAACAATCCTCCCAAAAAAGTTTTACAACCACACAGAGGAGGGGTATGGGTA +GGGGAAGGTGTCTGGCCATCAGCCCTGTACCCCAGCCCATGTGGTTTTGGCAGCAATAAG +GGGTGTGGGGTAATGGCCCCCAAAATAAAATGGTGTATGGGGAGGGAAGGGATACAAAGC +TGTGGGGAGCGGTGAAGGGCAAGGGACAGACGAGGTCAGTACTGGGAACGCCGAAGGTGG +GAGGCCATTTCATAACATTTCTTGTTGATCAAACCACCGTGGACACCTTCTTTGCCCATC +AGCAGGACTAGCGTCTTGTCAGTCTTGGTGACAGTGACATTGAAGGTGGGGGCTCCACCG +GTACTCTTGGTATACGAAGATCCATGCAAAATTCCCCATCCTGCAGCAGTGAGTCCCGGA +TCACCGAACATTTCTGGCCCCCAAGTGTCAGCCCATTCACAAAAAAACTTGACCTGTCTT +TGCCAGCCAGGACACCAACCTCAGCTGGCGCGATGTTGGCGAAGGTTTTCCCGGGGACGG +CGGCCCAGATGGAGGGCGAGTCCTTGTAGCCCACGATGGCCACGTCCTGACAGGTCCCGT +CCGCCATAAGGTTGTCGATGTCGGTGTCCACCCGGCCATGGTCATGATGTTGTCAATGTA +GGCGTCCACCCGGCCATGGCGCTGCTGCTGGGGCAGCGGGCTGGGCTCGGGCTGCCTGGG +CTGGCGGGCGGTGGGAAGCGGAGAGCTCGGGGCACGCGCTGCCGTCTGGACCGTGGCTCT +GCTCGCTGTGCAGCAGCCTTGTACCACTACCTGTTTGTTCCTTCTGAGGGTCATGAGGGA +AGGATCTCTTCCCGTTCTGTCTCTTTGGCTATCTTTATGTTTACATAGCATGCTCCCTGT +ATCTGCGCCTGTGTTCACATTTCTCCTTTTAAAAAGACTCCAGTTGCCGAGCTCAGTGGC +TCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGATGGGCGGATTATGAGGTCAGGAGA +TCGAGCCCATCCTGGCTAACGCGGTGAAATCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAG +CCGAGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGGGAATG +GCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATGGCACCACTGCACTCCAGGCT +GGGGGACAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACTCCGGTCATA +CTGGATTAAAGTCCCACTCTACTCCAATATGGTTTCATGTTAATTAATTATATCCGTAAC +CACCCTATTTCCAAATAAGGTCACATTCTGAGGTACTGGGGTTAGGACTTCAACATATTA +ATTGGGGGACAGGGGGCAATTCAACCCATAACAAATAGTAAAGCTGCTGTAAGCGTTTGT +GTATAAGTCTTTGTATAGTCATATATTTTCATTTCTCTTGGGTAAATACATAGGAATAGA +ATTGCTGGATCATATGGTAATTGTATGTTTAACTTTATAAGAAACTGCCAAACTGTTTTC +C diff --git a/README.htseq_command.txt b/README.htseq_command.txt new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..a190bdd74579628e358b5b3086ab62dd8724e7af --- /dev/null +++ b/README.htseq_command.txt @@ -0,0 +1 @@ +htseq-count -r pos -f bam tiny_v2.sort.bam tiny_v2.gff -s no -t exon -i gene_id --nonunique all diff --git a/TINY_DATASET.tgz b/TINY_DATASET.tgz new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..1e199787d8faa4eb2dd0f9802e4d960d19aab581 Binary files /dev/null and b/TINY_DATASET.tgz differ diff --git a/annot/tiny.gbk b/annot/tiny.gbk new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..79d4bd98a245d3f0cf019313f905e55f627a4bbc --- /dev/null +++ b/annot/tiny.gbk @@ -0,0 +1,2832 @@ +LOCUS NC_000001 128001 bp DNA linear CON 13-AUG-2013 +DEFINITION Homo sapiens chromosome 1, GRCh37.p13 Primary Assembly. +ACCESSION NC_000001 REGION: 70724000..70852000 +VERSION NC_000001.10 GI:224589800 +DBLINK BioProject: PRJNA168 + Assembly: GCF_000001405.25 +KEYWORDS RefSeq. +SOURCE Homo sapiens (human) + ORGANISM Homo sapiens + Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; + Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; + Catarrhini; Hominidae; Homo. +REFERENCE 1 (bases 1 to 128001) + AUTHORS Gregory,S.G., Barlow,K.F., McLay,K.E., Kaul,R., Swarbreck,D., + Dunham,A., Scott,C.E., Howe,K.L., Woodfine,K., Spencer,C.C., + Jones,M.C., Gillson,C., Searle,S., Zhou,Y., Kokocinski,F., + McDonald,L., Evans,R., Phillips,K., Atkinson,A., Cooper,R., + Jones,C., Hall,R.E., Andrews,T.D., Lloyd,C., Ainscough,R., + Almeida,J.P., Ambrose,K.D., Anderson,F., Andrew,R.W., Ashwell,R.I., + Aubin,K., Babbage,A.K., Bagguley,C.L., Bailey,J., Beasley,H., + Bethel,G., Bird,C.P., Bray-Allen,S., Brown,J.Y., Brown,A.J., + Buckley,D., Burton,J., Bye,J., Carder,C., Chapman,J.C., Clark,S.Y., + Clarke,G., Clee,C., Cobley,V., Collier,R.E., Corby,N., + Coville,G.J., Davies,J., Deadman,R., Dunn,M., Earthrowl,M., + Ellington,A.G., Errington,H., Frankish,A., Frankland,J., French,L., + Garner,P., Garnett,J., Gay,L., Ghori,M.R., Gibson,R., Gilby,L.M., + Gillett,W., Glithero,R.J., Grafham,D.V., Griffiths,C., + Griffiths-Jones,S., Grocock,R., Hammond,S., Harrison,E.S., Hart,E., + Haugen,E., Heath,P.D., Holmes,S., Holt,K., Howden,P.J., Hunt,A.R., + Hunt,S.E., Hunter,G., Isherwood,J., James,R., Johnson,C., + Johnson,D., Joy,A., Kay,M., Kershaw,J.K., Kibukawa,M., + Kimberley,A.M., King,A., Knights,A.J., Lad,H., Laird,G., Lawlor,S., + Leongamornlert,D.A., Lloyd,D.M., Loveland,J., Lovell,J., Lush,M.J., + Lyne,R., Martin,S., Mashreghi-Mohammadi,M., Matthews,L., + Matthews,N.S., McLaren,S., Milne,S., Mistry,S., Moore,M.J., + Nickerson,T., O'Dell,C.N., Oliver,K., Palmeiri,A., Palmer,S.A., + Parker,A., Patel,D., Pearce,A.V., Peck,A.I., Pelan,S., Phelps,K., + Phillimore,B.J., Plumb,R., Rajan,J., Raymond,C., Rouse,G., + Saenphimmachak,C., Sehra,H.K., Sheridan,E., Shownkeen,R., Sims,S., + Skuce,C.D., Smith,M., Steward,C., Subramanian,S., Sycamore,N., + Tracey,A., Tromans,A., Van Helmond,Z., Wall,M., Wallis,J.M., + White,S., Whitehead,S.L., Wilkinson,J.E., Willey,D.L., Williams,H., + Wilming,L., Wray,P.W., Wu,Z., Coulson,A., Vaudin,M., Sulston,J.E., + Durbin,R., Hubbard,T., Wooster,R., Dunham,I., Carter,N.P., + McVean,G., Ross,M.T., Harrow,J., Olson,M.V., Beck,S., Rogers,J., + Bentley,D.R., Banerjee,R., Bryant,S.P., Burford,D.C., Burrill,W.D., + Clegg,S.M., Dhami,P., Dovey,O., Faulkner,L.M., Gribble,S.M., + Langford,C.F., Pandian,R.D., Porter,K.M. and Prigmore,E. + TITLE The DNA sequence and biological annotation of human chromosome 1 + JOURNAL Nature 441 (7091), 315-321 (2006) + PUBMED 16710414 + REMARK Erratum:[Nature. 2006 Oct 26;443(7114):1013. Banerjee, R [added]; + Bryant, SP [added]; Burford, DC [added]; Burrill, WDH [added]; + Clegg, SM [added]; Dhami, P [added]; Dovey, O [added]; Faulkner, LM + [added]; Gribble, SM [added]; Langford, CF [added]; Pandian, RD + [added]; Porter, KM [added]; Prigmore, E [added]] +REFERENCE 2 (bases 1 to 128001) + CONSRTM International Human Genome Sequencing Consortium + TITLE Finishing the euchromatic sequence of the human genome + JOURNAL Nature 431 (7011), 931-945 (2004) + PUBMED 15496913 +REFERENCE 3 (bases 1 to 128001) + AUTHORS Lander,E.S., Linton,L.M., Birren,B., Nusbaum,C., Zody,M.C., + Baldwin,J., Devon,K., Dewar,K., Doyle,M., FitzHugh,W., Funke,R., + Gage,D., Harris,K., Heaford,A., Howland,J., Kann,L., Lehoczky,J., + LeVine,R., McEwan,P., McKernan,K., Meldrim,J., Mesirov,J.P., + Miranda,C., Morris,W., Naylor,J., Raymond,C., Rosetti,M., + Santos,R., Sheridan,A., Sougnez,C., Stange-Thomann,N., + Stojanovic,N., Subramanian,A., Wyman,D., Rogers,J., Sulston,J., + Ainscough,R., Beck,S., Bentley,D., Burton,J., Clee,C., Carter,N., + Coulson,A., Deadman,R., Deloukas,P., Dunham,A., Dunham,I., + Durbin,R., French,L., Grafham,D., Gregory,S., Hubbard,T., + Humphray,S., Hunt,A., Jones,M., Lloyd,C., McMurray,A., Matthews,L., + Mercer,S., Milne,S., Mullikin,J.C., Mungall,A., Plumb,R., Ross,M., + Shownkeen,R., Sims,S., Waterston,R.H., Wilson,R.K., Hillier,L.W., + McPherson,J.D., Marra,M.A., Mardis,E.R., Fulton,L.A., + Chinwalla,A.T., Pepin,K.H., Gish,W.R., Chissoe,S.L., Wendl,M.C., + Delehaunty,K.D., Miner,T.L., Delehaunty,A., Kramer,J.B., Cook,L.L., + Fulton,R.S., Johnson,D.L., Minx,P.J., Clifton,S.W., Hawkins,T., + Branscomb,E., Predki,P., Richardson,P., Wenning,S., Slezak,T., + Doggett,N., Cheng,J.F., Olsen,A., Lucas,S., Elkin,C., + Uberbacher,E., Frazier,M., Gibbs,R.A., Muzny,D.M., Scherer,S.E., + Bouck,J.B., Sodergren,E.J., Worley,K.C., Rives,C.M., Gorrell,J.H., + Metzker,M.L., Naylor,S.L., Kucherlapati,R.S., Nelson,D.L., + Weinstock,G.M., Sakaki,Y., Fujiyama,A., Hattori,M., Yada,T., + Toyoda,A., Itoh,T., Kawagoe,C., Watanabe,H., Totoki,Y., Taylor,T., + Weissenbach,J., Heilig,R., Saurin,W., Artiguenave,F., Brottier,P., + Bruls,T., Pelletier,E., Robert,C., Wincker,P., Smith,D.R., + Doucette-Stamm,L., Rubenfield,M., Weinstock,K., Lee,H.M., + Dubois,J., Rosenthal,A., Platzer,M., Nyakatura,G., Taudien,S., + Rump,A., Yang,H., Yu,J., Wang,J., Huang,G., Gu,J., Hood,L., + Rowen,L., Madan,A., Qin,S., Davis,R.W., Federspiel,N.A., + Abola,A.P., Proctor,M.J., Myers,R.M., Schmutz,J., Dickson,M., + Grimwood,J., Cox,D.R., Olson,M.V., Kaul,R., Raymond,C., Shimizu,N., + Kawasaki,K., Minoshima,S., Evans,G.A., Athanasiou,M., Schultz,R., + Roe,B.A., Chen,F., Pan,H., Ramser,J., Lehrach,H., Reinhardt,R., + McCombie,W.R., de la Bastide,M., Dedhia,N., Blocker,H., + Hornischer,K., Nordsiek,G., Agarwala,R., Aravind,L., Bailey,J.A., + Bateman,A., Batzoglou,S., Birney,E., Bork,P., Brown,D.G., + Burge,C.B., Cerutti,L., Chen,H.C., Church,D., Clamp,M., + Copley,R.R., Doerks,T., Eddy,S.R., Eichler,E.E., Furey,T.S., + Galagan,J., Gilbert,J.G., Harmon,C., Hayashizaki,Y., Haussler,D., + Hermjakob,H., Hokamp,K., Jang,W., Johnson,L.S., Jones,T.A., + Kasif,S., Kaspryzk,A., Kennedy,S., Kent,W.J., Kitts,P., + Koonin,E.V., Korf,I., Kulp,D., Lancet,D., Lowe,T.M., McLysaght,A., + Mikkelsen,T., Moran,J.V., Mulder,N., Pollara,V.J., Ponting,C.P., + Schuler,G., Schultz,J., Slater,G., Smit,A.F., Stupka,E., + Szustakowski,J., Thierry-Mieg,D., Thierry-Mieg,J., Wagner,L., + Wallis,J., Wheeler,R., Williams,A., Wolf,Y.I., Wolfe,K.H., + Yang,S.P., Yeh,R.F., Collins,F., Guyer,M.S., Peterson,J., + Felsenfeld,A., Wetterstrand,K.A., Patrinos,A., Morgan,M.J., de + Jong,P., Catanese,J.J., Osoegawa,K., Shizuya,H., Choi,S. and + Chen,Y.J. + CONSRTM International Human Genome Sequencing Consortium + TITLE Initial sequencing and analysis of the human genome + JOURNAL Nature 409 (6822), 860-921 (2001) + PUBMED 11237011 + REMARK Erratum:[Nature 2001 Aug 2;412(6846):565] +REFERENCE 4 (sites) + AUTHORS Lowe,T.M. and Eddy,S.R. + TITLE tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes + in genomic sequence + JOURNAL Nucleic Acids Res. 25 (5), 955-964 (1997) + PUBMED 9023104 + REMARK This is the methods paper for tRNAscan-SE. +COMMENT REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to + CM000663.1. + [WARNING] On Feb 3, 2014 this sequence was replaced by + NC_000001.11. + On Jun 10, 2009 this sequence version replaced NC_000001.9. + Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly + The DNA sequence is composed of genomic sequence, primarily + finished clones that were sequenced as part of the Human Genome + Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added + where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions + are manually curated by GRC staff. For more information see: + http://genomereference.org. + + ##Genome-Annotation-Data-START## + Annotation Provider :: NCBI + Annotation Status :: Full annotation + Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 + Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation + pipeline + Annotation Software Version :: 5.1 + Annotation Method :: Best-placed RefSeq; Gnomon + Features Annotated :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA + ##Genome-Annotation-Data-END## +FEATURES Location/Qualifiers + source 1..128001 + /organism="Homo sapiens" + /mol_type="genomic DNA" + /db_xref="taxon:9606" + /chromosome="1" + gene complement(686..96472) + /gene="ANKRD13C" + /gene_synonym="dJ677H15.3; RP4-677H15.5" + /note="ankyrin repeat domain 13C; Derived by automated + computational analysis using gene prediction method: + BestRefSeq,Gnomon." + /db_xref="GeneID:81573" + /db_xref="HGNC:HGNC:25374" + /db_xref="MIM:615125" + mRNA complement(join(686..4531,12540..12640,16404..16502, + 18449..18528,34072..34233,37814..37945,42448..42592, + 47908..47974,55429..55474,57165..57250,66537..66641, + 77742..77783,95663..96418)) + /gene="ANKRD13C" + /gene_synonym="dJ677H15.3; RP4-677H15.5" + /product="ankyrin repeat domain 13C" + /note="Derived by automated computational analysis using + gene prediction method: BestRefSeq." + /transcript_id="NM_030816.4" + /db_xref="GI:166795253" + /db_xref="GeneID:81573" + /db_xref="HGNC:HGNC:25374" + /db_xref="MIM:615125" + mRNA complement(join(2272..4531,12540..12640,16404..16502, + 18449..18528,34072..34233,37814..37945,42448..42592, + 55429..55448)) + /gene="ANKRD13C" + /gene_synonym="dJ677H15.3; RP4-677H15.5" + /product="ankyrin repeat domain 13C, transcript variant + X4" + /note="Derived by automated computational analysis using + gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence + includes similarity to: 1 mRNA, 38 ESTs, 1 Protein, and + 98% coverage of the annotated genomic feature by RNAseq + alignments, including 2 samples with support for all + annotated introns" + /transcript_id="XM_005271236.1" + /db_xref="GI:530363398" + /db_xref="GeneID:81573" + /db_xref="HGNC:HGNC:25374" + /db_xref="MIM:615125" + mRNA complement(join(2276..4531,18449..18528,34072..34233, + 37814..37945,42448..42592,47908..47974,55429..55474, + 57165..57250,66537..66641,77742..77783,95663..96472)) + /gene="ANKRD13C" + /gene_synonym="dJ677H15.3; RP4-677H15.5" + /product="ankyrin repeat domain 13C, transcript variant + X3" + /note="Derived by automated computational analysis using + gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence + includes similarity to: 45 ESTs, and 99% coverage of the + annotated genomic feature by RNAseq alignments, including + 3 samples with support for all annotated introns" + /transcript_id="XM_005271235.1" + /db_xref="GI:530363395" + /db_xref="GeneID:81573" + /db_xref="HGNC:HGNC:25374" + /db_xref="MIM:615125" + mRNA complement(join(2276..4531,12540..12640,18449..18528, + 34072..34233,37814..37945,42448..42592,47908..47974, + 55429..55474,57165..57250,66537..66641,77742..77783, + 95663..96472)) + /gene="ANKRD13C" + /gene_synonym="dJ677H15.3; RP4-677H15.5" + /product="ankyrin repeat domain 13C, transcript variant + X1" + /note="Derived by automated computational analysis using + gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence + includes similarity to: 45 ESTs, and 100% coverage of the + annotated genomic feature by RNAseq alignments, including + 3 samples with support for all annotated introns" + /transcript_id="XM_005271233.1" + /db_xref="GI:530363391" + /db_xref="GeneID:81573" + /db_xref="HGNC:HGNC:25374" + /db_xref="MIM:615125" + mRNA complement(join(2276..4531,16404..16502,18449..18528, + 34072..34233,37814..37945,42448..42592,47908..47974, + 55429..55474,57165..57250,66537..66641,77742..77783, + 95663..96472)) + /gene="ANKRD13C" + /gene_synonym="dJ677H15.3; RP4-677H15.5" + /product="ankyrin repeat domain 13C, transcript variant + X2" + /note="Derived by automated computational analysis using + gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence + includes similarity to: 45 ESTs, and 99% coverage of the + annotated genomic feature by RNAseq alignments, including + 9 samples with support for all annotated introns" + /transcript_id="XM_005271234.1" + /db_xref="GI:530363393" + /db_xref="GeneID:81573" + /db_xref="HGNC:HGNC:25374" + /db_xref="MIM:615125" + CDS complement(join(4401..4531,12540..12640,18449..18528, + 34072..34233,37814..37945,42448..42592,47908..47974, + 55429..55474,57165..57250,66537..66641,77742..77783, + 95663..96092)) + /gene="ANKRD13C" + /gene_synonym="dJ677H15.3; RP4-677H15.5" + /note="Derived by automated computational analysis using + gene prediction method: Gnomon." + /codon_start=1 + /product="ankyrin repeat domain-containing protein 13C + isoform X1" + /protein_id="XP_005271290.1" + /db_xref="GI:530363392" + /db_xref="GeneID:81573" + /db_xref="HGNC:HGNC:25374" + /db_xref="MIM:615125" + /translation="MTGEKIRSLRRDHKPSKEEGDLLEPGDEEAAAALGGTFTRSRIG + KGGKACHKIFSNHHHRLQLKAAPASSNPPGAPALPLHNSSVTANSQSPALLAGTNPVA + VVADGGSCPAHYPVHECVFKGDVRRLSSLIRTHNIGQKDNHGNTPLHLAVMLGNKECA + HLLLAHNAPVKVKNAQGWSPLAEAISYGDRQMITALLRKLKQQSRESVEEKRPRLLKA + LKELGDFYLELHWDFQSWVPLLSRILPSDACKIYKQGINIRLDTTLIDFTDMKCQRGD + LSFIFNGDAAPSESFVVLDNEQKVYQRIHHEESEMETEEEVDILMSSDIYSATLSTKS + ISFTRAQTGWLFREDKTERVGNFLADFYLVNGLVLESRKRREHLSEEDILRNKAIMES + LSKGGNIMEQNFEPIRRQSLTPPPQNTITWEEYISAENGKLLNVLEVVAPFKHFNKLR + EFVQMKLPPGFPVKLDIPVFPTITATVTFQEFRYDEFDGSIFTIPDDYKEDPSRFPDL + " + CDS complement(join(4401..4531,12540..12640,16404..16502, + 18449..18528,34072..34233,37814..37945,42448..42592, + 47908..47974,55429..55474,57165..57250,66537..66641, + 77742..77783,95663..96092)) + /gene="ANKRD13C" + /gene_synonym="dJ677H15.3; RP4-677H15.5" + /note="Derived by automated computational analysis using + gene prediction method: BestRefSeq." + /codon_start=1 + /product="ankyrin repeat domain-containing protein 13C" + /protein_id="NP_110443.3" + /db_xref="GI:166795254" + /db_xref="CCDS:CCDS648.2" + /db_xref="GeneID:81573" + /db_xref="HGNC:HGNC:25374" + /db_xref="MIM:615125" + /translation="MTGEKIRSLRRDHKPSKEEGDLLEPGDEEAAAALGGTFTRSRIG + KGGKACHKIFSNHHHRLQLKAAPASSNPPGAPALPLHNSSVTANSQSPALLAGTNPVA + VVADGGSCPAHYPVHECVFKGDVRRLSSLIRTHNIGQKDNHGNTPLHLAVMLGNKECA + HLLLAHNAPVKVKNAQGWSPLAEAISYGDRQMITALLRKLKQQSRESVEEKRPRLLKA + LKELGDFYLELHWDFQSWVPLLSRILPSDACKIYKQGINIRLDTTLIDFTDMKCQRGD + LSFIFNGDAAPSESFVVLDNEQKVYQRIHHEESEMETEEEVDILMSSDIYSATLSTKS + ISFTRAQTGWLFREDKTERVGNFLADFYLVNGLVLESRKRREHLSEEDILRNKAIMES + LSKGGNIMEQNFEPIRRQSLTPPPQNTITWEEYISAENGKAPHLGRELVCKESKKTFK + ATIAMSQEFPLGIELLLNVLEVVAPFKHFNKLREFVQMKLPPGFPVKLDIPVFPTITA + TVTFQEFRYDEFDGSIFTIPDDYKEDPSRFPDL" + CDS complement(join(4401..4531,12540..12640,16404..16502, + 18449..18528,34072..34233,37814..37945,42448..42561)) + /gene="ANKRD13C" + /gene_synonym="dJ677H15.3; RP4-677H15.5" + /note="Derived by automated computational analysis using + gene prediction method: Gnomon." + /codon_start=1 + /product="ankyrin repeat domain-containing protein 13C + isoform X4" + /protein_id="XP_005271293.1" + /db_xref="GI:530363399" + /db_xref="GeneID:81573" + /db_xref="HGNC:HGNC:25374" + /db_xref="MIM:615125" + /translation="MKCQRGDLSFIFNGDAAPSESFVVLDNEQKVYQRIHHEESEMET + EEEVDILMSSDIYSATLSTKSISFTRAQTGWLFREDKTERVGNFLADFYLVNGLVLES + RKRREHLSEEDILRNKAIMESLSKGGNIMEQNFEPIRRQSLTPPPQNTITWEEYISAE + NGKAPHLGRELVCKESKKTFKATIAMSQEFPLGIELLLNVLEVVAPFKHFNKLREFVQ + MKLPPGFPVKLDIPVFPTITATVTFQEFRYDEFDGSIFTIPDDYKEDPSRFPDL" + CDS complement(join(4471..4531,18449..18528,34072..34233, + 37814..37945,42448..42592,47908..47974,55429..55474, + 57165..57250,66537..66641,77742..77783,95663..96092)) + /gene="ANKRD13C" + /gene_synonym="dJ677H15.3; RP4-677H15.5" + /note="Derived by automated computational analysis using + gene prediction method: Gnomon." + /codon_start=1 + /product="ankyrin repeat domain-containing protein 13C + isoform X3" + /protein_id="XP_005271292.1" + /db_xref="GI:530363396" + /db_xref="GeneID:81573" + /db_xref="HGNC:HGNC:25374" + /db_xref="MIM:615125" + /translation="MTGEKIRSLRRDHKPSKEEGDLLEPGDEEAAAALGGTFTRSRIG + KGGKACHKIFSNHHHRLQLKAAPASSNPPGAPALPLHNSSVTANSQSPALLAGTNPVA + VVADGGSCPAHYPVHECVFKGDVRRLSSLIRTHNIGQKDNHGNTPLHLAVMLGNKECA + HLLLAHNAPVKVKNAQGWSPLAEAISYGDRQMITALLRKLKQQSRESVEEKRPRLLKA + LKELGDFYLELHWDFQSWVPLLSRILPSDACKIYKQGINIRLDTTLIDFTDMKCQRGD + LSFIFNGDAAPSESFVVLDNEQKVYQRIHHEESEMETEEEVDILMSSDIYSATLSTKS + ISFTRAQTGWLFREDKTERVGNFLADFYLVNGLVLESRKRREHLSEEDILRNKAIMES + LSKGGNIMEQNFEPIRRQSLTPPPQNTITWEEYISAENGKYTCVSHNHSHCDFSGVSI + R" + CDS complement(join(4471..4531,16404..16502,18449..18528, + 34072..34233,37814..37945,42448..42592,47908..47974, + 55429..55474,57165..57250,66537..66641,77742..77783, + 95663..96092)) + /gene="ANKRD13C" + /gene_synonym="dJ677H15.3; 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RP4-677H15.5" + /product="ankyrin repeat domain 13C, transcript variant + X5" + /note="Derived by automated computational analysis using + gene prediction method: Gnomon. 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gcctacttga ccgtccaaag tttctcaggg gaggagggtg aggggggacc aattgttttt + 125461 tgagtttttt taatagaagt ttggccatag atttgcatag gttttgagtg gtcttcccca + 125521 atcccatttt gttattttta ttgcacagca gattgtgagg ctcgtcagtg gtatatacgt + 125581 catacatagg ttatagcatc aactcaaaca cccccaatta atcatcattc taaacttgta + 125641 attatcatcc caagcttagc attttcatca taataaataa atttttatgg ggtcaaggca + 125701 ctagacttat tgtttgtttt attacgaaca atattatgag ggtattttat cactcctgca + 125761 ataggttata attctattat tgttatacat ctccgtttgc ctacaaaagt gatacaaaat + 125821 ttatctaaaa aacggtttct gccagtaaga tgcttaaaat ctaccaatga agagaaaata + 125881 tgtacattaa aaagacaaat agtaaggttg ttagtgatag acaaacatga cagctaagca + 125941 aaatgtatgg tacctttatg atattgtagg agagacacta aacttataat cagacaagct + 126001 ggatttgaat ctagactcta tcacttgctt tgtgaccctg gaaaaacacg taaactttat + 126061 aggcactagt tttcttagct ttaaaacagg aataagtcta ggcatggtgg ctcatgcctg + 126121 taatcccagc attttgggag gctgaggtag gcagattgct tgaggccagg agttcaagac + 126181 cagtttgacc aacatggcga aaccccatct ctagaaaaaa tacaaaataa aattagccag + 126241 gtgtggtggt gcaggccttt ggtcccagct acttgagagg ctgagccatg ggaattgctt + 126301 gaacccggga gctggaggtt gcagtaaacc cagatcatgc cactgcactc caccctgggt + 126361 gacagagcga gactgtttca agataataac aataataata aaataaaaat aaataaaaca + 126421 ggaataataa tacaaagaat aattaaaaat taaaaacagg aataataata cttgttttac + 126481 agaattttgc aagaattaaa tgaaaaatat atgtcaaagt gcctgacact ttcaatgcag + 126541 gcactgaata aatgttaatt ttctttcttt ctctcaaaca gtgcacaaac atcattcagg + 126601 tgtctcagtg tatgtttcta agggctgtac ataaatacag ctgggtcatt attttgtagt + 126661 aattaagagt atgttataga tctgtgcctt caatgctcaa caatgaagtc actgcaaagt + 126721 caatcagggt ttttgatcac tgggaagtca aagttgtgtc ctcctgactc tgtcccattc + 126781 ttcttggttt ttgttctttg tttttcattg cggctttatt gagatataat ttacatacca + 126841 tataatttac tcatttaaac tatacattca atgttttttc atatattcaa ataattgaga + 126901 atcatcacca caatcaactt tagaacattt tttttttcca gatggagttt tgctcttgtt + 126961 gcccaggttg gagtgcagtg gtgtgatctt gactcactga 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127801 atggaaacaa ggcaaagatc ttataccagc cactggtcaa tggctaaagt gctgaaggtg + 127861 attgagcaga gcaaataggg agcatggtct ggtagctctg ttttcagcct aaggtcaatt + 127921 cttaaggact caacatgcaa ccagaaagga atctggtgaa cagctatcct gatgaccaat + 127981 aaaattgact cacatgtgat a +// +LOCUS NC_000001 3001 bp DNA linear CON 13-AUG-2013 +DEFINITION Homo sapiens chromosome 1, GRCh37.p13 Primary Assembly. +ACCESSION NC_000001 REGION: 171638000..171641000 +VERSION NC_000001.10 GI:224589800 +DBLINK BioProject: PRJNA168 + Assembly: GCF_000001405.25 +KEYWORDS RefSeq. +SOURCE Homo sapiens (human) + ORGANISM Homo sapiens + Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; + Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; + Catarrhini; Hominidae; Homo. +REFERENCE 1 (bases 1 to 3001) + AUTHORS Gregory,S.G., Barlow,K.F., McLay,K.E., Kaul,R., Swarbreck,D., + Dunham,A., Scott,C.E., Howe,K.L., Woodfine,K., Spencer,C.C., + Jones,M.C., Gillson,C., Searle,S., Zhou,Y., Kokocinski,F., + McDonald,L., Evans,R., Phillips,K., Atkinson,A., Cooper,R., + Jones,C., Hall,R.E., Andrews,T.D., Lloyd,C., Ainscough,R., + Almeida,J.P., Ambrose,K.D., Anderson,F., Andrew,R.W., Ashwell,R.I., + Aubin,K., Babbage,A.K., Bagguley,C.L., Bailey,J., Beasley,H., + Bethel,G., Bird,C.P., Bray-Allen,S., Brown,J.Y., Brown,A.J., + Buckley,D., Burton,J., Bye,J., Carder,C., Chapman,J.C., Clark,S.Y., + Clarke,G., Clee,C., Cobley,V., Collier,R.E., Corby,N., + Coville,G.J., Davies,J., Deadman,R., Dunn,M., Earthrowl,M., + Ellington,A.G., Errington,H., Frankish,A., Frankland,J., French,L., + Garner,P., Garnett,J., Gay,L., Ghori,M.R., Gibson,R., Gilby,L.M., + Gillett,W., Glithero,R.J., Grafham,D.V., Griffiths,C., + Griffiths-Jones,S., Grocock,R., Hammond,S., Harrison,E.S., Hart,E., + Haugen,E., Heath,P.D., Holmes,S., Holt,K., Howden,P.J., Hunt,A.R., + Hunt,S.E., Hunter,G., Isherwood,J., James,R., Johnson,C., + Johnson,D., Joy,A., Kay,M., Kershaw,J.K., Kibukawa,M., + Kimberley,A.M., King,A., Knights,A.J., Lad,H., Laird,G., Lawlor,S., + Leongamornlert,D.A., Lloyd,D.M., Loveland,J., Lovell,J., Lush,M.J., + Lyne,R., Martin,S., Mashreghi-Mohammadi,M., Matthews,L., + Matthews,N.S., McLaren,S., Milne,S., Mistry,S., Moore,M.J., + Nickerson,T., O'Dell,C.N., Oliver,K., Palmeiri,A., Palmer,S.A., + Parker,A., Patel,D., Pearce,A.V., Peck,A.I., Pelan,S., Phelps,K., + Phillimore,B.J., Plumb,R., Rajan,J., Raymond,C., Rouse,G., + Saenphimmachak,C., Sehra,H.K., Sheridan,E., Shownkeen,R., Sims,S., + Skuce,C.D., Smith,M., Steward,C., Subramanian,S., Sycamore,N., + Tracey,A., Tromans,A., Van Helmond,Z., Wall,M., Wallis,J.M., + White,S., Whitehead,S.L., Wilkinson,J.E., Willey,D.L., Williams,H., + Wilming,L., Wray,P.W., Wu,Z., Coulson,A., Vaudin,M., Sulston,J.E., + Durbin,R., Hubbard,T., Wooster,R., Dunham,I., Carter,N.P., + McVean,G., Ross,M.T., Harrow,J., Olson,M.V., Beck,S., Rogers,J., + Bentley,D.R., Banerjee,R., Bryant,S.P., Burford,D.C., Burrill,W.D., + Clegg,S.M., Dhami,P., Dovey,O., Faulkner,L.M., Gribble,S.M., + Langford,C.F., Pandian,R.D., Porter,K.M. and Prigmore,E. + TITLE The DNA sequence and biological annotation of human chromosome 1 + JOURNAL Nature 441 (7091), 315-321 (2006) + PUBMED 16710414 + REMARK Erratum:[Nature. 2006 Oct 26;443(7114):1013. Banerjee, R [added]; + Bryant, SP [added]; Burford, DC [added]; Burrill, WDH [added]; + Clegg, SM [added]; Dhami, P [added]; Dovey, O [added]; Faulkner, LM + [added]; Gribble, SM [added]; Langford, CF [added]; Pandian, RD + [added]; Porter, KM [added]; Prigmore, E [added]] +REFERENCE 2 (bases 1 to 3001) + CONSRTM International Human Genome Sequencing Consortium + TITLE Finishing the euchromatic sequence of the human genome + JOURNAL Nature 431 (7011), 931-945 (2004) + PUBMED 15496913 +REFERENCE 3 (bases 1 to 3001) + AUTHORS Lander,E.S., Linton,L.M., Birren,B., Nusbaum,C., Zody,M.C., + Baldwin,J., Devon,K., Dewar,K., Doyle,M., FitzHugh,W., Funke,R., + Gage,D., Harris,K., Heaford,A., Howland,J., Kann,L., Lehoczky,J., + LeVine,R., McEwan,P., McKernan,K., Meldrim,J., Mesirov,J.P., + Miranda,C., Morris,W., Naylor,J., Raymond,C., Rosetti,M., + Santos,R., Sheridan,A., Sougnez,C., Stange-Thomann,N., + Stojanovic,N., Subramanian,A., Wyman,D., Rogers,J., Sulston,J., + Ainscough,R., Beck,S., Bentley,D., Burton,J., Clee,C., Carter,N., + Coulson,A., Deadman,R., Deloukas,P., Dunham,A., Dunham,I., + Durbin,R., French,L., Grafham,D., Gregory,S., Hubbard,T., + Humphray,S., Hunt,A., Jones,M., Lloyd,C., McMurray,A., Matthews,L., + Mercer,S., Milne,S., Mullikin,J.C., Mungall,A., Plumb,R., Ross,M., + Shownkeen,R., Sims,S., Waterston,R.H., Wilson,R.K., Hillier,L.W., + McPherson,J.D., Marra,M.A., Mardis,E.R., Fulton,L.A., + Chinwalla,A.T., Pepin,K.H., Gish,W.R., Chissoe,S.L., Wendl,M.C., + Delehaunty,K.D., Miner,T.L., Delehaunty,A., Kramer,J.B., Cook,L.L., + Fulton,R.S., Johnson,D.L., Minx,P.J., Clifton,S.W., Hawkins,T., + Branscomb,E., Predki,P., Richardson,P., Wenning,S., Slezak,T., + Doggett,N., Cheng,J.F., Olsen,A., Lucas,S., Elkin,C., + Uberbacher,E., Frazier,M., Gibbs,R.A., Muzny,D.M., Scherer,S.E., + Bouck,J.B., Sodergren,E.J., Worley,K.C., Rives,C.M., Gorrell,J.H., + Metzker,M.L., Naylor,S.L., Kucherlapati,R.S., Nelson,D.L., + Weinstock,G.M., Sakaki,Y., Fujiyama,A., Hattori,M., Yada,T., + Toyoda,A., Itoh,T., Kawagoe,C., Watanabe,H., Totoki,Y., Taylor,T., + Weissenbach,J., Heilig,R., Saurin,W., Artiguenave,F., Brottier,P., + Bruls,T., Pelletier,E., Robert,C., Wincker,P., Smith,D.R., + Doucette-Stamm,L., Rubenfield,M., Weinstock,K., Lee,H.M., + Dubois,J., Rosenthal,A., Platzer,M., Nyakatura,G., Taudien,S., + Rump,A., Yang,H., Yu,J., Wang,J., Huang,G., Gu,J., Hood,L., + Rowen,L., Madan,A., Qin,S., Davis,R.W., Federspiel,N.A., + Abola,A.P., Proctor,M.J., Myers,R.M., Schmutz,J., Dickson,M., + Grimwood,J., Cox,D.R., Olson,M.V., Kaul,R., Raymond,C., Shimizu,N., + Kawasaki,K., Minoshima,S., Evans,G.A., Athanasiou,M., Schultz,R., + Roe,B.A., Chen,F., Pan,H., Ramser,J., Lehrach,H., Reinhardt,R., + McCombie,W.R., de la Bastide,M., Dedhia,N., Blocker,H., + Hornischer,K., Nordsiek,G., Agarwala,R., Aravind,L., Bailey,J.A., + Bateman,A., Batzoglou,S., Birney,E., Bork,P., Brown,D.G., + Burge,C.B., Cerutti,L., Chen,H.C., Church,D., Clamp,M., + Copley,R.R., Doerks,T., Eddy,S.R., Eichler,E.E., Furey,T.S., + Galagan,J., Gilbert,J.G., Harmon,C., Hayashizaki,Y., Haussler,D., + Hermjakob,H., Hokamp,K., Jang,W., Johnson,L.S., Jones,T.A., + Kasif,S., Kaspryzk,A., Kennedy,S., Kent,W.J., Kitts,P., + Koonin,E.V., Korf,I., Kulp,D., Lancet,D., Lowe,T.M., McLysaght,A., + Mikkelsen,T., Moran,J.V., Mulder,N., Pollara,V.J., Ponting,C.P., + Schuler,G., Schultz,J., Slater,G., Smit,A.F., Stupka,E., + Szustakowski,J., Thierry-Mieg,D., Thierry-Mieg,J., Wagner,L., + Wallis,J., Wheeler,R., Williams,A., Wolf,Y.I., Wolfe,K.H., + Yang,S.P., Yeh,R.F., Collins,F., Guyer,M.S., Peterson,J., + Felsenfeld,A., Wetterstrand,K.A., Patrinos,A., Morgan,M.J., de + Jong,P., Catanese,J.J., Osoegawa,K., Shizuya,H., Choi,S. and + Chen,Y.J. + CONSRTM International Human Genome Sequencing Consortium + TITLE Initial sequencing and analysis of the human genome + JOURNAL Nature 409 (6822), 860-921 (2001) + PUBMED 11237011 + REMARK Erratum:[Nature 2001 Aug 2;412(6846):565] +REFERENCE 4 (sites) + AUTHORS Lowe,T.M. and Eddy,S.R. + TITLE tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes + in genomic sequence + JOURNAL Nucleic Acids Res. 25 (5), 955-964 (1997) + PUBMED 9023104 + REMARK This is the methods paper for tRNAscan-SE. +COMMENT REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to + CM000663.1. + [WARNING] On Feb 3, 2014 this sequence was replaced by + NC_000001.11. + On Jun 10, 2009 this sequence version replaced NC_000001.9. + Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly + The DNA sequence is composed of genomic sequence, primarily + finished clones that were sequenced as part of the Human Genome + Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added + where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions + are manually curated by GRC staff. For more information see: + http://genomereference.org. + + ##Genome-Annotation-Data-START## + Annotation Provider :: NCBI + Annotation Status :: Full annotation + Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 + Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation + pipeline + Annotation Software Version :: 5.1 + Annotation Method :: Best-placed RefSeq; Gnomon + Features Annotated :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA + ##Genome-Annotation-Data-END## +FEATURES Location/Qualifiers + source 1..3001 + /organism="Homo sapiens" + /mol_type="genomic DNA" + /db_xref="taxon:9606" + /chromosome="1" + gene complement(1418..2229) + /gene="PFN1P1" + /note="profilin 1 pseudogene 1; Derived by automated + computational analysis using gene prediction method: + Curated Genomic." + /pseudo + /db_xref="GeneID:730138" + /db_xref="HGNC:HGNC:42989" +ORIGIN + 1 ctgaaaaaaa aaaaaaaaag tatagcaatg ggatacattc tattaagaaa tggatcactt + 61 tttaaattaa taattttata ttaatgtatg atatctctat tgttgtttaa caaaaataat + 121 gattccattt ttatagatta acacctaagc tttaaagaga ttgattgaag cattattatt + 181 gcaaaacact gcagggaaac ccacaggtgt ttgtttgttt gtttgtttgt ttgtttgttt + 241 gagacagagt ctcactctgt cgcctaggct ggagtgcagt ggtgggatca tggctcattg + 301 cagcctcgac atcctgagct caagtgatcc tcccacttta gcatcccaag tagttgggac + 361 tacaggtgtg tgccaccata cctggctgat tttgtttttt aaagttttag tagggacaag + 421 gtctctctct gttgcccaag ctggtcttga actcctgagc tcaagcaatt cttccgcctt + 481 tgcttcccaa agtgctggga ttacagatgt gacccactga acctagcaac ccacagtttt + 541 caacaacagg gtattggttg aagaaactgt agcataccca tatcctatga aataaataga + 601 cgtaaaattt cagaataata ttgttattta caatattttg ttaaatgaaa taagtaaatt + 661 ataaaactag atatgcaatg ccaccctaca cttttaaata tatattatct atataaaagc + 721 tagatataaa tatagcaaaa tgttcatagt gattatattt agataatgag aatatatgat + 781 attttggctt ccatctttgt attttttgta atataatttt taggagtcag gtttattgaa + 841 gggttattta catgtagtaa aattcacccg ttttaggtgt atgtgttttg actaatatgt + 901 acaataatgt atccactacc gtaatcaaaa tacagaatat ttcctttgtc 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acagtgacat tgaaggtggg ggctccaccg + 1801 gtactcttgg tatacgaaga tccatgcaaa attccccatc ctgcagcagt gagtcccgga + 1861 tcaccgaaca tttctggccc ccaagtgtca gcccattcac aaaaaaactt gacctgtctt + 1921 tgccagccag gacaccaacc tcagctggcg cgatgttggc gaaggttttc ccggggacgg + 1981 cggcccagat ggagggcgag tccttgtagc ccacgatggc cacgtcctga caggtcccgt + 2041 ccgccataag gttgtcgatg tcggtgtcca cccggccatg gtcatgatgt tgtcaatgta + 2101 ggcgtccacc cggccatggc gctgctgctg gggcagcggg ctgggctcgg gctgcctggg + 2161 ctggcgggcg gtgggaagcg gagagctcgg ggcacgcgct gccgtctgga ccgtggctct + 2221 gctcgctgtg cagcagcctt gtaccactac ctgtttgttc cttctgaggg tcatgaggga + 2281 aggatctctt cccgttctgt ctctttggct atctttatgt ttacatagca tgctccctgt + 2341 atctgcgcct gtgttcacat ttctcctttt aaaaagactc cagttgccga gctcagtggc + 2401 tcacgcctgt aatcccagca ctttgggagg ccgagatggg cggattatga ggtcaggaga + 2461 tcgagcccat cctggctaac gcggtgaaat cccgtctcta ctaaaaatac aaaaaattag + 2521 ccgagcgtgg tggcgggcgc ctgtagtccc agctactcgg gaggctgagg caggggaatg + 2581 gcgtgaaccc 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[WARNING] On Feb 3,2014 this sequence was replaced by NC_000001.11. On Jun 10,2009 this sequence version replaced NC_000001.9. Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly The DNA sequence is composed of genomic sequence,primarily finished clones that were sequenced as part of the Human Genome Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions are manually curated by GRC staff. For more information see: http://genomereference.org. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 5.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq,Gnomon Features Annotated :: Gene,mRNA,CDS,ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## ;chromosome=1;comment1=REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CM000663.1. 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For more information see: http://genomereference.org. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 5.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq%3B Gnomon Features Annotated :: Gene%3B mRNA%3B CDS%3B ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## ;date=13-AUG-2013;mol_type=genomic DNA;organism=Homo sapiens; +NC_000001 GenBank gene 686 96472 0 - 1 gene_id=ANKRD13C;ID=ANKRD13C;Dbxref=GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=ankyrin repeat domain 13C%3B Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq%2CGnomon.;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5; +NC_000001 GenBank mRNA 686 96418 0 - 1 gene_id=ANKRD13C.t01;ID=ANKRD13C.t01;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:166795253,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: BestRefSeq.;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C;transcript_id=NM_030816.4; +NC_000001 GenBank mRNA 2272 55448 0 - 1 gene_id=ANKRD13C.t02;ID=ANKRD13C.t02;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:530363398,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. 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Supporting evidence includes similarity to: 45 ESTs%2C and 100%25 coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments%2C including 3 samples with support for all annotated introns;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C%2C transcript variant X1;transcript_id=XM_005271233.1; +NC_000001 GenBank mRNA 2276 96472 0 - 1 gene_id=ANKRD13C.t05;ID=ANKRD13C.t05;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:530363393,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. Supporting evidence includes similarity to: 45 ESTs%2C and 99%25 coverage of the annotated genomic feature by RNAseq alignments%2C including 9 samples with support for all annotated introns;gene_synonym=dJ677H15.3%3B RP4-677H15.5;product=ankyrin repeat domain 13C%2C transcript variant X2;transcript_id=XM_005271234.1; +NC_000001 GenBank mature_transcript 34163 96472 0 - 1 gene_id=ANKRD13C.r01;ID=ANKRD13C.r01;Parent=ANKRD13C;Dbxref=GI:530363397,GeneID:81573,HGNC:HGNC:25374,MIM:615125;Name=ANKRD13C;Note=Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Gnomon. 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[WARNING] On Feb 3,2014 this sequence was replaced by NC_000001.11. On Jun 10,2009 this sequence version replaced NC_000001.9. Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly The DNA sequence is composed of genomic sequence,primarily finished clones that were sequenced as part of the Human Genome Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions are manually curated by GRC staff. For more information see: http://genomereference.org. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 5.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq,Gnomon Features Annotated :: Gene,mRNA,CDS,ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## ;chromosome=1;comment1=REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CM000663.1. [WARNING] On Feb 3%2C 2014 this sequence was replaced by NC_000001.11. On Jun 10%2C 2009 this sequence version replaced NC_000001.9. Assembly Name: GRCh37.p13 Primary Assembly The DNA sequence is composed of genomic sequence%2C primarily finished clones that were sequenced as part of the Human Genome Project. PCR products and WGS shotgun sequence have been added where necessary to fill gaps or correct errors. All such additions are manually curated by GRC staff. For more information see: http://genomereference.org. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Homo sapiens Annotation Release 105 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline Annotation Software Version :: 5.1 Annotation Method :: Best-placed RefSeq%3B Gnomon Features Annotated :: Gene%3B mRNA%3B CDS%3B ncRNA ##Genome-Annotation-Data-END## ;date=13-AUG-2013;mol_type=genomic DNA;organism=Homo sapiens; +NC_000001a GenBank pseudogene 1418 2229 0 - 1 gene_id=PFN1P1;ID=PFN1P1;Dbxref=GeneID:730138,HGNC:HGNC:42989;Name=PFN1P1;Note=profilin 1 pseudogene 1%3B Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Curated Genomic.;pseudo=_no_value; +NC_000001a GenBank exon 1418 2229 0 - 1 gene_id=exon000026;ID=exon000026;Dbxref=GeneID:730138,HGNC:HGNC:42989;Name=PFN1P1;Note=profilin 1 pseudogene 1%3B Derived by automated computational analysis using gene prediction method: 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